这类食品也因美国卫生部长小罗伯特·F·肯尼迪倡导的“让美国再次健康”运动而进一步受到关注。不过，尽管这一运动推崇的其他一些饮食潮流曾遭健康专家质疑，例如关于生奶和种子油的一些未经证实的说法，但食用发酵食品的益处，确实有一定科学依据支持。
发酵是一个由天然存在的微生物，包括细菌和酵母，分解并保存食物的过程。专家表示，发酵食品目前是研究热点，但它们的许多健康益处其实已经比较明确。纽约大学朗格尼医学中心胃肠病学家丽莎·甘朱医生说：“我们做这件事已经很久了，只是直到近些年才更清楚地发现，它确实有助于肠道健康。”
不过，她也提醒，食物经过发酵，并不自动意味着它就是健康食品。“啤酒和葡萄酒也是发酵食品，但它们未必属于益生菌食品。”她说，“如果说有什么影响，它们对我们自身微生物组的作用反而更偏负面。”
马萨诸塞大学陈医学院应用营养中心主任芭芭拉·奥伦茨基表示，她建议人们重点选择“完整的发酵食品”，除了酸奶、开菲尔、泡菜、酸菜和天贝，也可以包括发酵甜菜或四季豆等食物。
发酵食品中的微生物会帮助“预消化”食物，对其进行分解，并改变其中可被人体利用的成分。这些细菌本身也有助于维持肠道平衡，它们会与肠道中原有的其他细菌竞争，其中一些细菌对人体并不那么有益。斯坦福大学研究营养师达莉娅·佩雷尔曼说：“究竟是什么让发酵食品如此健康？这个问题，我们仍在研究。”
有些发酵食品，比如酸奶，在食用时能提供活性益生菌。另一些，比如酸面包，则几乎不提供活性益生菌，甚至完全没有，因为它们经过烘烤或其他加工，微生物已经被杀死。不过，佩雷尔曼表示，有证据显示，一些发酵食品即便不含活菌，仍然对健康有益。
专家提醒，应当警惕那些把自己包装成益生菌食品的汽水、巧克力或其他加工食品。佩雷尔曼说，即便是益生菌补充剂，本质上也是在尝试复制许多发酵食品中天然生长的有益菌组合。
她说：“消费者对此很兴奋，开始倾向选择那些经过发酵、并认为对‘肠道健康’特别有益的产品，但这并不是一个临床定义。随后，营销就顺势放大了这股趋势。”甘朱还提醒，应避免高糖食品。她说，额外添加的糖分会滋养不那么有益的细菌，而不是发酵食品中的有益细菌。
她还建议，选购时要看产品是否标注“活性菌种”，而不只是笼统写着“益生菌”。“最好的酸奶，其实就是原味的发酵牛奶，加上菌种。”她说，“让它自然发挥作用就好。”尽管发酵食品范围很广，专家表示，对大多数人来说，它们总体上是安全的。而且，它们不仅可能有益健康，也能为餐桌带来更丰富、更有层次的味道。
佩雷尔曼表示，免疫系统较弱的人，以及患有肠易激综合征的人，在把这类食物纳入日常饮食前，最好先咨询医生。不同的人食用不同类型的发酵食品，可能会出现不同反应。奥伦茨基说，有些人在增加发酵食品摄入时，尤其是在肠道逐步适应的过程中，可能会出现腹胀、排气增多等不适。
甘朱说：“如果你感觉不错，那就继续吃。如果感觉不好，就停下来。”她指出，同样的食物对不同人的影响并不相同。那么，哪一种发酵食品最好？专家表示，很难找到有科学依据支持的明确排名，来证明酸菜一定优于泡菜，或者只吃一碗酸奶就足够。
他们认为，食用发酵食品的最好方式，是吃得多样，并把它们稳定地纳入日常饮食。甘朱建议，可以按类别来理解这些食物，例如乳制品类的酸奶和开菲尔，以及以膳食纤维为基础的泡菜和酸菜。研究人员也仍在探索，发酵食品的摄入量究竟是否重要。专家表示，和许多饮食问题一样，答案很可能因人而异。
佩雷尔曼说：“我们可以采取更稳妥的做法，就是尽量吃得多样一些。”她建议每天摄入两份。专家还强调，发酵食品应只是均衡饮食的一部分，这样引入肠道的有益细菌才有它们喜欢的“食物”，例如富含纤维的益生元。
益生元为益生菌，也就是这些活性细菌，提供养分。奥伦茨基表示，应循序渐进、多喝水，同时重视整体饮食结构；这不是只靠某一样食物就能解决的问题。
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