自从唐高宗李治即位以来，他便继续完成唐太宗的遗愿，征讨高句丽（gāo gōu lí）。
公元666年，高句丽的泉盖苏文去世，长子泉男生接手继承父亲的职位，掌控高句丽的军政大权。
他外出巡视时，两个弟弟泉男建和泉男产留守，就有人从中离间，说泉男生想要找机会除掉两个弟弟，不如先下手为强。
男建和男产并不相信，又有人对泉男生说，两个弟弟担心兄长回来后夺回大权，都打算把兄长拒之门外，不让进京。
泉男生便偷偷派了亲信到平壤查探，结果被男建和男产发现，直接将他拘禁起来，又以高句丽王的命令召泉男生回京。
泉男生不敢回，男建直接取代他的职位，发兵讨伐男生。
男生退守别城，派儿子泉献诚向唐朝求救。朝廷本来就想剿灭高句丽，这几年以来，一直在发兵征讨，泉盖苏文去世，他的儿子争权内乱，泉男生投靠唐朝廷，正可谓机不可失。
唐朝廷以右骁卫大将军契苾何力为辽东道安抚大使，率兵救援。以泉献诚为右武卫将军，作为行军向导。以右金吾卫将军庞同善、营州都督高侃为行军总管，讨伐高句丽。
公元666年九月，庞同善大破高句丽兵，泉男生率部与庞同善合兵。唐朝廷诏令以泉男生为特进、辽东大都督，兼任平壤道安抚大使，封为玄菟郡公。
十二月，朝廷又以李勣为辽东道行军大总管（李勣，原名徐世勣，因为劳功大赐李姓，改为李世勣，又为了避开太宗皇帝李世民的名讳，改名为李勣），以郝处俊（司列少常伯）为副将，率兵讨伐高句丽。水陆各部总管、运粮使窦义积、独孤卿云、郭待封等人，全部受李勣调派。河北各州的赋税作为部队的供给。
李勣打算带着女婿杜怀恭一同到战场立功，杜怀恭却以家里贫困为理由拒绝了，李勣就拿出钱财资助他。杜怀恭又找了个理由，没有好马，李勣又送他良马。杜怀恭见无法再推辞，便直接逃到岐阳山里藏了起来。
有人就不理解了，所谓的一人得道，鸡犬升天，有人提携是好事啊，杜怀恭为何坚持不受呢。杜怀恭便对人解释说，岳父是想拿自己立威立法，他担心到了军中，言行不当触犯军法而身陷险境。
李勣知道后，也想到杜怀恭平时不拘小节，性格放纵不羁，这种情况是非常有可能发生的。因此而作罢。
李勣先攻占了高句丽的新城，因为新城是高句丽西面的要害，如果不先攻拔，其他城池是不易攻取的。攻取新城以后，李勣率兵进击，一举拿下十六座城池。
庞同善、高侃在新城，泉男建派兵袭击他们的营地，被左武卫将军薛仁贵击破。高侃进兵金山，与高句丽兵交战，战不利，高句丽兵乘胜向北进兵，薛仁贵引兵横击，斩杀五万余人，攻拔了南苏城、木底城、苍岩城，与泉男生的部队合兵。
郭待封率领水军从另一条路直扑平壤，李勣派副将冯师本运输粮食和武器协助郭待封。
冯师本部队的船只破损因此延误了时间，郭待封的部队缺粮，本想写信给李勣求救，又担心书信被敌人拦截而得知军中虚实，便写了离合诗给李勣。
离合诗是一种以文字拆分与组合为核心特征的短诗形式，通常为通过字形的拆解、偏旁的提取或字母的有序排列，使诗句在表层语义之外隐含另一层文字信息。
李勣收到诗以后，气的要斩掉郭待封，他认为军事紧急，怎么郭待封还有心情写诗。
行军管记通事舍人元万顷解开了诗中的本意，李勣便重新派人运送粮食和武器支援郭待封。
元万顷作檄文讽刺高句丽人不知道守卫鸭绿江之险，泉男建立即移兵据守鸭绿江，唐兵无法渡江，唐高宗李治得知后，将元万顷流放岭南。
