赋税是我国古代历代封建王朝运行的基础，是一定时期统治阶级特定治理思想指导下的产物。清代在统一新疆的过程中，依据天山南北各自呈现的政治、经济情况采取了不同的分区治理体系，既然治理体系不同，清廷当然规划了其赋税体系。有一些论调认为，清廷在新疆仅仅是羁縻统治，并不收取赋税，这一说法是不对的，下面就来说说清代在新疆的税收机制。
新疆正赋
北疆田赋
清廷在平定准噶尔汗国后，就大量派遣各色屯户前往伊犁、乌鲁木齐等地开展屯田工作，开辟了22个屯田区，以巩固对北疆的统治，减轻清廷当地的驻军压力。而其屯户则分为多种，自开展屯田以来，“不出十年，兵屯、旗屯、遣屯、回屯、户屯，遍及南北”，由于北疆以屯田制为主，所以其田赋特点也是以交纳本色粮食为主，是故《三州辑略》上做了比较精当概括，所谓“输粟为赋，岁无丁银”，“其赋不以丁而以地，不以钱而以粮”。
在清代的《户部则例》、《西域图志》等志书就记载了关于北疆赋税的相关规定，北疆户民的屯垦在三年之后便开始升科缴纳粮赋，分为本色征收和折色征收，以本色征收为主，各地区的税收模式和数量各有不同。《清仁宗实录》记载：“其查出迪化州等处，尚可耕种地二十四万七千四百余亩，著照所请招户试种，三年减半起科。”
如安西州所属的玉门、奇台等民户、商户的土地为例，每亩额征正良为四升一合八勺七抄六撮，加征耗粮为四合一勺八抄七撮六圭，草折粮三升。而巴里坤户民认垦地亩每亩征正粮四升一合八勺有奇，随征耗粮六合二勺有奇，以麦、豆、青稞三色交纳，草折小麦三升。
乌鲁木齐、伊犁户民。乾隆朝《户部则例》记载，户民及其犯屯人员每亩征收米麦八升。在乾隆五十二年（1787年），乌鲁木齐一带陆续查出新地，乾隆帝为了鼓励当地的屯垦，定新地减半征收之例，“应征新粮，著照所准减一半”。
伊犁将军府
回屯之例。伊犁回屯的田赋征收，清廷最初规定是“每名岁纳粮十六石，以大麦、小麦、栗谷、糜谷四色交纳”。但在乾隆五十四年（1789年），伊犁将军保宁奏请“回子生齿日繁，增垦地亩，情愿加交粮四千石以足十万石之数，从此每户上交额数为十六石六斗六升六合六勺零。嘉庆十年（1805年），除了要交正粮之外，又在每石之外加“三升斛面”，还另有“鼠耗”之制，可谓是名目繁多，不得不说耕种于伊犁回户屯种，相对于别地的民屯或者南疆维吾尔族吃起来，负担是最重的。
除此之外，作为本色征收的补充，清廷对伊犁的民户与商户也会以折色征收（以粮折货币形式缴纳），如商户耕种麦地者，“每亩征银五分”，耕种蔬菜地、稻田的商户，则“每亩征银一钱”。
南疆的粮赋与额赋
南疆的田赋构成与北疆完全不同，包含粮赋与额赋两部分内容，据《清朝文献通考》记载：“若叶尔羌、喀什噶尔、和阗诸城皆以钱与粮并纳。”
粮赋
先来说说南疆的粮赋，清廷制订南疆粮赋政策主要是根据准噶尔汗国时期的旧制与清廷平定南疆时各城的态度有关。而其土地性质则分为两类，一类是国有土地，这些地亩一般又被称为旧汗公地，是原叶尔羌汗王所属土地。另外一类就是南疆回户的私有土地。两种土地所收粮赋是完全不同的。一般来说，回户的私有土地，取其收获的十分之一；国有土地则取其收获的五成，即二分之一。清廷即在此制的基础上有所变化：“回人旧制，征收粮石，系十分取一，载在经教。至阿克苏城，乃旧汗之公地，收获时则系平分。”
还需要特别说明的是，南疆的民地不是像内地一样按亩计算，而是按籽种地亩来计算，在确定粮赋的额数时，一般会以播种种子的10倍粮数作为收获总粮，取十分之一为额数上交（有时，清廷会对亲附程度较高的南疆城池使用不同的算法交粮，以示嘉惠），但实际上收获量并没有如此之高，大约“丰年可获七八倍，荒年可二三倍”，10倍之数着实高估。根据《西域图志》罗列南疆各城粮赋如下：鄯善（辟展）：屯地34232亩，额征十分之一，征粮3423.2石。哈喇沙尔：征粮982石。库车：民田960石籽种地亩，额征十分之一，征粮960石。官地250石籽种地亩，额征十分之五，征粮1250石，原共2210石。后定为2355.8石。沙雅尔：民田565石籽种地亩，额征十分之一，征粮565石。官地75石籽种地亩，额征十分之五，征两375石。共940石。后定为872.6石。乌什：民田84000亩，额征十分之一，征粮为2250石。官地额征十分之五，征粮卫192石。共2442石。后定为2010石。阿克苏：民田14200石籽种地亩，额粮6750石。官地344亩，额征五分之一。经过历次减免，额征粮3945.2421石。赛喇木：民田975石籽种地亩，额征十分之一，征粮975石。经过历次减免，额征粮782.2281石。拜：民田97.5石籽种地亩，额征十分之一，征粮97.5石。后又增为364.2143石。喀什噶尔：民田 21200石籽种地亩，额征十分之一，征粮21200石。官的801.4石籽种地亩，额征十分之五，征粮3993.531石。共25193.531石。叶尔羌：民田14977.1石籽种地亩，额征十分之一，征粮14970.1石。官地1283.66籽种地亩，额征十分之五，征粮6418.3石。共21388.4石，后定为21371.07石。和阗：民田54139石籽种地亩，额征十分之一，征粮为10600石。官地13062石籽种地亩，额征十分之五，征粮2183.6石。共计12783.6石，后定为13934.8石。
