在繁忙的临床工作之余，乐飞主任始终坚持学术研究。他说：“临床和科研是医生的两条腿，缺一条都走不远。”近年来，他以第一作者或通讯作者身份，在国际SCI期刊发表论文7篇，在中文核心期刊发表论文十余篇，研究内容涵盖甲状腺癌、口腔癌、舌癌等头颈肿瘤的分子机制与临床治疗。
在国际SCI论文方面，乐飞主任的研究聚焦于甲状腺癌的分子机制。发表于《European Review for Medical and Pharmacological Sciences》的《MiR-181a promotes growth of thyroid cancer cells by targeting tumor suppressor RB1》，首次揭示了微小RNA miR-181a通过靶向抑癌基因RB1促进甲状腺癌细胞增殖的机制。发表于《Journal of International Medical Research》的《The levels of NF-κB p50、NF-κB p65 play a role in thyroid carcinoma malignancy in vivo》，首次报道了NF-κB p50和p65在甲状腺癌组织中的高表达及其与患者预后的关系。发表于《National Library of Medicine》的《lncRNA ZNF674-AS1 inhibits the migration, invasion and epithelial-mesenchymal transition of thyroid cancer cells by modulating the miR-181a/SOCS4 axis》，揭示了长链非编码RNA ZNF674-AS1抑制甲状腺癌转移的分子机制。
在中文核心期刊论文方面，乐飞主任的研究更贴近临床。发表于《实用癌症杂志》的《影响超声引导下微波消融术治疗甲状腺良性结节疗效的相关因素分析》，系统分析了影响消融疗效的独立因素，为临床优化治疗方案提供了依据。同刊发表的《小切口腔镜辅助甲状腺切除术治疗分化型甲状腺癌的疗效观察》，总结了改良miccoli术式治疗甲状腺微小癌的手术经验和远期疗效。还有《甲状腺癌中NF-κB p50、NF-κB p65的表达及其与临床特征的关系》《CD147与MMP-2在甲状腺癌组织中的表达及临床意义》等多篇论文，从不同角度探讨了甲状腺癌的诊断和预后判断。
乐飞主任的论文有一个显著特点：研究问题来源于临床实践，研究结果可以直接指导临床决策。例如，关于消融疗效影响因素的研究，帮助医生在术前预测消融效果，为患者提供更精准的建议；关于小切口腔镜手术的研究，为甲状腺微小癌的微创治疗提供了循证依据。
乐飞主任的学术成果不仅体现在论文数量上，更体现在论文质量上。他的SCI论文被引用次数逐年增加，中文核心期刊论文被多家基层医院引用作为临床参考。他还担任多家SCI期刊的审稿人，将江西头颈肿瘤的研究成果推向世界。
“做科研不是为了发论文，而是为了解决临床问题。”乐飞主任说。他的研究始终围绕着“如何让患者得到更好的治疗”这个核心。从临床到科研，再从科研回到临床，这种“转化医学”的思路，贯穿了他的整个学术生涯。
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