众所周知，在行业公安管理体制改革前，交通运输部、国家林业和草原局（原国家林业局）、海关总署、中国民用航空局也都内设有相应的警务部门，具体分别是“交通运输部公安局”（当时也称公安部十四局）、“国家林业和草原局森林公安局（原为国家林业局森林公安局，改革前称作公安部十六局）”、“海关总署缉私局”（改革前称作公安部二十四局）、“中国民用航空局公安局”（改革前称作公安部十五局），此外原中国铁路总公司（即如今的中国国家铁路集团有限公司）则是代管“铁路公安局”（时称公安部十局，前身为铁道部公安局）。而这些行业公安部门在日常运行中均是由所在部门领导管理为主、执行垂管体制，公安部仅是负责业务指导。
在下辖力量和任务职责方面，改革前，原交通运输部公安局负责领导全国范围内的相关港口公安局、航运公安局、海事公安局，负责港口区域、航运领域的相关警务和安全监管工作；原国家林业和草原局森林公安局则是负责领导全国森林公安系统，负责保护森林和野生动植物资源、维护林区治安、执行刑事与行政执法，并协同开展森林防火和生态保护工作。还有海关总署缉私局负责领导全国缉私公安系统，主要负责拟订反走私社会综合治理政策措施并组织实施，查处走私、违规案件，侦办走私罪案件，以及开展缉私情报工作。
中国民用航空局公安局在改革前则是领导管理着空中警察总队、7个民航地区管理局公安局、中国民航飞行学院公安局和相应的机场公安局，肩负民航领域的相关警务安保工作。至于原铁路公安局自然是领导管理着庞大的铁路公安系统，负责铁路领域的相关警务工作。
但到了2018年12月，中办、国办印发了《行业公安机关管理体制调整工作方案》，方案明确：按照“警是警、政是政、企是企”的要求，将铁路公安、森林公安、交通公安由双重领导调整为公安部领导；至于海关缉私公安和民航公安仍旧实行双重领导，但是转为以公安部领导为主。具体实施过程如下介绍：
2018年12月28日，中央调整铁路公安机关管理体制，将铁路公安局列入公安部内设机构，撤销原铁路公安局、重新组建公安部铁路公安局（序列号为公安部十局），由公安部统一领导管理、且继续执行垂直管理体制（公安部铁路公安局垂直管理所属各铁路公安局、各铁路公安处）。此外，从2020年4月17日起，铁路公安部门统一将长期使用的“铁道”胸徽更换为“铁路”胸徽，至于警号号段保留不变。
紧接着在2019年，国家林业和草原局森林公安局、交通运输部公安局相继被撤销，前者并入公安部食品药品犯罪侦查局、后者则是并入公安部治安管理局，至于二者下属的力量也是基本上分别转隶各级属地公安部门进行改编调整、实行属地化管理。
比较特殊的是长江航运公安局和首都机场公安局，行业公安改革前，长江航运公安局隶属交通运输部公安局领导管理，但交通运输部公安局撤销后，长江航运公安局划转公安部统一领导管理、作为公安部直属单位，具体由公安部治安管理局管理。而首都机场公安局在改革前是中国民航局直属正局级行政机构，但在2018年12月底直接归属公安部领导、转型为公安部直属机构。
最后是海关总署缉私局（序列号为公安部十四局）、中国民用航空局公安局（序列号为公安部十五局），这两个局在行业公安管理体制改革中均列入公安部序列，但同时也各自作为海关总署内设机构、中国民用航空局内设机构而存在运行，分别接受公安部和海关总署、公安部和中国民用航空局双重领导，以公安部领导为主，且明确海关缉私局、民航公安局实行派驻制（局长、政委等局本级领导干部均由公安部任命）。
以海关缉私系统为例，海关缉私部门和海关缉私工作受公安部和海关总署双重领导，以公安部领导为主，重点是加强政治领导、干部管理和队伍建设；至于海关缉私业务工作则是由海关领导负责。
现阶段，除了首都机场公安局、中国民航飞行学院机场公安局（也称“中国民航飞行学院公安局”）仍实行垂直管理外，其余的机场公安局都是已经移交给了各级地方公安机关领导管理。
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