一时难以适应新岗位做出的择业选择，能够牵动往后十余年的人生轨迹，相隔多年的老战友伸出援手，又让搁置已久的军旅生涯重新续上。建国后不少开国将领的命运起伏，都和岗位调动、时代环境紧紧捆绑在一起，周赤萍的经历就是其中典型。

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大半辈子都在陆军摸爬滚打，骤然转入空军体系，各类航空专业知识、战机作战参数都是陌生领域，日常工作研讨战术战法时，他很难跟上空军干部的思路，几次工作交流都出现意见分歧。长期无法胜任本职的无力感萦绕在心头，他不愿勉强占着岗位耽误空军建设，萌生转业投身地方经济建设的念头，1958年正式向上递交转业报告。组织结合西南工业建设缺干部的现状，将他调配至云南，出任省委书记处书记，主要分管省内工矿开发。在云南的六年间，他常年深入偏远矿区、山区村寨实地调研，高原恶劣气候慢慢损耗了他的身体健康，频繁出现身体不适，1964年经组织调整，调任北京冶金工业部副部长。

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六十年代中后期国内局势动荡，1967年冶金工业部实行军事管制，周赤萍同另外两名军代表一同代管部门日常工作，没过多久受到局势波及被免去实职，闲置在家两年有余。那段时间他住在北京住处，平日里只能整理早年作战笔记，没有具体工作安排，心里满是落寞。

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1969年东南沿海战备压力陡增，福州军区急需一名兼具实战经验、熟悉军政协调的政委，时任军区司令员的韩先楚翻看旧日战友名录，第一时间想到周赤萍。二人东北作战时期并肩打仗多年，彼此处事风格十分了解。一通电话过后，韩先楚邀约他重回部队，周赤萍思虑过后应允任职，被任命为福州军区政委，兼任福建省委第二书记。上任当天韩先楚亲自出面迎接，共事的两年里，二人延续往日的配合模式，统筹推进福建沿海边防工事修筑，抓实部队日常训练。