《南部档案》新的剧情中剧情分为两条线，一条是张海盐，另一条则是张海琪的这一路。张海盐从张海琪那里得知了自己的好兄弟张海虾还有复活的机会，需要找到南部档案馆深处的三味药才可以醒来，于是冒险进入了地下的南部档案馆。
至于张海琪则是在布局杀莫云高，船王帮她查到了南安号传出去的电报，接收电报的是军阀，而且是北廉军阀莫云高，她进入了莫系军阀的营地，想杀莫云高，没想到她刺杀的却是陆俊祥，当初她亲手抓住又放了的南部档案馆的犯人。
张海盐在南部档案馆内部遇到了各种机关，靠着张海虾留下来的提示，他成功的拿到了药，不仅如此，张海盐还识破了假扮何剪西的敌人，最后张海盐算是顺利的完成了任务，成功的复活了张海虾，若不是他拿到药，张海虾很可能得死。
只是张海虾复活之后，张海盐还不知道真正的麻烦出现了，原因很简单，因为张海虾分裂出了另一个人格，也就是黑虾。张海虾的精神被黄昏草毒素撕裂了。
之前张海虾就是中了黄昏草的毒，后来在南安号上又中了毒，毒素不仅攻击身体，还直接侵入大脑、扭曲意识，把他原本完整的人格撕成了两半。一半是温柔、理智、擅长谋算的白虾，保留着他过去全部的善良和冷静，是张海虾的原初人格；另一半是冷厉、疯批、嗜血、不计后果的黑虾，是毒素逼出来的求生本能，看谁都像敌人，甚至后来还亲手杀过战友来清理隐患。
从花絮和之前的预告中我们可以看到，他会在轮椅上吐血、狂笑、哭泣，再到面无表情地策划一桩谋杀，白虾和黑虾交替接管他的意识，现实和幻觉的边界被黄昏草彻底溶解。整整十三年，他就这样被困在了自己的身体里，和另一个自己反复博弈。
这对于张海盐来说是是最为痛苦的，当初若不是他犯了错，张海虾不会中毒不会瘫痪，后来若不是张海虾在保护他，也不会上南安号，张海虾得知真相之后无比痛苦。
不过张海虾人格分裂，另一个人才是真正的疯批，这人就是莫云高，莫云高当初被张起灵所救，于是居然生出了执念，不是感恩，而是想要研究张家人的血，想要抓住张起灵，研究出张家人的长生，自己实现长生。
盘花海礁案他得到了黄昏草，也得知了南部档案馆的存在，所以覆灭了南部档案馆，最后他借助黄昏草研究出了毒素，开始布局算计，要找出张起灵。不仅如此，后来他更是把邪神祖庭搬到南安号，后来自己研究长生。
他的长生研究，简单说就三步。第一步是“制造毒源”。他派人秘密挖掘了明代沉船“五斗病号”，从船内封存物中提取出古代瘟疫病原“五斗病苗”，再和黄昏草杂交改良。这一下培育出了传染性极强、能侵入神经系统的变种黄昏草，汁液触皮即入，中毒者先是幻觉癫狂，继而变成不受控的活尸，毒素还能借水源和空气传播。
第二步是“活人炼制”。他以盘花海礁为起点，把整片海域变成了露天实验室，那些倒挂在礁石上、脸上挂着诡异微笑的“望乡水鬼”，都是他第一批失败的实验牺牲品。
之后他变本加厉，在南安号商船最底层秘密修建了血池实验室，把抓来的活人扔进毒藤窟，试图通过感染和萃取，人工提炼出类似麒麟血的长生物质。他甚至针对张家人独有的基因缺陷，研发了专门的神经毒气——在这种毒气面前，麒麟血再纯、活得再久都没用，张海琪就是中毒之后才衰老，最后只剩下两个月性命，不得不找张启山求援。
第三步也是他终极的野心，是用南安号布下死局。这艘船不是普通商船，本身是张家百年前为转移西王母长生术资料而建的移动档案库，底舱藏着邪神祖庭的秘密祭坛。
莫云高霸占南安号，把底舱改造成了核心实验场，计划等船抵达东南沿海时引爆全船浓缩黄昏草毒素，拉千万人陪葬，以这场生化浩劫为代价，逼迫隐藏在南洋的张起灵现身，夺取他完整的麒麟血。
不得不说莫云高是真的疯批，但是他做梦都没想到自己间接造就了另一个疯批，这个疯批就是张海虾，张海虾复活之后因为黄昏草的毒素，生出了黑虾这个人格。
后来张海琪和张海盐联手，让莫云高差点惨死，而莫云高把自己的身体浸泡在南安号的血池中，他相当于变相实现了长生，身体变异，甚至他的计划发动，想要利用毒素害死千万人。
张启山帮了张海琪，最后张海盐和张海琪等人联手对付莫云高，没想到的是滋生出第二个人格的张海虾让黑虾人格接管了张海虾的身体，驾驶装满炸药的潜艇直冲南安号底层，引爆了邪神祭坛。
莫云高那具早已被生化实验反噬、半人半植物、靠着机械义肢勉强维系的躯体，在这场爆炸中彻底烧成了灰烬。随着火焰吞噬底舱，他窃取张家血脉、猎杀张家人、妄图篡夺长生的疯狂计划，也一并化为灰烬。
张海虾才是真正的疯批，比起莫云高还要疯狂，所以莫云高虽然赢了张海琪，最后却输给了张海虾。不过他虽然疯狂，却也幸运，如果他活着，黄昏草的剧毒没有解，第二人格反噬的隐患没有消，他冲入血池，和莫云高有一些类似，实现了另一种长生，因为黄昏草的毒不仅仅作用在身体上，还作用在意识层面。
最后他和莫云高一样，虽然在爆炸中身躯化为灰烬，可是他们的精神还活着，原著中张海盐得到了张海琪的档案之后去寻找张起灵，而何剪西的口袋边缘露出半枚刻着海字的铜牌，他应该是寄生在了何剪西的身上，也算是变相的实现了长生。
只是莫云高的寄生字那船舱的碎片中，而张海虾则是寄生在了何剪西的身上，实现了变相的长生。
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