生命的启程:从木屋到微观世界
2017年盛夏,两位生物学家远赴加拿大不列颠哥伦比亚省的登曼岛,打算亲手搭建一座木屋。这片占地四十英亩的私属土地,早已是二人远离实验室喧嚣、静心休憩的港湾,早年他们便在此搭建过一间林间小屋。维多利亚・福伊(Victoria Foe)谈起过往趣事时,语气轻快又带着几分俏皮:“当初建房几乎没借助任何工具,伐木取材、拼接榫卯全靠双手完成。”唯一用到的电动工具只有一台大型电钻,二人在木材上开凿木销孔的间隙,还会把电钻放进冰箱降温。常年深耕微观细胞与胚胎精细研究的福伊,亲自为房屋主梁原木剥去树皮;她的人生伴侣兼科研挚友加勒特・奥德尔(Garrett Odell),则用专为福伊编写的初代定制计算机辅助设计程序完成房屋架构设计,这份程序亦是他赠予福伊的圣诞礼物。
可这份闲适的山居规划,在那个夏天骤然戛然而止。新房动工没多久,奥德尔便身体抱恙,同年十月确诊侵袭性肝癌。次年五月,奥德尔离世。福伊坦言,至亲的离去,让她的世界骤然失去了光亮。
身为发育生物学家,福伊始终认为人世百态与生命生物学密不可分,二者相辅相成,让她对生命拥有更为透彻的认知。满心悲痛并未让她远离科研之路,反而让她重拾数十年前的科研思索——早在上世纪六十年代末攻读博士学位伊始,她便留意到生命本身蕴藏的脆弱特质,这份感悟也再度成为她潜心钻研的动力。
将自身的生命体悟融入对自然生命的观察之中,她愈发深切地感受到,遗传物质本身便潜藏着与生俱来的脆弱性。
彼时福伊还是德克萨斯大学奥斯汀分校的在读博士生,她以米粒大小的乳草椿象胚胎为研究对象,探究基因的形态结构。她将胚胎细胞裂解,让储存在细胞核内的DNA尽数释放出来,再把裂解后的液态样本经离心处理附着至显微载网表面,随后镀上一层致密铂金薄膜,借助金属镀层的成像特性,得以在电子显微镜下清晰观测基因结构。拍摄得到的显微图像里,她发现不少基因序列长度超乎想象,由A、T、C、G四种碱基构成的遗传编码链,最长可达近两万个碱基单位。
在福伊初次窥见基因真实样貌的年代,分子生物学正迎来飞速发展。这一领域蓬勃兴起的核心依托,便是生物学中心法则的确立:DNA承载生命遗传密码,密码先转录形成RNA,再由 RNA完成翻译过程,合成构成生命体的氨基酸链与各类蛋白质。
维多利亚・福伊
Victoria Foe
美国发育生物学家,
华盛顿大学细胞动力学中心教授
在胚胎发育过程中,细胞分裂、细胞决定与形态发生始终协同推进。她过往的研究重点,在于探究单细胞与胚胎如何利用驱动细胞周期进程的生化机制,来协调细胞骨架的重组。这种重组在多数细胞中表现为胞质分裂,而在合胞体胚胎中,则表现为假卵裂或细胞化。目前,她的研究转向探索细胞周期进程如何影响转录与细胞决定。主要研究模型为果蝇与海洋无脊椎动物的胚胎。
1975年,Victoria Foe于德克萨斯大学奥斯汀分校获得博士学位。读博期间,她与Hugh Forrest合作,致力于探究胚胎发育过程中转录活性的诱导机制。随后,她开启了博士后生涯:先是在华盛顿大学Charles Laird实验室研究染色质的功能结构;接着前往加州大学旧金山分校Bruce Alberts实验室,探索细胞周期与形态发生之间的相互作用。1991年,她入职华盛顿大学动物学系。如今,她是该校生物系的研究教授,同时也是星期五港实验室(Friday Harbor Laboratories)细胞动力学中心的创始成员之一。她曾荣获多项殊荣,包括美国癌症协会高级博士后研究员基金、古根海姆奖以及麦克阿瑟奖。
被误解的垃圾DNA:
基因深处藏着时钟
分子生物学的“中心法则”由弗朗西斯・克里克(Francis Crick)于二十世纪五十年代末率先提出,后经由詹姆斯・沃森(James Watson)在1965年出版的《基因分子生物学》一书中广为传播。沃森在书中进一步指出,遗传信息从DNA传递至蛋白质的过程具有单向性。
