CryoSeek是一种研究策略,它采用冷冻电子显微镜(cryo-EM)从可获得的来源中发现生物实体,并辅以人工智能辅助的数据处理和生物信息学分析。
2026年4月20日,深圳医学科学院/清华大学颜宁、清华大学李张强、王彤彤共同通讯在Cell Chemical Biology在线发表题为“CryoSeek identification of glycofibrils with diverse compositions and structural assemblies”的研究论文。该研究使用CryoSeek策略报告了5种以前未表征的糖纤维的cryo-EM结构,揭示了不同的组成和组织特征。值得注意的是,TLP-0是一种只有聚糖的原纤维。结构分析表明,聚糖介导的相互作用对于糖纤维装配至关重要,突出了聚糖在这些独特的生物分子结构中的关键结构作用。
碳水化合物是地球上最丰富的有机分子,是所有生物体必需的四类基本生物分子之一。它们在广泛的生物学活动中发挥作用,例如作为大多数物种的主要能源、参与细胞构建、转导信号以及调节蛋白质和核苷酸的折叠与功能。结构生物学的最新技术进展极大地拓展了人们对蛋白质的认识。然而,由于缺乏高分辨率的聚糖结构,结构生物学尚未对碳水化合物的生物学表征提供任何重大见解。
聚糖结构生物学的技术挑战源于单糖组成的多样性、分支的复杂性以及多糖的构象柔性。因此,高分辨率结构主要是在简单组成的单糖-寡糖或与蛋白质结合的糖,或O-连接或N-连接聚糖中有限数量的糖残基上解析的。当引入一种非常规的研究策略CryoSeek时,在确定聚糖高级结构方面取得了偶然的突破。CryoSeek利用冷冻电镜直接对来自自然来源或组织的极小处理样本进行成像。
机理模式图(图源自Cell Chemical Biology)
在此,研究人员报告了基于CryoSeek对从清华荷塘(TLP)分离出的更多糖纤维的表征,命名为TLP-0/2/3/4b/IPT,分辨率在3.0-3.5 Å之间。这些糖纤维均被密集的聚糖覆盖,其中心蛋白组分的质量百分比各不相同。TLP-0完全没有蛋白质,TLP-2和TLP-4b分别仅具有二肽或四肽重复序列的线性链;TLP-3的中心茎是由线性三肽重复序列组成的三聚体,而IPT(免疫球蛋白样、丛蛋白和转录因子)是指构成TLP-IPT中心茎的串联结构域。
聚糖介导的相互作用决定了缺乏折叠蛋白组分的糖纤维的结构组装。该研究揭示了聚糖结构折叠的多样性,增进了对聚糖结构的理解,并进一步证明了CryoSeek作为一种以结构为先的发现范式。
参考消息:
https://www.cell.com/cell-chemical-biology/fulltext/S2451-9456(26)00078-4
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