1860年，江南大营再次溃败，曾国藩在安庆接到清廷诏令，正式承担起统辖两江军务的重任。此时的清政府，已经很难单靠八旗和绿营收拾残局，湘军因此登上了地方权力的中心。
表面上看，这是朝廷把兵权、财权和地方行政权一并交给了曾国藩。可诏令背后，还有另一层安排：湘军可以出力，却不能独占地方；将领可以升任督抚，却必须有人在旁边盯着。
这正是晚清督抚格局的复杂之处。清廷既要靠湘军镇压太平天国，又担心军队坐大，形成“将在外、令有所不受”的局面。于是，任命湘军人物的同时，也把满洲亲贵、传统文官以及与湘军关系疏远的官员安插进去。
湖广地区最能说明这种平衡。湖南是湘军的重要兵源地，湖北又是湘军经营多年的战略要地，但湖广总督官文长期驻守武昌。官文属于满洲官员，咸丰五年至同治六年间一直居于这一职位，拥有比两省巡抚更高的统辖权。
胡林翼在湖北巡抚任上时，湘军与地方政务配合得较为紧密。遗憾的是，胡林翼于咸丰十一年病逝，湖北的局面随之发生变化。继任者虽有湘军背景，却未必能得到官文支持，巡抚手中的军政空间明显收缩。
有意思的是，清廷并不需要公开宣布“压制湘军”，只要改变一个关键职位的人选，地方力量就会重新排列。湖北如此，湖南也类似。湖南巡抚多与湘军有关，但人选之间常有派系差异，曾国藩很难把所有人都纳入自己的节奏。
两江是曾国藩势力最集中的地方，却同样不是一块可以任意支配的地盘。江苏、安徽、江西三省，经济富庶，税赋又是军费的重要来源。谁掌握这些省份，谁就有更大的谈判筹码，因此朝廷对巡抚人选格外谨慎。
江苏巡抚并非始终由湘军人物担任，徐有壬、薛焕等人都与湘军集团存在距离。安徽虽是湘军根基所在，李续宜、彭玉麟等人先后任职，但后来乔松年长期出任安徽巡抚，也让地方行政权不再完全掌握在湘军手中。
江西的情形更微妙。这个省既要依靠湘军平定战事，又不愿让湘军完全插手地方财政与官员任免。清廷采用的办法，往往不是硬碰硬，而是让巡抚、总督之间彼此牵制，遇到军务时合作，涉及权力时防范。
闽浙地区也有相似安排。左宗棠出任闽浙总督后，确实拥有较强的军事号召力，但浙江巡抚、福建巡抚并不都听命于湘军系统。特别是马新贻任浙江巡抚期间，与左宗棠之间多有政见冲突，地方权力并未形成一边倒的局面。
同治五年，左宗棠调任陕甘总督，吴棠接掌闽浙总督。吴棠是慈禧太后较为信任的地方官，后来又改任四川总督。这样的调动，不只是官员升迁，更包含着中央对地方势力重新布局的考虑。
两广距离湘军核心区域较远，却承担着粮饷转运和军事支援的责任。广东巡抚一度由劳崇光、耆龄等非湘系官员担任，湘军需要广东提供军需，但双方在权力和利益上并不亲近。后来黄赞汤、郭嵩焘、蒋益澧等人任职，也各有自己的政治关系，不能简单视为湘军属下。
广西的情况同样如此。刘长佑虽与湘军有联系，却受到上级节制；在他之后，张凯嵩、苏凤文、李福泰等非湘系官员相继掌握巡抚职位。广西没有成为湘军可以完全控制的后方，这一点对清廷而言十分重要。
陕甘则是另一种牵制。杨岳斌曾任陕甘总督，因军务失利于同治五年被免，随后由左宗棠接任。左宗棠与李鸿章之间的矛盾逐渐公开，清廷让左宗棠坐镇西北，既是用其才干平定局势，也有牵制淮军势力的意味。
但即使左宗棠掌握陕甘军政，陕西巡抚也没有交给湘军亲信长期控制。总督与巡抚分掌一方，正是清廷惯用的制度安排。一个负责统筹军务，一个掌管地方行政，双方互相通报，也互相提防。
这套办法谈不上高明，却很实用。清廷已经失去了独立平乱的能力，只能借助地方武装；可它又没有放弃中央对人事任命、财政调度和官员升降的控制。湘军因此声势显赫，却始终要面对来自总督、巡抚和京官系统的多重约束。
所以，咸丰十年至同治时期的地方政局，并不是湘军一家独大，也不是朝廷彻底失去权力。清廷把湘军推到前台，让他们替朝廷作战；同时又在各省放置能够牵制他们的人。战争需要合作，权力却始终保持距离，这种“用而防之”的安排，构成了当时督抚格局最真实的一面。
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