受这一理念影响,学界一度认定DNA的核心价值仅在于编码合成蛋白质。人们随之发现,生物体内绝大多数DNA序列都不具备编码蛋白质的功能。这类非编码DNA长久以来被视作生命基因组里的无用暗物质,科学界普遍认为,早在二十多亿年前,逆转录病毒入侵远古单细胞生物,将多余遗传片段嵌入宿主基因组,自此这类序列便留存下来,成为复杂生命体演化历程中无奈留存的多余片段,生物学家也将其直白称作垃圾DNA。
早年在得州开展研究时,福伊亲眼见到绵长的DNA链,便隐隐觉得其中另有深意,只是一时无从探寻真相。结合生命本身的脆弱特质,她深刻意识到遗传物质的先天短板:DNA由两条核酸螺旋链构成,细胞每完成一次分裂,双链都极易发生断裂,而序列越长,断裂风险越高,这也是诸多癌症发病的重要诱因。
人类这类多细胞生物体内的基因,实际长度远超出基础生理需求。人体绝大多数细胞中,23对染色体缠绕堆叠着上万组DNA环,其中仅有约百分之一的序列能够参与蛋白质合成。既然冗余DNA会大幅提升遗传物质受损概率,福伊不禁心生疑惑,生物为何会朝着这一方向完成演化?她提出全新观点:这些曾被轻视、结构脆弱的非编码DNA片段,不是毫无用处,反而是支撑复杂生命存续与演化的关键所在。
福伊最为人熟知的科研成果,诞生于上世纪八十年代的华盛顿大学星期五港实验室。她以现代遗传学经典研究模型果蝇为实验对象,系统梳理出果蝇胚胎发育初期细胞分裂的时空规律*。果蝇胚胎发育最初两小时内,所有细胞核始终保持同步分裂,而后统一节律逐渐瓦解,不同细胞群形成各自独有的分裂节奏,胚胎也借此逐步搭建起躯体各组织器官的发育基础。福伊发现,这群细胞的分裂时机与分布位置具备极强的规律性。她对海量显微影像逐一细致观测,通过细胞染色技术清晰显现细胞内部骨架结构,再以大幅彩色图谱结合显微成像,完整绘制出胚胎内各类细胞的分裂区域与活动规律,精准厘清了胚胎早期发育的时序调控逻辑。
Foe, Victoria E. "Does the pachytene checkpoint, a feature of meiosis, filter out mistakes in double-strand DNA break repair and as a side-effect strongly promote adaptive speciation?." Integrative Organismal Biology 4.1 (2022): obac008.
▷维多利亚·福伊手持一张由电子显微镜拍摄的细胞核照片拼贴画,其边缘散落着 DNA。照片由贝亚特丽斯·施泰因特(Beatrice Steinert)于 2023 年拍摄。
彼时福伊尚未取得教职,为摆脱授课、指导学生、维系高成本实验室运营等繁杂学术事务的束缚,全身心投入研究,她成功争取到美国国立卫生研究院的个人专项科研资助。自此,她便一直坚守这种纯粹的科研模式。这份潜心治学的坚持,让她得以深耕研究本心,也先后斩获古根海姆奖、麦克阿瑟天才奖等多项重磅学术荣誉。而在福伊心中,这份研究方式最珍贵的意义,是守住了自己内心的追求:“创造兼具科学价值与美感的研究成果,对我而言至关重要。”
初秋一个阴雨之日,我来到华盛顿州圣胡安岛星期五港的海边实验室拜访她。身居学界顶尖行列的她,此刻却略显拘谨,我很快明白,她只是迫切希望自己讲述的研究历程,能被我完整准确地理解。她脚踩登山靴,身着轻薄羽绒外套,这身装束既适配整日泡在实验室的工作状态,也方便她牵着爱犬,漫步于圣胡安岛北岸的岩滩海岸。跟着她从能眺望圣胡安海峡的前厅,走进不见天光的内室,氛围瞬间沉静下来。屋内墙面挂满大幅显微影像与手绘科研图谱,风格颇具十九世纪学术讲堂里精致挂图的韵味。这里没有现代实验室随处可见的电子显示屏,取而代之的是平铺在观片灯上的胶片底片。房间正中摆放着一台高耸的电子显微镜,在福伊口中,这台老设备如同相伴多年的老友。
