2026年6月28日，广西大学张积森教授和福建农林大学邓祖湖研究员联合团队在《Nature Communications》发表了题为“Haplotype-resolved genome assembly sheds light on the evolutionary history of autohexaploid Tripidium arundinaceum ”的研究论文。这支团队完成了蔗茅Hainan92-105品系的高质量单倍型解析基因组组装工作，并理清了该物种的演化脉络和局部环境适应机制。此前，广西大学张积森团队于2026年2月刚刚发表了Science正刊，详见报道链接：
广西大学团队用PacBio HiFi和Hi-C测序技术，把蔗茅约6.73 Gb的基因组挂载到了60条染色体上，这六十条染色体正好凑成十个同源组、每组六条，跟细胞学实验看到的核型完全吻合。注释出来的蛋白质编码基因超过18万个，单倍体基因组大小大约1.12 Gb。大出来的部分主要是重复序列在作怪——蔗茅基因组里重复序列占了七成以上，其中长末端重复反转录转座子（LTR-RT）占了将近一半。这些LTR-RT的插入时间显示，蔗茅在多倍化之后有过两轮比较集中的爆发，一轮大约在24万年前，另一轮在10万年前，跟群体历史中有效群体大小的两次低谷在时间上正好对上，并且对应着古乡冰期那段温度剧烈下降的时期。
蔗茅的分类地位这些年在学界一直有不同声音，有人主张把它放在Erianthus属里，也有人觉得应该单独划出去。研究团队用全基因组单拷贝基因和叶绿体基因组分别建了系统发育树，两棵树给出的结论很一致：蔗茅跟高粱的亲缘关系比跟甘蔗属要近，而且蔗茅和T. ravennae、T. procerum这些物种聚在同一个独立分支上，和甘蔗属、Erianthus属明显是两拨。这个结果支持把蔗茅正式划到Tripidium属里去。他们估算的分化时间显示蔗茅祖先跟高粱大约在654万年前分道扬镳，蔗茅自身的多倍化事件发生在大约131万年前，比甘蔗属多倍化的时间（77万年前）要早了不少。在光合作用类型上，通过叶片花环结构观察和CO₂响应曲线测定，团队证实蔗茅走的是NADP-ME型的C₄途径，跟甘蔗一样。不过蔗茅缺少典型的C₄型丙酮酸磷酸双激酶调节蛋白基因，只留下了一个非C₄谱系的拷贝，这个拷贝在叶片梯度上表达量还是呈现上升趋势，说明它的调控角色可能已经发生了一些变化。
群体遗传学这部分覆盖了国内10个省份的153份材料，一共鉴定出超过1200万个SNP位点。这些材料可以划分成四个类群，海南和广东的类群在进化树上位置最靠外，有可能是比较古老的支系。云南的材料分布在三个不同类群当中，并且云南类群的核苷酸多样性最高（π值达到4.10×10⁻⁴和4.48×10⁻⁴），连锁不平衡衰减也最快，这说明云南是蔗茅在国内的一个多样性中心。重建群体历史动态的时候团队发现，蔗茅和割手密在更新世经历过一次同步的群体收缩，可能跟两个物种分布范围重叠、对气候降温的响应比较相似有关。有害突变负荷的评估显示蔗茅和割手密的负荷水平相近，都比热带种要低一些。
环境关联分析这部分用了冗余分析和潜因子混合模型两种方法，重叠鉴定出7592个核心适应性变异位点，注释到836个基因上。跟温度年较差（BIO7）关联最紧的是CYP78A5基因，这个基因在其他植物里过表达能提高耐旱耐热的能力，其中一个SNP的等位基因频率在温度年较差不同的地区差异很明显。跟最冷季度降水量（BIO19）关联到的是bHLH112转录因子基因，它在拟南芥里的同源基因已经被报道参与干旱和盐胁迫应答。他们还找到了MYB30、WRKY2、Lea14-A、CYP707A3等一系列跟温度或降水适应性相关的候选基因。这些发现把蔗茅应对不同气候条件的遗传基础描述了出来，也为将来利用这些抗逆基因资源提供了具体的入手点。
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