很显然，根据上述数据，清廷对不少地区完全没有按照籽种地亩乘以10，再收取十分之一的规则来收取粮赋，至少阿克苏和和阗两地相比于喀什噶尔、叶尔羌等地低得非常离谱。
按照旧有算法，和阗地区的民田须缴纳起码50000多石粮食，但清廷征取十分之一后，仅须缴纳10600石粮食，比正常征收低5倍之多，很显然和阗地区每年征收粮食的标准是按籽种地亩乘以2，再收取十分之一的标准征收的，等于清廷是按灾年的标准向和阗征收粮食。
而阿克苏地区按照旧有算法，民田交粮应该是1.4万石，但清廷仅征收6750石，也是远低于旧有算法的征收两，显然是籽种地亩乘以4.75，再收取十分之一的标准征收的。而阿克苏的官地相对于其他地方上交十分之五的粮食的科则不同，仅须交五分之一，相对于其他地方较轻。
这很有可能就是阿克苏和和阗两地在清廷平定大小和卓叛乱的过程中全力配合清军，态度十分端正的回报，清廷对于这两地的粮赋予以了大量的减免。而如叶尔羌尔等地由于深度参与了大小和卓叛乱，于是在第一年由于经济考虑到经济恢复，只征收1400帕特玛（4.5石），第二年立刻起征旧例，“次年加增一倍”，才有了21371石的粮赋。
额赋
除了粮赋之外，南疆还需要缴纳额赋，所谓额赋的性质则有些复杂，部分南疆地区为丁税性质，部分地区有地税的性质大多是以货币形式缴纳。
按《西域图志》记载，喀什噶尔的额赋为26000腾格（一腾格为一百普尔钱），叶尔羌的额赋为25150腾格，和阗的额赋为8112腾格，皆属于人丁税性质。而阿克苏的额赋为1642腾格，赛喇木的额赋为134腾格，拜的额赋为130腾格，“于额粮内折收”，这三地的额赋是从上缴的额粮内折色征收，则有地税性质。
多样化的杂赋和租税
杂赋
在新疆，清廷除了征收正项的粮赋和额赋之外，还会收取铜、硫磺、金等杂赋。
清军在平定大小和卓之乱后，为了确立对新疆的统治，很快在叶尔羌、阿克苏、乌什、伊犁等地开炉铸币，而铜课又与铸币之项息息相关，诸多杂赋中，清廷当然最为注重铜课。
而新疆丰富铜矿资源也为清廷征收铜课提供了可能，新疆之铜矿尤以拜城和库车最为丰富，“其起于拜城、库车之间者，产铜之山十数，而却尔噶最大”，新疆用于铸币的铜斤，绝大部分来自于各地设立的铜厂，尤其是拜城上、下铜厂“为新疆铜矿之冠”，每年交铜高达26000多斤，其铜课规则为“每额粮一石交铜三斤”。
南疆各城每年铜课归纳如下：哈喇沙尔征铜905斤、库车征铜729斤10两、沙雅尔征铜358斤10两5钱、阿克苏征铜4667斤、赛喇木征铜383斤8两5钱、拜城征铜370斤10两。
除了铜课，还有贡金和金课，清廷根据各城的实际情况征收贡金，这部分贡金数量较少，叶尔羌贡金67两7钱，喀什噶尔贡金10两，和阗贡金80两。而课金数额则较为巨大，“和阗开采金砂六处，岁纳课金二百两，续获之噶尔等处，岁纳课金三百两，共计五百两”。
由于新疆的硫磺、硝、铅等资源十分丰富，所以清廷每年也要征收一定数量的硫磺、硝、火药，以作为军用物资。阿克苏征硫磺4200斤；哈喇沙尔征硝428斤；库车征的最为全面，每年真火药600斤、硫磺400斤、硝200斤。
除了铜课、金课、硫磺、硝、铅等课，还有土贡一说，清廷每年向各城收取土产，主要是棉花、水果等。如叶尔羌就每年被征收葡萄、苹果、木瓜、石榴膏、苹果膏、梨膏等土特产。
租税
随着新疆经济的发展，往来商民日益增多，于多地自修房屋居住营商，清廷遂按照房屋大小定数收税，租税此项税收不管是北疆和南疆各城都大量存在，且名目不同。以镇西府宜禾县为例，房地牲畜税价银1两收3分，每月收民盖铺面房税1钱、官盖一等铺面房1.2两、官盖二等铺面房1两。伊犁为房地牲畜税价银1两收3分，每月收官盖铺面房1两、一等民盖铺面房税3钱、二等民盖铺面房税2钱、三等民盖铺面房税1钱、地基每段每月收2钱、民盖住房每间每月5钱、商民认垦菜园每年每亩征1钱、商民认垦禾地每年每亩征5分。
当然，在新疆还有木税、煤税、药材税、牙税等等，就不一一道来了。
所以，清廷很明显在新疆有着行之有效的税收体系，而这些税款也确实在一定程度上降低了清廷在当地的财政压力。但不可否认的是，中央政府在一定时期内控制力度的衰弱，确实对中央的税收权益有所伤害，为当地不法官吏和伯克渐渐蚕食。
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