福伊对胚胎细胞分裂节律的探索,根源正是读研时期对基因结构成像的研究。过去十年间,她重拾这一研究方向,将果蝇定为核心实验模型。她先用化学试剂对果蝇胚胎进行固定处理,定格其发育瞬间,再剥离展开胚胎细胞核,在缠绕交织的遗传物质表面镀上铂金薄层,最后将制备好的样本放入电子显微镜,耐心探寻其中潜藏的规律。为钻研一枚胚胎样本,她甚至会耗费整整一个月的时间。伴着有声读物,她长时间凝神观测,捕捉胚胎发育过程中,基因转录合成RNA时呈现出的环状、分支状各类形态。一旦发现特殊结构,她便逐段拍摄成像,再将影像拼接整合,还原出完整清晰的大范围基因形态图景。
▷果蝇(黑腹果蝇)基因的电子显微镜图像。维多利亚・福伊供图。
福伊在显微镜下调出一张显微影像向我展示,伸手指向一段五微米长的丝状结构:“这就是一段基因。”这段基因从细胞核内杂乱缠绕的遗传物质中舒展而出,形态清晰完整。
她语气温柔地轻声说:“这张真不错,结构舒展自然,没有紧绷的痕迹。”
基因主干上生出大量纤细的垂直分支,这是以DNA为模板、逐段合成的新生信使RNA链。越往基因末端延伸,分支越长,形态也愈发曲折缠绕。福伊指着附着在RNA分支上的剪接体蛋白解释道,这类特殊蛋白能够切除新生RNA中的非编码片段,再将有效序列拼接整合,最终形成精简成熟的转录产物。修整完成的信使RNA便可脱离细胞核,进入细胞质中指导蛋白质合成,完成使命后自然脱落、奔赴各处发挥作用。
攻读博士期间,福伊亲手描摹绘制这类基因影像,梳理拆分基因的功能区段,为后世探明基因运作机制筑牢了研究根基。她率先确定了DNA转录为RNA的起始位点与终止位点,并将整段可完成转录的DNA序列定义为转录单元。1976年,她将相关研究图谱发表于《细胞》期刊*,论文中明确提出,绝大多数转录单元都具备统一的波浪式结构特征:转录起始端生出短小RNA分支,中段分支显著变长,而最终形成的成熟RNA,长度远短于原始转录的完整DNA序列。
Foe, Victoria E., Linda E. Wilkinson, and Charles D. Laird. "Comparative organization of active transcription units in Oncopeltus fasciatus." Cell 9.1 (1976): 131-146.
乳草椿象也不例外。数十年间,生物学家在一个又一个物种体内,都发现了这类冗长的转录单元——也就是我们更常说的基因。许多这类基因中布满了内含子:这些DNA片段会先被转录为RNA,却会在蛋白质合成前被剪切剔除。而在人类体内,这种遗传上的“冗余”更是达到了极致:人类最长的转录单元跨度超过200万个碱基对,仅完成转录过程就至少需要17个小时。
这些发现问世之初,生物学家普遍认为这套系统极其低效。福伊回忆道,在她的许多同行看来,“将这些非编码片段转录为RNA,在代谢层面上无疑是一种巨大的浪费”。这些让人类等生物的基因变得如此冗长的内含子,连同其他非编码DNA片段,都被归为“垃圾DNA”——因为它们似乎无法为生物体的生理活动提供任何有意义的贡献。
“但当你意识到这其实是一套时序调控机制时,一切就都说得通了。”福伊对我说道。她在2022年发表的最新论文*,凝聚了她毕生的研究成果,系统整合了基因激活与细胞分裂如何协同作用,从而让生物长出用于飞行的翅膀、用于吸收土壤养分的细密根系。福伊提出,多细胞生物的复杂程度,在一定程度上取决于其基因(包括内含子)长度所支撑的“时序编排”能力。这些额外的转录片段嵌入细胞分裂的节律之中,增添了一层时间维度——正是这层维度,为复杂躯体结构和动态神经系统的形成,提供了必要的空间与可能。
Foe, Victoria E. "Does the pachytene checkpoint, a feature of meiosis, filter out mistakes in double-strand DNA break repair and as a side-effect strongly promote adaptive speciation?." Integrative Organismal Biology 4.1 (2022): obac008.
