基本案情简介： 2019年蔡某与无锡某新能源科技有限公司（以下简称某新能源）因劳动合同纠纷诉至法院，法院判决某新能源向蔡某一次性支付2016年至2019年拖欠的薪资103万元，某新能源将蔡某三年的所得按照一年所得为蔡某代扣代缴个人所得税32.7万元。对此，蔡某持有异议，认为某新能源为其多缴税款20.15元，遂申请退税。税务机关认为计算无误，决定不予退税。蔡某向税务机关提起行政复议，税务机关作出维持的决定。蔡某不服，诉至法院（案号：(2023)苏0281行初102号）。
针对某新能源向蔡某一次性支付的个人所得是否纳入不同纳税年度进行计算个税的焦点问题，法院认为，对于扣缴义务人拖欠支付个人所得导致跨年度所得被一次性支付，该如何汇算清缴，法律没有明确规定，但《税收征收管理法》和《关于进一步深化税收征管改革的意见》均具有保护纳税人合法权益的立法目的。因某新能源拖延支付的原因，导致蔡某本应在不同纳税年度获得的个人所得被某新能源一次性支付，并被一次性预扣预缴个人所得税，因此而适用35%的个人所得税税率，远高于本应适用的税率，不具有合理性；其合法权益受到了损害，应当分不同纳税年度进行计税。
一、税务机关及蔡某诉讼观点和法院判决理由：
1、税务机关认为：依据税收征管规则，工资薪金纳税所属期以实际取得时间为准，法规未明确允许跨年欠薪收入分摊计税。企业欠薪是劳资民事纠纷，税务机关不得突破法定征管口径调整计税规则。
2、蔡某诉讼观点：税法适用应当遵循实质重于形式原则，收入性质由劳动付出期间决定，而非发放时间。纳税人无任何避税主观意图，税负暴涨是由于企业欠薪导致，个人不应当承担不合理的制度性税负，合并计税明显违背税收公平原则。
3、法院作出突破性的公正裁判，未机械套用征管口径，核心裁判要点有以下三个：
①、涉案款项有完整的财务、考勤、欠薪凭证佐证，属于多年累积劳动收入，并非当期实际收入；
②、税务执法需要兼顾合法性与合理性，单一以收款时间计税，会造成纳税人税负过重，属于明显不当行政行为；
③、蔡某没有避税行为，不应当为企业经营过错承担不利税务后果。
二、该司法案例判决的影响意义
这起2024年度典型的税务案例，彻底打破了“个税只看发放时间”的机械征管误区。该案聚焦个人所得税的跨期收入计税争议，核心在于用人单位拖欠支付导致劳动者收入被一次性计税，引发税负畸高。该案系统论证了个人所得应以实际所属年度计税且税务机关具有核查义务的裁判思路，为同类争议提供了明确的审查路径。该案判决紧扣个人所得税所属期这一关键要素，作出了有利于纳税人的解释，有效维护了纳税人的合法权益，具有突出的司法示范意义。
三、目前税务司法实务中的做法
1、 目前税务局的主流观点及做法
基本都按照“收付实现制”的基本原则，补发工资要并入发放当月计税。如陕西国税的咨询答复如下：
2020年11月4日答复：尊敬的纳税人（扣缴义务人、缴费人）您好！您提交的网上留言咨询已收悉，现答复如下：
根据《中华人民共和国个人所得税法实施条例》：（一）工资、薪金所得，是指个人因任职或者受雇取得的工资、薪金、奖金、年终加薪、劳动分红、津贴、补贴以及与任职或者受雇有关的其他所得。
个人所得税的工资薪金所得税款所属期为实际发放的月份，因此在实际发放工资薪金的次月进行申报纳税。
感谢您的咨询！上述回复仅供参考，若您对此有疑问，请联系12366热线或联系您的主管税务机关咨询。
2、有些地方税局允许分摊更正申报
2.1、如深圳税务局的咨询答复如下：
员工已离职，公司补发其在职期间的欠薪，自然人电子税务局扣缴端已支持“离职后补发工资”功能。企业可勾选该选项并填写补发税款所属月份，将补发工资归入原所属期申报。
2.2、又如厦门税务局答复
答复：补发工资是指扣缴单位因劳动争议等特殊原因，经政府有关部门调解、劳动仲裁或法院判决，而补发的工资。若是劳动仲裁或法院判决而补发的工资，需更正之前税款所属期的申报。若不属于，则按正常月薪申报个人所得税，税款所属期填写发放工资的当月，在发放的次月申报期内申报。
由此可看出，因劳动仲裁或法院判决而补发的工资，可以通过更正之前税款所属期的申报来处理。这意味着补发工资可按原所属月份分别计算个税，而非全部计入补发当月。
小结：补发多年欠薪原则上不能分年还原计算个税，但存在特定例外情形。若碰到例外的情况，可以用江苏省的司法判例及厦门、深圳税务局的咨询答复与当地税务局做好沟通，确认好计算方法，以便准确计算个人所得税。
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