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中情局解释说，在9·11之前，针对恐怖威胁的情报收集并未获得袭击后所享有的同等优先级。来自人力来源的信息有限，分析人员难以区分真实计划、一般性威胁和旨在误导的信息。

在某一阶段，甚至有人怀疑基地组织故意散布大量关于不同目标的报告，目的是迷惑美国情报界。

在9·11袭击发生前的数月里，越来越多的迹象表明基地组织正在准备行动。2001年7月24日，总统收到报告称，一起被归咎于本·拉登的恐怖行动在两周内第二次被推迟，但针对更多袭击的准备工作可能仍在继续。

然而即便到了8月底，距离袭击不到两周时，图景仍然只是部分的。在8月28日的一份简报中，中情局警告称基地组织仍构成威胁，但其中并未提及飞机或在美国本土的袭击。相反，简报评估的是暗杀、绑架、火箭弹袭击以及使用化学或生物手段等情景。

中情局承认，一连串的预警未能描绘出基地组织的完整计划。部分问题源于信息不足，但调查委员会还指出了“想象力的失败”——即未能及时提出超出当时已知恐怖模式的场景。

调查还揭露了中情局、联邦调查局及其他安全机构之间在信息共享方面的严重缺陷。袭击发生后，美国的国家安全体系进行了改革，并设立了旨在改善情报机构之间协调的新机构。