在中方媒体明确报道菲方所谓的“永久建筑”是科研设施之后，菲方还在继续炒作，并且非法抵近拍摄，甚至要求中方“分享黄岩岛科研数据”。对此，中方进行了多方面回应。
外交部发言人林剑表示：“黄岩岛是中国的固有领土，中国对黄岩岛及其附近海域拥有无可争辩的主权。5月下旬以来，中国科学院南海海洋研究所开展了覆盖黄岩岛环礁全域的综合调查，本次科考作业有利于深化对黄岩岛生态系统的认知与预测，服务南海的生态文明建设，现已顺利完成。”
他还表示，相关科研数据可以在相关单位的网页上查询，并且强调菲方无权干涉，敦促菲方停止造谣污蔑、不实指责，停止在海上挑衅生事。
中方媒体进一步报道了中国科学院南海海洋研究所在黄岩岛海域的综合调查情况：
1、菲方持续炒作中国黄岩岛潟湖内出现“新建筑物”，实际上“6×6米的钻机取样平台”临时设施，是科研单位在黄岩岛海域搭建的漂浮式的原位采样与实验平台，主要用于开展岩芯取样、环境要素时序观测及原位实验。
2、通过对黄岩岛海域进行的采样和数据收集，发现了黄岩岛潟湖松软泥沙底质区发育有大面积的海草床，并且由于中方持续的保护和管控，海草床发育态势良好，优势种包括圆叶丝粉草、卵叶喜盐草等，都是绿海龟的重要食物。
这次综合调查发现，黄岩岛潟湖海草床已经发育出成熟的珊瑚礁-海草床复合生态系统，可以为海龟、驼背凤螺等高价值物种提供了优质的栖息环境。
更为重要的是：科考队还发现海草床附近存在低潮出露海面的潜在沙洲，调查显示其有进一步向完全出露沙洲发育的趋势，后续可以为绿海龟、玳瑁等提供理想的繁殖产卵场，并让黄岩岛从海龟、玳瑁的“餐厅”升级为真正的家园。
这充分说明，正是中方严格的保护，才让黄岩岛的生态环境得到恢复。而相关证据此前就证明菲方持续在黄岩岛附近海域的非法作业、故意丢弃垃圾、人为投放有毒物质对该区域生态环境造成了严重的破坏。
中方建立黄岩岛自然保护区之后，意义重大，已经让黄岩岛海域生态系统与珍稀野生动物资源得到有效的保护。
3、菲方炒作所谓的“受制于菲方的压力，永久建筑已经拆除”完全是子虚乌有的炒作。中方近期完成了科考任务，所以拆除了临时设施，并非菲方声称的“菲方外交抗议的结果”。
值得强调的是：我们在自家黄岩岛做什么，根本轮不到菲律宾管，菲律宾也根本管不了。菲方想要科研数据，我们科研机构定期发布，任何人都可以公开查询。菲方可以看到：低潮出露海面的潜在沙洲有进一步向完全出露沙洲发育的趋势，这是大自然之伟力。
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