顺治二年（1645年）五月，南京城易手后，清廷面对的并不是一块可以直接照搬旧制的地方。这里原属明朝南直隶，辖有十四府、四直隶州，既是财赋重地，也是水陆交通枢纽。朝廷把“南直隶”改成江南省，应天府改为江宁府，新的行政格局由此展开。
问题也随之而来：江南太大，事务太杂。漕粮要北运，江面要防守，地方要安抚，军务要处置，单靠一名地方长官显然难以周全。于是，清廷在江南陆续安置总督、巡抚，但这些官职并非同一时期整齐出现，也不是六个人始终同时在岗。
这正是许多人读清初地方官制时容易混淆的地方。所谓“两个总督、四个巡抚”，更准确地说，是江南省早期围绕不同任务形成的六类权力安排。它们有时并立，有时裁撤，有时又把原有职掌临时合并。
洪承畴是最早被派往江南的重臣。顺治二年闰六月，清廷任命他以大学士、兵部尚书等原有身份，总督军务，负责招抚江南各地。这个职位带有明显的战后处置色彩，重点不是日常行政，而是劝降、安定秩序和处理地方军政，因此正式文书多称其为“招抚江南大学士”，不能简单等同于后来固定意义上的江南总督。
到了顺治四年（1647年），马国柱出任总督江南、江西、河南等处，才出现了较为规范的总督制度。这个总督管辖范围很大，主要负责跨省军务、地方安定以及对巡抚等官员的统筹。顺治六年，河南划出后，改为江南江西总督；顺治十八年各省总督体制调整，才定为江南总督。
另一位总督并不以地方治理为核心，而是盯住一条关系国计民生的水路——漕运。漕运总督驻淮安，名义上统辖淮扬地区，兼管漕运、海防和粮饷。江南的钱粮能否按期送到北方，沿途河道是否安全，漕船能否顺利通行，都与这个职位密切相关。
有意思的是，漕运总督一度还兼管地方。顺治六年凤阳巡抚裁撤后，凤阳一带的事务暂时交给漕运总督。可是漕务本已繁重，再加上海防和地方治理，几副担子压在一人肩上，实际运转并不顺畅。顺治七年，凤阳巡抚恢复，漕运总督重新把重心放回漕粮与水路。
江宁巡抚管的是江南最富庶、最密集的一片区域。顺治二年设置时，驻地在苏州，故又被称为苏松巡抚。其早期辖区涉及江宁、苏州、松江、常州、镇江等府，后来随着制度调整，淮安、扬州以及徐州等地也曾被划入管理范围。
这位巡抚的职责不只是处理民政，还要总理粮储、提督军务。苏州、松江等地赋税丰厚，江宁又是政治与交通重地，钱粮征收、治安整顿和军队调度往往交织在一起。把巡抚驻在苏州，正是为了便于控制江南财赋核心区域。
另一套安排围绕安庆展开。顺治二年设立的“安庐池太巡抚”，全称很长，管辖安庆、庐州、池州、太平等地，驻安庆。后世习惯称其为安庆巡抚，但当时还没有正式的安徽省，这个叫法只是便于称呼，不能拿后来省制直接套用。
安庆巡抚存在时间不长。顺治六年裁撤后，原有事务转由操江巡抚接管。操江巡抚本来是明代旧制，核心任务是巡察江面、整顿水师和维护江防。清廷接手后，又让它兼理安徽、宁池等地军务，驻地从池州移到安庆，职能便从单纯江防逐渐扩大到地方治理。
当时有人曾这样概括：“江面归谁管？”“操江巡抚。”“粮道出了差错呢？”“漕运总督。”这几句话虽是简单说法，却点出了清初江南官制的关键：不同官员并非只按地盘分工，还要按事务分工。
凤阳巡抚则处在江北交通与军事要冲。顺治二年设置时，辖凤阳、淮安、扬州等府，并涉及滁州、和州、徐州等地，主要负责地方军务、治安和行政。凤阳一带连接淮河、运河，又靠近明代中都旧地，战略位置并不普通。
顺治六年，凤阳巡抚被裁，辖区交给漕运总督；到了顺治十七年（1660年），因漕运与地方事务难以兼顾，凤阳巡抚再次恢复。这样的反复，并非朝廷随意改动，而是实际治理中不断试错的结果。
还要注意，“安徽”这个名称在当时也不能按照后来的省界理解。早期所谓安徽，往往是安庆与徽州的合称。直到康熙初年江南分省，江苏、安徽的行政轮廓逐渐明确，督抚辖区才不再频繁挪动。此前的六类官职，说到底都是清廷在新旧制度交替之际，为军务、漕运、江防和地方治理分别搭起的临时框架。
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