郝处俊的部队在高句丽城下还没完成列队，高句丽兵便悄悄抵达，军中人人大惊，郝处俊刚刚吃了干粮坐在交椅上，并不慌张，他已悄悄派出精锐之士击败了高句丽兵，军中将士都非常佩服他的谋略。
公元668年，薛仁贵在金山击败高句丽兵，乘胜带着三千人进攻扶余城，众将领都认为兵太少，从而劝阻他。薛仁贵说，兵不在多，重要的是如何用兵。
薛仁贵自为前锋，与高句丽兵交战，大破高句丽兵，杀伤缴获一万余人，攻拔了扶余城，扶余川中四十余座城纷纷望风归降。
侍御史贾言忠奉命出使辽东回朝后，唐高宗李治向他询问战况，贾言忠回答说，高句丽必能平定。
李治问他为什么如此笃定，贾言忠回答说：“当年隋炀帝东征失败，是因为人心离散的缘故；先帝（李世民）东征没能成功剿灭高句丽，是因为高句丽当时国内平定。如今高句丽权臣擅专朝政，泉盖苏文离世，他的儿子们争权互相残杀，泉男生又真心来归，作为我军的向导。陛下圣明，国家富强，将士尽力，趁着高句丽内乱，此战必胜。而且，高句丽连年发生饥荒，人心大动，势必会被消灭。”
唐高宗李治又问他征讨辽东的这些将领谁最为贤能，贾言忠说：“薛仁贵勇冠三军；庞同善虽然不善于作战，但是军纪严整；高侃勤奋俭朴，忠心果敢有谋略；契苾何力沉着冷静能决断，有统帅之才；不过，要论到日夜小心谨慎，忘身忧国，众人都赶不上李勣。”李治深以为然
泉男建再次派兵五万去救扶余城，和李勣在薛贺水相遇，双方交战，泉男建大败，唐兵斩获三万余人，进而攻拔了大行城。
攻克大行城以后，各路部队过来与李勣会合，进兵到鸭绿江边，高句丽兵拒战，李勣等人奋击，大破高句丽兵，追击两百余里，攻拔了辱夷城，其他各城城主纷纷逃窜，相继来归降。
契苾何力先引兵抵达平壤城下，李勣大军继后，围困平壤城一个多月，高句丽王派泉男产率首领出城投降，李勣以礼接受。
泉男建还是闭门拒守，频频派兵出战，次次战败。泉男建把军事交托给僧信诚，信诚密派人向李勣请降，并且作为内应，五天之后，打开城门，李勣纵兵登城敲鼓，放火烧了城池四角，泉男建自杀未遂被擒获。
高句丽平定，李勣等人班师回朝，唐高宗李治下令先将高句丽王献于昭陵，以告慰先帝之灵，接着奏凯歌入京师，将高句丽王献于太庙。
公元668年十二月，唐高宗李治在含元殿接受高句丽王的降礼，赦免高句丽王，以他为司平太常伯，员外同正。以泉男产为司宰少卿，僧信诚为银青光禄大夫，泉男生为右卫大将军，泉男建流放黔中，扶余丰流放岭南。
李勣以下的官员将领各有封赏，把高句丽五部、一百七十六城、六十九万余户，分为九都督府、四十二州、一百个县，在平壤设立安东都护府管理。
提升原高句丽有功劳的酋长，任命为都督、刺史、县令，与华人共同管理。以薛仁贵为检校安东都护，总兵两万人镇抚。
唐高宗李治到南郊祭祀，告慰祖宗平定高句丽的消息，以李勣为亚献。（古代祭祀时献酒三次，第二次的献酒称为“亚献“，亚献通常由地位次于主祭者的官员或家族成员执行。）
唐朝对高句丽的战争实际上持续了将近30年的时间，跨越了唐太宗和唐高宗两代君王，终于在公元668年彻底消灭了高句丽，实现了唐朝统一辽东地区的目标，将高句丽故地纳入了唐朝版图。
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