打破百年偏见:
一位独行者的科学之路
遗传的表现看似简洁而优美——直到你追问基因究竟如何参与生物体的构建。格雷戈尔·孟德尔(Gregor Mendel),这位19世纪的奥地利修士,开启了科学史学家伊芙琳·福克斯·凯勒(Evelyn Fox Keller)所说的“基因世纪”。他恰好捕捉到了自然最具合作性的一面:当他将不同高度的豌豆植株杂交时,结果呈现出清晰易懂的比例——下一代植株中,约四分之三为高茎,剩余四分之一为矮茎。孟德尔推断,植株的高度必然由某种离散的因子决定——这种因子代代相传,并遵循简单的组合规律进行重组。
这一简洁的计算,勾勒出人们对生物学清晰性的向往。孟德尔理论的简洁性,让他本人以及此后一个世纪的20世纪生物学家,得以开始命名那些可遗传因子——这些因子在一定程度上决定了生物体可能呈现的形态范围。但研究越深入,孟德尔那套清晰、线性的因果关系就越显得站不住脚。在复杂生命中,相同的基因可能导致截然不同的结果——并非因为DNA本身发生了变化,而是因为细胞内对DNA的利用方式发生了改变。
1961年,分子生物学家雅克·莫诺(Jacques Monod)曾宣称:“任何在大肠杆菌中被证实为正确的结论,在大象身上也必然成立。”这一观点在遗传学“DNA转录为RNA、再翻译为蛋白质”的基本逻辑上是成立的,但在发育语境中却失去了意义。在真核生物——包括多细胞植物、动物和真菌——中,性状的形成很少像大肠杆菌这类细菌那样,由单个基因像开关一样独立发挥作用。
大肠杆菌作为单细胞原核生物,其基因组仅有一个拷贝,负责在整个细胞体内传递信号。与之形成鲜明对比的是,一头成年大象拥有超过千万亿个细胞,其中几乎每个细胞都包含全套基因组的所有基因。真正决定生物差异的,并非仅仅是基因(或特定DNA序列)的串联方式——生命之树上有数量惊人的基因是不同物种共有的——更关键的是,这些基因在细胞中被激活的时间、位置以及程度。
从单个受精卵(单细胞胚胎)开始,细胞分裂不断增殖、塑造出多细胞生物体的形态。随着发育的推进,细胞会逐渐呈现出新的行为特征和细胞身份,这一过程由基因与细胞过程的协同作用启动:骨细胞开始分泌矿物质以对抗重力,神经元在突触处建立连接,心肌细胞同步产生电脉冲以输送氧气。因此,在不断变化的多细胞发育环境中,需要一套超高精度的机制,确保每个基因在正确的时间、正确的位置被激活。
福伊提出,基因的长度及其在细胞中的物理存在,就像一座分子时钟——这是一套内置计时器,能够精确调控特定细胞分裂周期中RNA(最终是蛋白质)的合成时机、是否合成以及合成量。细胞分裂的时刻至关重要。在发育过程中,细胞分裂不仅仅是简单的生长;随着细胞分裂,它们的身份也常常发生改变,通过开启或关闭不同的基因,使一个细胞分化为肌肉细胞、另一个分化为神经细胞、再一个分化为骨细胞。这些身份的转变,依赖于蛋白质合成前的RNA爆发式产生。
▷绿球海胆(Strongylocentrotus droebachiensis)细胞分裂系列影像,2008 年。维多利亚・福伊供图。
基因长度之所以能发挥计时器的作用,根植于细胞分裂的复杂机制之中。细胞每完成一次分裂,都必须将其DNA打包整理,以确保安全分配。为实现这一点,细胞会将细胞核内的DNA浓缩成染色体,便于在子细胞间移动和平均分配。当遗传物质为分裂而浓缩时,那些沿着基因移动、读取遗传密码并合成RNA拷贝的RNA聚合酶,会被从DNA上剥离。如此一来,RNA的合成便会彻底停止。这一被称为细胞周期的复杂过程,其时序本身具有可变性,且受到精密调控。
