2012年9月14日，因见南怀瑾的咳嗽久不见好，南怀瑾的女弟子、贴身护法宏忍建议他前往医院，南怀瑾同意了。随后，他被安排坐救护车前往上海的医院。
到了医院后，医生们给南怀瑾做了很多检查，并且开了消炎、化痰、利尿的药。17日，医生为南怀瑾安排了肺科专家会诊，并且做了CT。18日，CT检测报告出来，显示肺部真菌感染，另有一小处阴影，如要明确，必须再做进一步复杂检查。
后来，因为觉得南怀瑾年纪大了且瘦，他当时已经95岁了，所以不建议说“不建议再进行复杂的检查，担心检查过程中万一有意外反而不好”。
弟子们得知消息后便告知南怀瑾：“老师，接下来要靠您自己了。”南怀瑾当时答的是：明白，好。之后，他略微活动了一下后，便像平日一样打坐了。
南怀瑾打坐的过程中，周围一直有很多弟子守护。宏忍在19日晨6点40分，忽然听到老师身体里有一个戛然而止的声音（像开关突然关了一样的声音）。她迅速查看，发现此时他的老师已经没有鼻息、脉搏也微弱，近乎没有了。她立刻通知医生，心电图检查显示出来的是直线，间隔很久才凸起一点点。
中医南小舜和西医都查看了南怀瑾的身体，发现他的瞳孔并未放大。弟子们见状，决定送南怀瑾回大学堂。
回到太湖大学堂后，南怀瑾被放躺在卧室床上，时刻安排人轮流看护。
其实此时南怀瑾已经离世了，他在19日没有鼻息且被检查心电图直线时，其身体就已经不能用了。但宏忍却坚持“老师一切如常？”并在此后一直派专人照顾他，直到29日，也就是距离真实死亡时间10天后，才宣布他离世。这是为何？
答案与三方面的因素有关。第一方面，南怀瑾毕竟是修行之人，他生前弟子就见过他打坐入定，仪器测不出脉搏呼吸，过后自行苏醒，这件事是所有人在他死后仍认为他未离世的心理依据。
深度禅定，的确可以做到气住脉停——呼吸、脉搏暂时停摆，心电图接近直线，但因识（神识）还在执持身体，所以身体不会冰冷僵硬、瞳孔不散，出定后可恢复呼吸知觉。
宏忍他们认为老师并未去世，就是以为老师只是入定了。
另一方面，南怀瑾半生讲禅、传道数十年，无数弟子将他视作精神依靠、修行导师；95岁高龄，所有人内心深处都抱有一丝微弱期盼：万一只是入定，还有苏醒可能，不愿当场直接认定永别。
第三方面，弟子们不愿接受南怀瑾在冰冷医院辞世的结果，他们希望自己的老师在他自己修建、长期讲学的太湖大学堂，以诵经、护持的清净方式陪伴走完最后一程，这也是尊重他一生修行的心愿。
值得一提的是，当时家属、弟子分成两派：一派认同西医，认为19日已经离世；一派坚持入定之说。双方无法达成统一，折中方案就是带回学堂持续观察，等待躯体给出无可辩驳的衰败信号，所有人才能统一接受现实。
十天后，即29日，两位医师带着从医院借来的仪器，给南怀瑾做检测，检测结果是：“南老师已经没有生命的迹象，部分身体已出现死亡迹象，身体不可再用了。”
当日下午4点左右，本地的法医确认了南怀瑾的死亡诊断。如今，公开资料都认定29日为南怀瑾辞世的时间。然而，他的真实去世日期，当是19日。
但话说回来，南怀瑾弟子们和西医的看法存在差异很正常。因为，西医看得是肉体器官功能，而弟子们则用的是佛教修行视角。佛法看神识与身体的联结状态。二者存在差异，实是情理之中。如此，才会出现“医院判定体征消失，弟子带回观察十日再确认死亡”的核心逻辑，再叠加弟子不舍、佛门传统，整件事就很好理解。
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