在2013年3月依照《国务院机构改革和职能转变方案》重新组建国家海洋局之前，公安边防部队下辖着规模庞大、力量可观的边防海警队伍，直到2013年3月公安边防海警并入组建国家海洋局（国家海洋局以中国海警局名义开展海上维权执法并接受公安部业务指导）。2013年7月22日，重组后的国家海洋局和中国海警局正式挂牌，中国海警局正式成立。
值得一提的是，在公安边防部队时期，公安边防不仅拥有海警力量、还有水警力量，比如云南省公安边防总队（也称武警云南边防总队）就设有一个正团级的水上支队，而且这个公安边防水上支队还是为了应对湄公河流域联合巡逻执法、维护航运安全稳定等任务专门抽调力量组建的。2011年12月9日，云南省公安边防总队水上支队正式挂牌成立；直到2018年的公安边防部队改革中，云南省公安边防总队水上支队转隶云南省公安厅改编为云南省公安厅水上巡逻总队，并于2021年4月26日正式挂牌。接下来，小圣就为大家展开介绍一下相关情况，供大家简要了解学习。
2011年10月，爆发了震惊中外的“湄公河10·5事件”，当时中国籍商船“华平号”和缅甸籍商船“玉兴8号”在泰国湄公河金三角水域遭武装劫持，直接造成13名中国船员遇难。惨案发生后，影响恶劣、举国愤怒，湄公河航运也是一度停摆，过往商船及沿岸居民惶恐不已、心惊胆战，严重威胁了区域稳定和经济发展秩序。于是乎，为应对湄公河流域严重安全挑战，在我国政府倡议下，中老缅泰四国迅速行动，启动建立湄公河联合巡逻执法机制；同年10月至11月，四国先后召开执法安全合作会议与部长级会议，迅速达成共识。依照《中老缅泰关于湄公河流域执法安全合作的联合声明》，中老缅泰四国决定于2011年12月启动湄公河联合巡逻执法机制，致力于通过常态化巡航维护流域航运安全。
根据任务需要，公安部于当年11月命令公安部边防管理局即刻组建云南省公安边防总队水上支队，核心任务职责就是专门负责巡逻护航湄公河、开展联合巡逻执法。为了完成党中央交付的光荣任务，公安部边防管理局精心组织、认真谋划，从相应的沿边、沿海公安边防总队抽调精兵强将，最终仅仅只用了20天时间，来自全国11个沿边、沿海省（市）公安边防总队的280余名官兵就集结在了云南西双版纳。而在搭建人员队伍的同时，巡航船艇装备也在紧锣密鼓的改装中，需要说明的是，支队列编的第一代执法艇均由湄公河的民船改造而来。
2011年12月9日，云南省公安边防总队水上支队在云南西双版纳挂牌成立，整个筹建过程只耗费了50天时间，堪称“中国速度”，该支队是我国公安边防部门第一支承担国际河流联合巡逻执法的队伍。也就是在次日，具体时间是2011年12月10日10时30分，伴随着3颗耀眼的信号弹划过关累港的天空，首次中老缅泰联合巡逻执法正式启动。当时，还有许许多多的群众自发来到云南关累港口为执法巡航编队送行。自此以后，湄公河上再未发生一起江面劫持商船案件，航运秩序与安全得到了有效的维护。
但到了2018年3月，党中央印发了《深化党和国家机构改革方案》，方案指出：公安边防部队不再列武警部队序列，全部退出现役，其中一部分转隶并入属地公安系统、另一部分则是划归国家移民管理局进行适当调整整合。2018年12月25日，包括公安边防部队在内的公安现役部队官兵集体退出现役，而云南省公安边防总队虽然是转隶国家移民管理局、主体改编为云南省出入境边防检查总站（加挂“云南省公安厅边境管理总队”牌子），但云南省公安边防总队水上支队却是于2019年1月1日集体退出现役、移交云南省公安厅进行改编。
2021年4月26日，根据《中央编办关于原云南省公安边防总队水上支队划转后机构设置有关事宜的批复》，云南省公安厅水上巡逻总队挂牌仪式在西双版纳州景洪市举行，并被授予印章、揭牌。有专家指出：云南省公安厅水上巡逻总队的挂牌成立，不仅标志着湄公河流域执法安全合作事业迈向了新的征程、我国在湄公河流域的巡航执法力量得到了进一步壮大，而且也有助于在维护湄公河流域的安全稳定和服务国家发展战略中发挥更为积极的作用。
值得一提的是，伴随着2025年7月总队第3艘新型执法艇53109艇正式列装，标志着第四代执法艇全面投入使用，目前总队所列编的执法艇都是由我国自行主导设计、自行建造的专门应对湄公河水文特征的新型执法艇，并搭配有水面救生机器人、无人艇、无人机等新型警务装备。
另根据云南省公安厅水上巡逻总队2025年预算公开目录，云南省公安厅水上巡逻总队目前共设置有6个内设机构，具体分别是“情报指挥中心、综合管理支队、对外联络支队、船艇支队、特警支队、侦查支队”，主要职责包括承担公安部交办的国际执法合作专项任务、负责湄公河流域联合巡逻执法、聚焦打击整治湄公河流域跨境违法犯罪活动、服务支撑云南经济社会高质量发展等等。
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