以果蝇为例,启动变态发育的激素会以脉冲形式大量涌入幼虫体内。参与这场从爬行幼虫到飞行成虫的剧烈转变的多个基因,都在等待启动信号。但即便信号到来、转录过程启动,逐核苷酸组装所需的RNA也需要一定时间。如果一个短基因的转录需要5分钟,那么在一个两小时的细胞周期内,它的RNA会迅速大量出现;而一个布满需剪切片段的长基因单元,转录完成则要等到细胞周期的最后一刻。若是基因格外冗长,其转录过程会中途中断,只有在细胞周期更长的细胞中,它的RNA才能完成转录,进而用于蛋白质翻译。一旦细胞一分为二,这座分子时钟便会重置。
在20世纪50年代,
生物体被视作一台可被解码的一维机器。
这一发现揭示了一个世纪以来生物学思想的局限——不仅限于孟德尔遗传学的简洁性,还包括冷战时期将基因重塑为“电路系统”的研究倾向。正如科学史学家莉莉·凯所记载的那样,从20世纪50年代开始,计算隐喻成为分子生物学的核心研究思路;彼时的生物体——最初主要是病毒和单细胞细菌——被视作一台可被解码的一维机器。
到了20世纪70年代,发育生物学家将这一框架拓展到多细胞生物研究中,在通过实验解析基因调控网络(Gene Regulatory Networks,GRNs)的过程中,完善了莫诺及其同事提出的线性图谱。基因调控网络是指一组能够在细胞群中相互开启或关闭的基因集合。这类图谱是对某种信息流的抽象概括,却忽略了让基因产生实际意义的细胞环境的物质属性。
过去半个世纪里,“信息性基因”的理念在生命科学领域一直占据主导地位。将DNA视为“密码”——仿佛生命可以从单一文本中解读出来——这一观点极具吸引力,其影响力之大,不仅重塑了研究议程,也改变了科研机构的格局。20世纪中期,生物系因这一理念分裂为两大阵营:以詹姆斯・沃森等人为代表的分子生物学家,致力于探索基因作为“信息”的内在逻辑;而另一部分生物学家则继续专注于生物体本身、发育过程与演化规律的研究。
以“主导基因”为核心的解释方式变得尤为有说服力。围绕基因分离、测序、合成与编辑构建的技术,彻底改变了“实验进展”的评判标准 ——人们可以轻松剔除或扩增某个基因,并记录这种干预带来的具体变化。事实上,这一研究策略成果丰硕:遗传数据的发表数量与速度仍在以惊人的势头增长。即便人们意识到基因在复杂的调控网络中发挥作用,也未能动摇那个更深层的假设——生物意义主要存在于DNA序列编码的信息之中。
福伊认为,我们并非仅仅是由“开关”控制的机器,而是充满动态活力的生命实体。
福伊的研究则对这一假设提出了挑战。基因不仅是承载信息的“信使”,更是嵌入时间维度的物质实体,会受到中断、约束与损耗的影响。生命系统,尤其是多细胞生物的生命系统,不能仅仅被理解为电路或密码。相反,发育过程是通过分子构建模块的物理特性逐步展开的 —— 它们相互作用、遭遇停滞,而后重新启动。福伊认为,我们并非仅仅是由 “开关” 控制的机器,而是充满动态活力的生命实体 —— 对周围环境敏感,易受损伤,且始终处于可转变的状态之中。
当我还是一名初入师门的研究生,第一次了解到福伊时,我仍沉浸在大多数生物学研究那种“保持距离”的治学氛围中。在这样的背景下,她身上那种深刻的内在专注力瞬间吸引了我,而她的研究成果带给我的震撼,是我从未在科学文献中感受过的。在这个科学家们极力追求效率的时代,福伊的论文篇幅冗长,内容却极为详实厚重。按照当代标准来看,她的论文还有一个不同寻常的特点——极具视觉性,清晰细致的图像常常以整页篇幅呈现。她的个人特质在每一处措辞中都展露无遗,尤其是在方法部分,字里行间都体现出她在显微镜下驾驭微小生命体的精湛技艺。
福伊的科研之路尤为独特,尤其是作为一名在20世纪60年代开始接受科学训练、且毕生致力于女权与反战运动的女性。当我问及她的早年经历时,福伊说:“我当初并没有想过要成为一名科学家。”但十几岁时在国外接受的英式教育,为她埋下了对生物学的兴趣种子,后来她进入德克萨斯大学奥斯汀分校攻读本科,这份兴趣逐渐生根发芽。
