1985年，随着11大军区撤并为7大军区后，南京军区与福州军区合并后，原南京军区第一政委郭林祥被上级找去谈话，调任军纪委书记，却表示京官难当，要干只干1年，没想到一干就是5年。
郭林祥是开国少将里第二位被提拔为大军区正职的将领，而且早在1959年，很多上将、中将还只是大军区副职、正兵团职时，他已经与不少上将平职。
在此后的二十多年中，先后在成都军区、总后勤部、新疆军区、南京军区担任政委。全军大裁员时，将一些大军区撤并，71岁的老将按时应该可以退居二线，但上级继续让他在一线抓工作。
从1982年实行干部年轻化后，一批老将退下来，1985年全军精简整编再退下来一批老将，此时在位置上的开国将领也只剩下十多位，有杨得志、余秋里、洪学智、张爱萍、张震、秦基伟、向守志、尤太忠、王诚汉、刘华清、郭林祥等等。
虽然干部年轻化号召提出已经3年，军队也将大批正军职提到总部、军兵种、大军区主要位置上历练，老将还是不能完全退下来，要继续在一线重要位置上发挥作用，做到分批退下来，完成中央的新老交替工作。
当郭林祥被军委首长谈话时，让他抓军纪委工作，表示有顾虑，认为京官难当，因为他深有体会。在1973年到1975年担任总后勤部政委时，比如：身处政治漩涡中心，直面高层矛盾。那时候各种政治运动在第一线，不见要参加主管部门工作，要表态、报告、发言，稍有不慎就会被放大解读。很多工作都要向中央汇报，直接卷入高层人事和路线分歧在。
还有就是多重领导关系，指示多，工作难度大，而且可能还有其他不是主管领导干预工作进度，他在总后勤部就遇到过阻力，而且直面高层，相比大军区单位的主官来说，在京工作需要有充足的政治智慧。
虽然特殊时期已经过去9年，部队朝着正规化发展的道路，相比大军区主官的灵活性来说，京官依旧不容易。可此时形势的需要，军委领导没有同意他干不干，而是必须干。他接受任务后，提出一个要求，只干1年时间。
实际上，军队纪律工作已经迫在眉睫，当改革开放，加上军队可以经商活动，腐败现象也就凸显出来。抓纪律整顿工作，势在必行。
把他调去的一个主要原因，除了能力强，身体好之外，更主要的自身建设过硬。举一个例子：很多干部在被调整职务后，身边的秘书、司机、警卫等一纵都会跟着走，按照道理来说也没用什么，可他对此认为不妥，每次调动都是只身一身，连身边贴身秘书都不带。他认为给组织找麻烦，秘书带走了，他的家属也要跟着过去，要劳烦地方或部队安排就业、生活等一系列情况。如果秘书不走，留在原地这样的情况就可以避免，而且新单位也会给配备秘书。
也就是说，他不愿拉山头，不培养自己的人马等，这一点可以反映出，纪律过硬，是非常可以干军纪工作。
在担任军纪委书记不久，上级又增补他为总政部副主任，党委副书记，虽然他到任之前已经有3位副主任，可他插队成为主持总政日常工作的副主任，主任精力不在总政，他负责党委工作，一切工作需要他做决定。
军纪委日常工作交给副书记来负责，大事情需要向他汇报等，在位置上一干就是5年，到1990年与洪学智、向守志、王诚汉一批老将退下来，时年76岁。
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