1853年7月，江户湾浦贺附近，佩里率领美国舰队递交国书时，日本朝廷并没有出现在谈判现场。决定开国还是闭关的，是掌握军政大权的德川幕府。天皇住在京都，幕府坐在江户，这种“名义上的最高者”与“实际上的统治者”分离，已经持续了数百年。
日本皇室所谓“万世一系”，主要指皇位始终由同一皇族传统延续。神武天皇及早期天皇的记载，带有浓厚神话色彩，难以完全用考古材料证实。但从古坟时代以后，皇室作为日本政治秩序的象征，确实长期存在。皇位没有像中国历代王朝那样频繁改姓易代，这是日本政治史的重要特点。
可“血统延续”不等于“权力始终在手”。大化改新后，天皇一度加强中央集权，奈良、平安时期也曾主持国家礼制与官僚体系。到了平安后期，地方武士崛起，朝廷逐渐失去对土地和军队的直接控制。1185年源赖朝取得全国性军事优势，武家政权由此成形；1192年，源赖朝受封征夷大将军，幕府制度进一步固定下来。
此后，天皇仍然拥有授予官职、发布诏书和主持祭祀的正统地位，却很少能够直接调动军队、征收赋税。镰仓幕府、室町幕府以及德川幕府，分别以不同方式掌握实权。尤其是德川时代，京都朝廷的活动受到严格限制，天皇更像是国家传统的源头，而不是日常政治的操盘者。
这种格局在19世纪中叶被西方舰队打破。1853年佩里来航后，幕府被迫面对开港、通商和军事威胁。1854年《日美和亲条约》签订，日本打开下田、箱馆等港口。幕府的妥协引发了国内争论，朝廷中的孝明天皇强烈反对外国势力进入日本，要求维护传统秩序。
有意思的是，朝廷反对开国，并不意味着它拥有改变政策的力量。孝明天皇曾要求幕府重新考虑对外方针，但德川家茂及其幕僚清楚，日本军力无法与西方列强正面抗衡。幕府一边向列强让步，一边向朝廷解释局势，结果两头失信，政治威望迅速下降。
“尊王攘夷”便在这样的环境中兴起。长州、萨摩等西南强藩中的下级武士，开始把“尊奉天皇”与“反对幕府”结合起来。后来，萨长两藩逐步转向倒幕和富国强兵，目标也从单纯排斥外国，变为借助天皇名义重建中央政权。
1866年德川家茂去世，幕府内部更加动摇。1867年，德川庆喜向朝廷提出“大政奉还”，名义上把政权交还天皇，但仍试图保留政治影响力。同年，孝明天皇去世，年幼的睦仁继位，是为明治天皇。岩仓具视、西乡隆盛、大久保利通等人迅速推动政局转折。
1867年12月，朝廷发布《王政复古大号令》，宣布废除幕府和摄政、关白等旧体制，建立以天皇为中心的新政府。1868年1月，鸟羽、伏见之战爆发，朝廷军打出“官军”旗号，德川庆喜败退江户。随后爆发的戊辰战争持续至1869年，旧幕府势力在北海道五稜郭最终失败。
天皇重新站上政治舞台，但这并不是天皇个人突然恢复了指挥一切的能力。真正发生变化的是，倒幕派把皇室传统改造成了近代国家的合法性核心。战争中，谁获得天皇诏书，谁就更容易被视为“正统”；幕府军一旦被宣布为朝敌，原本的政治身份便迅速瓦解。
1868年，明治政府迁都东京，天皇也从京都来到江户。1871年至1873年，岩仓使团出访欧美，考察宪政、教育、军制和工业。日本并没有简单复制某一个国家，而是在伊藤博文等人的主持下，逐步构建具有日本特色的君主立宪制度。
1889年《大日本帝国宪法》颁布，天皇被规定为国家元首，拥有统帅陆海军、任命大臣、召集议会等权力。1890年帝国议会开设，宪法和议会共同构成了近代日本的国家框架。需要看清的是，这套制度既限制了天皇，也赋予天皇极高权威。内阁和军部往往借助“天皇统帅权”扩大自身力量。
明治天皇在位期间，确实成为国家统一、改革和扩军的象征。他批准废藩置县，支持征兵制、学校教育和工业建设，也接受了铁路、工厂与现代军队。日本由此完成了从幕府分权到中央集权的转换，天皇的地位随国家实力增强而上升。
但权力回到皇室名义之下，并不等于天皇亲自处理全部政务。明治政府实际依靠元老、内阁、官僚和军队运转。随着对外战争和军备扩张加剧，军部越来越擅长用“天皇命令”包装自身决策。天皇成为权力中心，也逐渐成为各派争夺解释权的对象。
1945年日本战败，旧有的国家结构被盟军占领当局改造。1946年公布的《日本国宪法》明确规定主权属于国民，1947年5月3日正式施行。裕仁天皇保留皇位，但不再拥有统治国家的权力，只作为“日本国及日本国民统合的象征”。这场变化，使延续千年的皇室在保住制度的同时，彻底告别了最高政治权力。
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