冷战时期,美国政府推行科学投资政策,她借此获得了一份极具分量的研究生奖学金。1968年,她开始攻读动物学博士学位,却很快遇到了找不到导师的难题。福伊回忆道,当时美国各地的大学都普遍存在一种偏见:“人们认为培养女性毫无价值,因为她们终究会结婚、怀孕(顺序不定)。”她深刻意识到,获得避孕权是提升科学界性别平等的关键。于是,她与实验室伙伴朱迪·史密斯(Judy Smith)——系里仅有的另一位女性之一,以及另一名学生芭芭拉·海恩斯(Barbara Hines)一起,在校园附近创办了一个避孕信息中心,并随后参与了德克萨斯州的立法工作,这些努力也为后来“罗诉韦德案”的胜诉奠定了基础。
正是在美国社会这一动荡时期,包括福伊所在院系在内的美国各大学物系,开始围绕 “DNA 是否是生命的主导驱动力”这一问题产生分歧。院系内部的纷争,导致她的博士导师迁往华盛顿大学。为了完成博士学位,福伊最终决定追随导师前往那里 —— 她借了前男友一辆破旧的紫色大众甲壳虫,从奥斯汀一路开到西雅图。之后,她在旧金山短暂停留,期间在加州大学首次涉足果蝇发育研究。20 世纪 80 年代,福伊回到太平洋西北地区,入驻圣胡安岛上的星期五港实验室 —— 这里既是自然保护区,也是海洋研究站。从那以后,她便一直在此深耕,在自己的动物学研究领域中,又增添了对多种海洋生物胚胎的研究。
▷维多利亚·福伊在她的电子显微镜前。照片由贝亚特丽斯·施泰因特于 2023 年拍摄。
在诸多方面,福伊的研究与职业生涯,与其说像科学家,不如说更像一位艺术家。她在自己的研究网页上写道:“我最爱的研究工具,是我的双眼。”她的研究以直观描述为核心,所依赖的观察能力与空间感知力,与视觉艺术家别无二致。尽管许多生物学家认为,描述性形态学研究的认知价值较低——远不及分子实验的严谨性,但正如生物学史学家苏拉亚·德查达里维安(Soraya de Chadarevian)所主张的,这类研究实则是现代生命科学的根基*。
和艺术家一样,福伊也坦然接纳自身的主观性。现代科学在很大程度上追求一致性:科学家们极力塑造一种超然的权威形象,尤其是在论文著作中,因为这是他们维持可信度的方式。露丝·哈伯德(Ruth Hubbard)——哈佛大学物理系首位获得终身教职的女性,在其1990年出版的《女性生物学的政治》一书中写道:“科学写作会含蓄地否定时间、地点、社会背景、作者身份及个人责任的相关性。”而福伊在很大程度上无视了这些规范,毫无歉意地将自己——自己的风格、写作中的“我”,以及对视觉美感的重视——融入到研究工作中。
de Chadarevian, Soraya. "Mapping development or how molecular is molecular biology?." History and philosophy of the life sciences (2000): 381-396.
当我向福伊提出“她的研究堪比艺术”这一观点时,她对此似乎有些不自在,尽管我们周围这间布满影像的实验室,恰恰印证了这一点。我能感觉到,这源于一个世纪以来艺术与科学之间的隔阂;此外,至少在福伊职业成长的关键时期,若显露丝毫艺术倾向,都会让她难以被视为一名严谨的科学家。
做一名女性科学家,或是一名女性艺术家,本身就已不易。既是女性艺术家,又是女性科学家?这跨越了太多界限。不过我也能感受到,福伊并不在意他人如何给她的研究分类。她的动力源于内心深处:“我进入科学界,是因为得到了上学的机会。而一旦投身其中,你就会发现,一个又一个迷人的谜题在等着你去解开……理解世界的运转方式、生命的本质,这种感觉太令人沉醉了,你知道吗?谁会不想去研究这些呢?”
