清代立国两百余年，西北甘、宁、青一带先后爆发四起规模巨大的地方民变，分别是顺治五年米喇印、丁国栋河西起事，乾隆四十六年苏四十三循化事变、乾隆四十九年田五石峰堡起事，同治初年席卷陕甘的大规模战乱，以及光绪二十一年河湟地区教派冲突引发全境动荡。
顺治五年三月，驻守甘州的原明朝降将米喇印、丁国栋举兵起事，以反清复明为旗号，短时间内控制甘州、凉州、兰州、临洮等大片河西州县，队伍规模迅速扩张至十万上下。清廷急调陕甘总督孟乔芳统筹兵马，经过近一年围剿，先后在水泉堡击杀米喇，攻破甘州、肃州两座城池，丁国栋、黑承印等首领被俘处死，持续十个月的河西动乱结束。
当时清廷刚刚入主中原，全国战事尚未平息，八旗主力大多投入江南、西南战场，能够调拨西北的兵力十分有限，因此清廷下达明确指令，只有带头举兵、攻城杀官的核心人物及其直系亲属予以严惩，丁国栋、土伦泰等起事首领全部当众斩首，家中男丁处死，妇女孩童分赏给有功官兵；凡是被裹挟跟随、未曾主动参与攻城劫掠的普通百姓，只要主动到官府登记投降，全部赦免罪责，不予追究。
对河西饱受战火的州县，朝廷推出休养生息政策，甘州、凉州十里范围内百姓免除一年田赋，周边二十里区域减免半年粮税，同时废除明末延续下来的皮张摊派、额外军需加征等苛捐杂税，允许流民返乡开垦荒废田地。
各地清真寺照常开放，官府没有拆毁礼拜场所，也没有修改民间日常宗教活动的相关规定。基层管控仅做简单补强，在甘州、肃州、兰州增设巡检司，增加少量绿营兵驻守，没有推行保甲、乡约这类深度介入民间的管理制度。
乾隆四十六年，青海循化地区花寺老教与哲赫忍耶新教长期矛盾激化，地方官员处置失当，苏四十三率领数千教众围攻循化厅，一路直逼兰州，切断黄河浮桥，全城震动。乾隆皇帝急派阿桂、海兰察率领京旗、川番精锐赶赴甘肃，历经四个多月围困，在华林山全歼起事队伍，苏四十三战死。
战事结束后，清廷直接将哲赫忍耶定性为“新教邪教”，下达全国通令，所有新修建的礼拜寺一律拆毁，明令禁止各地再招收外来游学阿訇，原有总掌教、阿洪这类宗教称谓全部废除，要求回民村落推选本地忠厚百姓担任乡约，每年向官府出具保证书，承诺没有私传新教、私下聚众念经的行为。
回民三人以上结伴携带刀具斗殴、盗窃，无论赃物多少，一律发配云南、广西极边烟瘴之地，单人持械作案量刑也远重于普通汉民同类案件。起事家属处置手段极为严酷，成年男性全部处决，妇女发配伊犁给索伦、察哈尔兵丁为奴，未成年男童押往两广烟瘴地方充军，撒拉族聚居的十二工之中，九工新教民众几乎被清空。
仅仅三年之后，盐茶厅阿訇田五为给马明心复仇，依托石峰堡举兵再起，清廷派福康安、海兰察再度领兵镇压，平定后的善后管控比苏四十三事件更加严苛。除延续打压新教、推行乡约保甲制度之外，朝廷在盐茶、静宁、隆德、通渭等十多个厅州县大规模增设墩堡与驻防兵营，清点民间刀枪火器，民间私造、私藏军械一律从重治罪，同时抄没起事民众五万多亩土地、三千多间房屋充公，大量村落彻底荒芜。
两次动乱让清廷认定教派纷争是动乱根源，通过打压新兴教派、拆分宗教权力、出台特殊重刑、增加军事布防多重手段压缩民间活动空间，只是单纯依靠武力压制矛盾，并未调整地方官员处理族群纠纷的处事准则，也没有规划人口迁徙隔离方案，为数十年后更大规模的全域战乱埋下隐患。
同治元年，华州竹竿纠纷引爆关中矛盾，各地团练肆意屠戮回民村落，陕西、甘肃全境相继陷入长达十余年的大规模战事，金积堡、河州、西宁、肃州先后形成四大对抗据点，百姓流离失所，关中传统回民聚居区十室九空。
左宗棠规定回民居住地不能靠近府城、交通要道，不能和汉民村落相邻，不允许大片民众集中聚居，所有投降的民众必须拆分到分散、贫瘠的荒原地带，杜绝再度抱团起事。金积堡两万多陕回被整体迁往宁夏化平川荒原，河州数万民众拆分安置在平凉、会宁、静宁、安定零散荒滩，西宁投降民众分散迁至秦安、清水各县，肃州幸存老弱妇孺押往皋兰、平番偏远地区。
光绪二十一年，河州花寺门宦内部新旧派系矛盾再起，地方官员偏袒一方，处置手段简单粗暴，矛盾迅速扩散至循化、湟中、大通、贵德整片河湟区域，数万民众参与对抗，清廷调董福祥甘军入甘平乱，一年半之后彻底肃清各处抵抗力量。
此时清王朝国力衰败，国库空虚，无法像同治年间一样调动大量外省军队长期驻守西北，也无力组织数十万民众远距离强制迁徙，因此本次善后手段出现明显调整，放弃大范围异地拆分安置，转而依靠本土回族军阀协同管控，管控力度有所缓和。
宗教不再全盘打压各大门宦，仅限制公开煽动纷争的上层阿訇，普通民众日常礼拜、宗教活动不再受到严苛限制，乾隆时期全国清查经书、拆毁礼拜寺的政策不再执行。不过保甲、路票、地方墩堡驻防等基础管控制度完整保留，各地依旧定期清点民间军械，基层户籍稽查没有放松。
这场事变之后，马安良、马麒、马福祥等家族势力持续壮大，逐步形成控制甘、宁、青三地的西北诸马军政集团，晚清中央对西北的直接管控力度持续弱化，地方实权逐步转移至本土武装手中。
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