重庆轨道交通7号线二期并未停工，而是处于前期研究阶段，并进行了重要的线站位调整以优化换乘和枢纽功能。您提到的“北碚大手笔改出三线换乘”等信息，部分属于更宏大的远期规划愿景，与当前7号线二期已公开的工程方案存在差异。

线路走向与站点：线路南起科学城高铁站（不含），北至北碚区团山堡站，全长约20.2公里。主要沿碚青路、双元大道、缙云大道、金华路敷设，共设11座车站。北碚区内段线路长约14-15公里，设9座车站，包括团山堡、金华路、状元碑、姚家湾、歇马北、歇马、歇马南、卫星村、小磨滩等。

核心换乘点：在状元碑站与已运营的轨道交通6号线实现站内换乘。在科学城站可与成渝中线高铁无缝换乘，打通“轨道+高铁”立体出行通道。

建设进展与时序：截至2026年初，7号线二期处于前期研究阶段，已完成线路方案研究招标，正在开展线站位方案研究、专题报告编制及专家评审工作，尚未进入实质性施工阶段。线路已纳入第五期轨道交通建设项目储备，预计在“十五五”期间（2026-2030年）启动建设，具体通车时间需以官方公布为准。7号线一期计划2027年建成通车。

“磨心坡新北碚站”成为三线换乘枢纽，属于更远期的区域综合交通规划与部分民间建议的范畴，与当前7号线二期的直接工程关联较弱。

“新北碚站”的定位：规划中的渝西高铁北碚南站（位于歇马街道）是北碚区首个高铁站，规模为2台6线，预计2027年投用。您提到的“新北碚站”可能是指未来在北碚城区（如磨心坡区域）规划的新客运枢纽，目前官方规划中尚未明确以此命名并拥有您所述的6站台、16轨道规模的车站。

三线换乘的构想：北碚区正在争取将轨道交通7号线二期和28号线二期作为下一轮轨道建设的核心诉求。28号线是规划中的城轨快线，北碚段起于东阳，经团山堡（马鞍溪）、西南大学、施家梁等，设计时速140km/h。此外，规划中的19号线也可能服务科学城与北碚南站。因此，未来北碚城区可能形成7号线、28号线与渝西高铁北碚南站等构成的换乘网络，但这属于多线规划叠加的愿景，并非7号线二期单一线路的调整结果。

枢纽功能与工程构想：您关于新站“削山填沟、建桥平整土地”、“16条轨道（含4条货运越行线）”、“候车厅容纳2000人”、“16条公交线路接驳”等描述，体现了对北碚打造大型综合交通枢纽的强烈期待。这类构想需要统筹国家铁路、城市轨道、市域铁路和地方道路等多个系统，并面临地形、资金、审批等复杂挑战，通常属于更长期的战略研究或概念规划范畴。

7号线二期未停工，而是在优化推进：该项目前期工作正在稳步开展，线路基本走向和站点已明确，核心功能是加强北碚与科学城的联系，并在状元碑与6号线换乘。您听闻的“大改”可能更多指未来线网规划构想的调整，而非当前7号线二期工程本身的重大变更。

区分当前工程与远期规划：您描绘的“北碚三线换乘枢纽”蓝图令人振奋，但它更像是基于7号线、28号线、高铁线路等多条规划线路叠加形成的远期区域发展愿景。目前，7号线二期的具体站点和换乘设计尚未最终定论，需以官方后续发布的工程方案为准。

轨道交通规划受国家政策、资金、客流等多因素影响，存在调整可能。建议您通过重庆市轨道交通集团、北碚区住建委等官方渠道获取最新、最权威的信息，谨慎对待非官方渠道的详细描述和具体时间点。

7号线二期正按计划推进前期工作，其当前规划是连接北碚与科学城的南北向骨干线。您期待的“北碚交通枢纽升级”和“三线换乘”属于更宏大的城市发展战略，需要7号线、28号线、高铁等多条线路的协同建设与长期推进，值得期待，但并非当前7号线二期的直接建设内容。