一旦投身其中,你就会发现,
一个又一个迷人的谜题在等着你去解开。
我第一次在网上搜索福伊时,看到了一张她与奥德尔相拥的照片。照片中,两人蹲在地上,周围是洒满阳光的树木。他们的手臂相互伸进对方的衣袖,纹理相似的头发缠绕在一起,福伊的脸颊轻轻靠在奥德尔的额头上。这张照片刊登在“福伊之友”网页上,该网页旨在筹集资金,帮助福伊完成因照顾患病的奥德尔而中断的研究。这张照片深刻捕捉到了生命复杂性的代价——与世界紧密交织的牵绊。这一瞬间既承载着生命所赋予的可能——美好、爱与陪伴,也暗藏着一切可能分崩离析的风险。
▷加勒特・奥德尔和维多利亚・福伊。图片由福氏基金会(友爱基金会)提供,由华盛顿大学提供。
演化的守护与生命的归处
福伊与奥德尔初次相遇是在20世纪80年代末的星期五港,彼时奥德尔刚被华盛顿大学动物学系聘用不久。奥德尔本是数学家,早年在纽约伦斯勒理工学院开启职业生涯,而对“分子如何构建生物体”的痴迷,让他跨界进入了生物学领域。他早期致力于涌现行为的数学模型研究——研究范围从昆虫捕食者与猎物的相互作用,到黏菌的细胞质流动——这些研究预见了20世纪末系统生物学的兴起,以及生物过程的计算机模拟技术的发展。
奥德尔还是一位天赋异禀的制造者,遇见福伊后,他便着手为她打造了一台显微镜,让她能够拍摄并追踪果蝇胚胎细胞分裂的周期性变化。两人在星期五港细胞动力学中心并肩工作(该中心是一个跨学科研究机构,后来由奥德尔担任主任),始终保持着紧密的合作。在众多研究项目中,他们共同构建了一个经实验验证的数学模型,用于阐释名为微管的细胞骨架纤维如何组装,为细胞分裂提供支撑架构。
人类细胞每完成一次周期循环,其基因组就可能发生10至50次双链断裂——即DNA双螺旋被彻底剪断。当同一条染色体上出现两处断裂时,细胞分裂过程中,大片段的DNA可能会发生重排,甚至无法完整进入子细胞。面对这种风险,人类以及其他多细胞生物的细胞,都演化出了精密的DNA修复机制。但修复并不等同于复原:这些分子工具包可能会出错,将错误的末端拼接在一起,或是将DNA片段重新插入基因组的错误位置。与仅能对DNA进行微小局部改变的点突变不同,双链断裂可能会在更大范围内改写基因组。人类基因组中近一半的序列包含在基因内——其中有些基因的长度堪比整个细菌基因组——这些序列都面临着断裂和错误修复的风险。
人一生中,体内那些精准计时的节律有万亿次出错的可能。这些脆弱性会触发细胞在错误的时间和位置增殖,进而推动衰老和癌症的发生。“我丈夫因癌症离世,这让我深刻意识到,人类的死亡往往源于基因组损伤,而非先发生机械性故障。”福伊对我说道。但她也心生疑惑:“为什么我们不会(或极少会)将癌症遗传给后代?”福伊意识到,既然复杂性让我们的基因变得如此脆弱,那么必然存在一种方式,能够保护我们身体中令人惊叹的复杂性。在世代交替之间,一定存在一个检查点:一种拒绝错误指令、确保遗传物质足够完整以完成下一代构建的机制。
有性生殖便是解决这一问题的答案之一。在所有有性生殖物种中,一种名为减数分裂的特殊细胞分裂方式,会产生用于传递给下一代的细胞及遗传物质。减数分裂过程中,细胞内的每一对染色体必须先相互找到对方,并精准结合。在动物体内,这场复杂的结合过程可能需要数天;在植物体内,则需要数周的缓慢晃动与震荡。最终,配对的染色体会像拉链一样紧密结合,直到它们的DNA链对齐,并被一种名为联会复合体的生物“胶水”固定在一起。
如果任意一条染色体因断裂或错误修复而缺失基因,或是某段DNA片段位置异常,其所在的细胞终将走向死亡。只有序列对齐的染色体,才能再次分离并分配到子细胞中——这些子细胞随后会发育为真菌的孢子、植物的种子或花粉,或是动物的卵子和精子。
这种被称为粗线期检查点(the pachytene checkpoint)的分子结合机制,在过去25亿年间对生命演化产生了深远影响。福伊提出,至关重要的是,它能让维持细胞节律的遗传计时机制在世代间保持完整。
粗线期检查点也解释了为何亲缘关系较近的物种,即便在生理上能够交配,产生的后代却往往不育:区分不同物种的DNA重排,即便十分微小,也会在减数分裂过程中触发检查点,阻止生殖细胞的形成。因此,物种识别对生存至关重要。在热带雨林树冠层这样密集的生态系统中,鸟类和昆虫大量飞舞,生物体需要一种识别同类的方式,以确保与正确的物种交配,从而产生可育后代。福伊认为,极乐鸟华丽的羽毛、园丁鸟的求偶舞蹈,并非是适应性的信号,而是演化而来的“导航信号”。
