日本与蒙古之间有直达航线，因此访问行程通常不需要复杂的“过境”。无论是日本官员出访还是蒙古方面来日，直飞是最主要的方式。
目前，日本与蒙古国首都乌兰巴托之间有多种直飞选择：两国间的定期航班。主要由蒙古航空（MIAT Mongolian Airlines）和蒙古货运航空（Aero Mongolia）运营。
航线频率：根据2023年两国航空协定，航班频率已从每周26次增至62次，为高密度交流提供了支持。飞行时长：从东京（成田/羽田）出发，单程约5.5至6小时。机型执飞：以蒙古匈奴航空（Hunnu Air）采用Embraer E190机型执飞。
✈️ 旺季旅游包机：为满足季节性旅游需求，两国在夏季会增开临时包机，连接日本多个城市与乌兰巴托。
2024年夏季航线：曾执飞静冈、名古屋、福冈、大阪关西等多条航线。2025年夏季航线：增开了宫崎、福冈、大分等地的直飞航班。
政府专用飞机：国家领导人的正式访问，会直接乘坐日本的政府专用飞机（如波音777-300ER）前往乌兰巴托，但必须经过我国领空。
由于蒙古是内陆国，夹在中国和俄罗斯之间，很多人会联想到飞行是否需过境中俄领空。对此可以打消顾虑：
1. 领空过境是常规操作：民航客机出于航路和燃油效率的考量，经许可飞越其他国家领空是国际通行惯例。日蒙直飞的最短路径，通常会穿越中俄部分领空。
2. 中俄政策不同：虽然俄罗斯自2022年2月起，因反制制裁禁止了日本飞机飞越其领空，这确实迫使日本飞往欧洲的航班大幅绕行，但中国并未对日本关闭领空。日蒙航线目前仍可正常申请使用中国的空域航线权。
蒙古作为一个完全被中俄包围的内陆国，任何从蒙古起飞的国际航班，根据其地理航路，都必须经过中国或俄罗斯的领空，没有其他选择。
如何过境？执行航班任务的航空公司需提前向途经国（中国或俄罗斯）的民航部门提交飞行计划，获得“飞越许可”后才能按指定航路飞行。近期蒙古国外长专机，就是经中国批准和协调后过境中国的。
即便如此，日本和蒙古国还是眉来眼去，日本以投资为幌子企图把蒙古拉向自己的怀抱，怎耐“天时地利人和”并不在日本这一边，这种企图注定难以得逞。
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