2018年9月，陆军第九四六医院在新疆自治区伊犁哈萨克自治州正式组建成立，为现代化的二级甲等综合性部队医院，具体院址是伊犁哈萨克自治州伊宁市江苏路解放西路七巷87号（伊犁有“塞外江南”之称）；该院现由正师级的新疆军区总医院领导管理并面向社会全面开放就医（即同时担负驻地官兵和群众的医疗保障任务，另外陆军第九四六医院也是新疆生产建设兵团第4师广大职工和群众的医保定点机构），集医疗、教学、科研、康复、卫勤保障等多种功能为一体。而陆军第九四六医院的前身正是有着光荣传统和悠久革命历史的原解放军第十一医院，至今已有80年的光辉历史，并在伊犁地区享有一定的声誉和相当的知名度。
从历史发展脉络来看，解放军第十一医院从战火中走来，系于1946年7月在山东文登创建，原是一支野战医疗急救队伍，后伴随着炮火硝烟逐步发展壮大，相继改编组建为“华东第五后方医院、第八野战医院、第十二预备医院”，医院在解放战争期间相继参加了淮海战役、渡江战役等重大战役战斗，为救治部队伤员、减少战斗减员做出了巨大贡献。1955年1月，人民解放军发起了一江山岛战役，第十二预备医院承担了战地救护任务。
1960年5月，第十二预备医院由浙江宁波西迁至新疆喀什暂驻，随后赴西藏阿里执行平叛剿匪战地救护任务，并改编更名为解放军第5野战医院；同年11月，解放军第5野战医院又奉命迁往伊宁市，由伊犁军区管辖（伊犁军区后于1969年改称北疆军区），自此便一直扎根在了美丽富饶的伊犁河畔，开启了戍卫边疆、建设边疆的伟大征程。1969年6月，根据原北疆军区命令要求，解放军第5野战医院进行了扩编改制，下设3个医疗所（其中二所驻守在伊犁哈萨克自治州新源县）。1983年10月，医院进一步更名为“解放军第十一医院”，1985年改为由乌鲁木齐军区后勤部29分部领导管理，至军改前始终是新疆军区卫勤保障体系的重要组成部分。
2015年底国防和军队改革实施后，解放军第十一医院仍旧隶属新疆军区，也暂未更名调整。直到步入军改“脖子以下”阶段后，具体时间是2018年9月，根据上级命令，原解放军第十一医院才调整组建为陆军第九四六医院，编制等级为正团级，隶属新疆军区建制序列、具体由新疆军区总医院领导管理，其信息化建设水平在本地区处于领先地位。陆军第九四六医院成立运行后，相继与陆军军医大学第一附属医院（也称“西南医院”）、海军军医大学第一附属医院（也称“上海长海医院”）、空军军医大学第一附属医院（也称“西京医院”）签订了长期帮带协议，有效实现了双方在管理、医疗、科研、教学等全方位的互动交流，为医院实现跨越式发展提供强有力支撑。
现阶段，陆军第九四六医院始终坚持将“姓军为兵、服务军民”作为建院宗旨，将“保障打赢、服务军民”作为职责使命，全力聚焦部队需求和战场卫勤要求，以备战打仗为重心，构建响应迅速的救治网络、全维拓展战场保障领域，目前拥有神经外科、脊柱关节外科、肝胆外科、烧伤整形外科等西北地区专科中心。
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