生物体需要一种识别同类的方式,以确保与正确的物种交配。
和生命中的所有事物一样,粗线期检查点并非100%有效。总会有一些异常情况逃脱检查,这使得生物体能够适应不断变化的环境,福伊推测,这也是新物种出现的原因。偶尔,一次DNA断裂与错误修复会将一段包含完整基因(且与当下环境高度相关)的片段转移到新的位置。偶然之下,这种基因重排会逃过减数分裂过程中古老的染色体对齐与检查机制,并传递给下一代。这种重排后的DNA会调整细胞节律,既可能威胁生育能力,也可能为生物体的能力设定新的边界。
“比如沙丘向日葵,”福伊指着实验室外的世界说道。在这种向日葵中,遗传下来的错误修复DNA使其根系更长,身体更能抵御温度波动。在炎热的夏季,大多数向日葵会生长在沙丘背阴处——那里的地面温度始终较低,而发生基因重排的向日葵却能在沙丘向阳处茁壮成长。“假设有连续几个这样的炎热夏季,即便它的繁殖能力稍弱,也可能逐渐立足。”这种逃脱了保护机制的向日葵,会逐渐形成一个原始物种,更能适应所处环境。随后,检查点会重新发挥作用,使其及其后代与亲本物种在生殖上隔离,从而开辟一条新的演化路径。
福伊将这项最新研究视为破解分子生物学与整体生物体研究长期隔阂的一剂良方——它将我们的认知从细胞核的微观机制,延伸到生命形态在时空维度上的广阔演化历程。她认为,只有从宏观视角出发,才能真正理解复杂生命的运作原理。基因的延长、时间性与基因结构的深度交织,让它们更容易遭受潜在的灾难性损伤。而应对这种脆弱性,却带来了非凡的副作用:“我们生活在这个无比奇妙的星球上,周围有各种各样的生物,而正是这样一种机制,推动着生物多样性的产生,孕育着生命之美。如果没有它,就不会有我们的存在。”福伊说道。而对于生物学家们,她表示:“你们彼此隔绝的时间太久了。”
我最后一次与福伊交谈时,她正准备从圣胡安岛启程前往登曼岛,计划在那里定居。那栋木屋尚未完全完工,但已能入住。她告诉我,只需要再搭建一个小杂物间,用来存放木柴、工具,再摆一张桌子,供她制作植物木刻版画——这一爱好的灵感,源于她童年时全家在墨西哥生活的岁月。“为什么选择木刻版画?”我问道。福伊回答:“我喜欢它的美感,喜欢这个流派的粗犷与鲜明。”
对于人生的下一段旅程,福伊希望过简单的生活:“除了豆子和南瓜,我的菜园已经种好了。我太开心能重新拥有一座菜园了。”对福伊而言,园艺是另一种感受生命奇迹的方式——“一颗种子里,蕴藏着长成参天奇株所需的全部信息”。她希望用余生的时间耕种、修剪,以此“庆祝作为这颗星球上一个生命的意义”。当我问及星期五港实验室里的显微镜会如何处理时,福伊似乎已做好放手的准备。那台显微镜已经无法正常工作,她也不确定是否要修复它。“这或许是因祸得福吧,”她勉强承认,“说实话,我真的很喜欢趴在显微镜前提出各种疑问,但我在登曼岛过得无比快乐。”
不打理菜园时,福伊的首要任务是传播关于基因脆弱性的知识,以及她提出的假说——数百万年的演化已孕育出保护复杂生命的解决方案。这项研究目前以长篇论述的形式发表在《整合有机体生物学》期刊上,却面临着现代读者注意力持续时间缩短的挑战。福伊的文风,与查尔斯·达尔文《物种起源》(1859年)、达西·温特沃斯·汤普森(D’Arcy Wentworth Thompson)《生长与形态》(1917年)等历史性综合专著一脉相承,这类著作往往用数百页的篇幅深入剖析细节。
但在这个快节奏的数字时代,即便所描述的事物复杂度极高、需要详尽阐释,也很少有科学家愿意花时间阅读长篇大论。福伊正努力将这个具有变革意义的研究故事拆分成易于理解的片段,但我能感受到,这样做让她内心有些不舍。她面临的另一个挑战是,由于选择了独立科研的道路,年轻一代的生物学家大多不了解她。她一生专注于研究本身,用心培育实验室内外的生命,却从未涉足学术研讨会或会议圈子。
然而,福伊最想讲述这个研究故事的人,是奥德尔:“我最大的遗憾之一,就是没能告诉他我所认为的答案是什么。”当她想象着能够向奥德尔倾诉的场景时,脸上露出了笑容,整个人都焕发出光彩:“他一定会为此欣喜不已。”
原文链接:https://aeon.co/essays/far-from-junk-the-clock-in-our-dna-and-its-discoverer
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