在我国公安系统中，存在着一个非常特殊的垂直管理单位，那就是副厅局级的长江航运公安局，该局可以说是专为长江干线而设，被誉为“长江守护神”。根据公开资料显示，长江航运公安局是一个承担2808公里长江干线（即四川宜宾至上海长江口）中央管理水域公安管理事权的公安部门，目前下设“泸州、重庆、万州、宜昌、荆州、岳阳、武汉、黄石、九江、安庆、芜湖、南京、镇江、苏州、南通、上海”合计16个公安分局（均为正处级）和1所专门警察学校（即长江航运人民警察学校），而这16个公安分局再领导管理着合计81个基层派出所（分别由16个分局按各自航段辖区管辖）。
在局本级机关部门设置方面，长江航运公安局设有办公室(指挥中心)、法制处(监所管理处)、信息通讯处、财务处、基建装备处、审计处、警务督察处、警卫处(船舶保卫处)、政治部(下设宣传教育处、组织人事处)、纪委办公室(监察处)以及国内安全保卫总队(出入境管理处)、治安管理总队(水上巡逻警察总队)、刑事侦查总队(经济犯罪侦查总队)、水上消防总队(消防监督处)、乘务警察总队等力量。可以发现，长江航运公安局的下辖力量非常齐全且强大；需要说明的是，长江航运公安局水上消防总队可不是大家通俗理解的消防总队，该总队人员由正式警员、辅警、消防战斗员和船员等组成（以在编警察为主力），肩负起长江流域的消防监管检查、消防安全指导宣传和水上灭火救援等工作。
从历史发展脉络来看，长江航运公安局的最早前身是于1953年2月成立的中央人民政府交通部长江航务管理局公安局（同年6月进一步更名为中央人民政府公安部长江公安局），后于1954年7月更名为长江航运管理局公安局，再于1968年11月正式更名为长江航运公安局。2002年1月7月，经国务院下发《关于长江港航公安管理体制改革有关问题的批复》，长江航运公安机关被明确为长江中央管理水域公安机构，系国家治安行政力量和刑事司法力量的重要组成部分，负责行使长江干线中央管理水域的公安管理事权，所需经费由中央财政负担。而在2018年至2019年行业公安管理体制改革实施前，长江航运公安局长期是隶属交通运输部公安局领导管理（但其党政关系则由交通部委托长江航务管理局管理）。
到了2018年12月，中办、国办印发《行业公安机关管理体制调整工作方案》，按照警是警、政是政、企是企原则，调整完善行业公安机关管理体制。紧接着在2019年9月，依据中央办公厅、国务院办公厅印发的《交通港航公安机关管理体制调整工作实施方案》（国函［2002］1号文件），原交通运输部公安局于当年10月被撤销，其机构和人员正式并入到了公安部治安管理局。在此过程中，长江航运公安局改为由公安部治安管理局垂直管理，系公安部直属机构，规格级别仍为副厅级，承担起长江干线中央管理水域的治安管理、刑事案件侦办、消防监督、反恐应急处置、出入境管理和警卫安保等多种职能。至于其他原先由交通运输部公安局领导的港航公安力量，则是依照属地原则有序划归各当地公安机关分别领导管理、规划建设。
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