1909年6月，广东水师提督李准率领伏波、广金两舰驶入西沙群岛。舰员测绘海岛、查看水道、刻石立碑，还给15座岛屿留下名称。这不是一次普通巡航，而是清政府在甲午战败后，重新用军舰丈量海疆、宣示主权的行动。
甲午海战的惨败，让北洋水师多年积累的声望顷刻崩塌。1894年黄海海战以后，北洋舰队虽未立即“全军覆没”，但主力损失严重，威海卫失守后，舰艇陆续被日军俘获或自沉。清政府受到的打击极大，海军衙门被裁撤，部分海军机构停办，萨镇冰等人一度失去职务。
然而，海防不能长期空缺。张之洞、刘坤一等地方大员不断上奏，指出没有海军，沿海港口、通商口岸乃至长江门户都难以守住。清廷后来改变做法，重新购舰、办学、修船厂，海军建设由此出现转折。
1896年至1899年间，清政府从英国、德国等国购买了一批新式舰艇。海容、海筹、海圻等巡洋舰相继建造或购入，舰炮、装甲和动力设备较北洋水师旧舰有明显改进。数量并不等于战斗力，但这批军舰至少让清朝重新拥有了近代化海上作战的骨架。
有意思的是，重建并不只是“买船”。天津水师学堂、烟台海军学堂等机构继续培养军官，一些青年被派往英国等国学习航海、轮机和炮术。曾参加甲午海战的萨镇冰，也重新进入海军建设核心。他们带回来的不只是操舰技术，还有舰队编制、训练制度和海军教育理念。
1909年，清政府把北洋、南洋、广东、福建四支水师整合，编为巡洋舰队和长江舰队，萨镇冰任海军统制，程璧光负责巡洋舰队。各地水师从相对分散的状态，开始纳入统一指挥。第二年，清廷设立海军部，载洵任海军大臣，海军体制进一步集中。
这支舰队究竟强到什么程度？不能夸张地说它已经超过日本，更不能把它说成世界一流强国海军。但在亚洲范围内，清朝海军确实重新具备了相当分量。它拥有巡洋舰、鱼雷艇、炮舰和辅助舰，能够承担远海航行、近岸警戒、岛屿巡查以及外交威慑等任务。
东沙岛事件，是最典型的一例。1907年，日本商人西泽吉次带人登上东沙岛，掠取岛上磷质沙土，并试图通过改名、修筑设施等方式制造“占领事实”。广东方面没有立即大规模交战，而是先调查取证，再派舰巡查，并通过外交渠道交涉。
1909年，清政府派出飞鹰号、广海号等舰艇前往东沙一带。军舰的出现，使谈判不再只是纸面上的争执。日本当时正面对东北等地的复杂局面，不愿与清政府发生新的军事冲突，最终承认东沙岛属于中国，并支付三万银元赔偿。这次行动谈不上击败日本海军，却说明重建后的清朝已经有能力把军舰开到争议海域。
海军的活动范围也在扩大。1909年，海圻号开始出访香港、新加坡、雅加达、西贡等地。1911年，程璧光率海圻号前往英国参加乔治五世加冕典礼，随后访问美国。舰艇驶入外国港口，本身就是国家海权和外交地位的展示。
访问期间，墨西哥、古巴发生排华事件，清政府通过外交照会交涉。海圻号抵达哈瓦那后，古巴方面作出保证；当舰队准备前往墨西哥时，墨西哥政府也采取了缓和态度。这里面有外交压力，也有侨民问题，更有一艘现代巡洋舰远航所形成的现实震慑。
不过，舰队建设始终受财政拖累。清政府虽然制定了七年海军规划，内容包括购舰、修建军港、扩充学堂、改革船厂和增加经费，但许多计划并未完成。军舰需要维护，炮弹需要补充，官兵需要长期训练，任何一项短缺，都会削弱舰队的实际战斗力。
清朝覆亡时，海军已经比甲午战败后强得多，却仍没有形成足以抗衡日本的完整体系。它缺少稳定的财政来源，也缺少统一而持续的战略决策。舰艇性能提升了，制度开始现代化，但国家整体积弱，使这种进步始终带着明显的局限。
辛亥革命爆发后，海军的政治选择改变了局势。萨镇冰曾奉命率舰在武汉、九江一带作战，革命军方面的黎元洪又是天津水师学堂出身，与萨镇冰相识。黎元洪曾致信劝说：“请勿犹豫。”萨镇冰后来离开前线，海军内部迅速转向革命阵营。
1911年11月，部分清朝海军舰艇起义，长江水面上的力量对比随之改变。1912年2月，溥仪退位，清朝海军改编为民国海军。永丰舰就是这一时期的重要遗产，它由清政府订购，后来因孙中山长期乘坐并指挥活动，1925年改名为中山舰。
这批舰艇最终在抗日战争中承担了更沉重的任务。1937年江阴阻塞作战时，海圻、海容、建安、建威等舰或参战、或自沉，用来阻止日军沿长江上溯。1938年10月24日，中山舰在湖北金口江面遭日军飞机轰炸，舰长萨师俊重伤后仍留在舰桥指挥，随后与官兵一同殉难。
甲午海战后的清朝海军，确实完成了一次重建，也曾拥有远航、巡海和执行外交任务的能力。遗憾的是，这种恢复没有等来一个稳定的国家环境。它留下的军舰、军官和制度，后来被民国海军接收，并在战火中逐渐消耗。到中山舰沉没时，那支以“大清海军”为名的力量，才真正结束了自己的历史航程。
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