1755年春，伊犁草原，清军定边将军班第率军西进，准噶尔贵族纷纷迎降。这个曾经横跨天山南北、震动中亚的汗国，竟没有组织起像样的抵抗。有人问：“准噶尔的铁骑去了哪里？”答案并不只在战场上，也藏在瘟疫、内乱和权力争斗之中。
准噶尔并非突然出现的势力。它属于卫拉特蒙古，明代称瓦剌。十七世纪以后，卫拉特内部逐渐分化，准噶尔部在巴图尔珲台吉等人的经营下壮大，控制天山北部及伊犁河流域，后来又把势力伸向哈萨克草原、天山南路和西藏。
真正让清廷感到刺痛的，是噶尔丹的崛起。噶尔丹早年在西藏学习佛法，后来返回准噶尔，凭借宗教声望和军事手段夺取汗位。他并不满足于经营一隅，而是试图重建蒙古高原上的强大政治秩序。
1688年，噶尔丹出兵进攻喀尔喀蒙古。喀尔喀诸部被迫南下，寻求清朝保护，清廷北部边防由此骤然紧张。1690年乌兰布通之战，康熙帝亲自统筹战事，清军挡住了准噶尔骑兵。1696年昭莫多之战后，噶尔丹败局已定，次年病死于科布多一带。
噶尔丹失败，却没有让准噶尔立刻衰落。策妄阿拉布坦继位后，重整军政，恢复了汗国实力。他与清朝时有往来，时而议和，时而扩张。1717年，准噶尔军队攻入拉萨，杀死拉藏汗，控制西藏，清廷随即把这视为直接威胁。
康熙帝晚年派兵入藏，清军于1720年驱逐准噶尔势力。此后，清朝在西藏建立更稳定的管理体系。策妄阿拉布坦还曾支持青海和硕特部首领罗卜藏丹津发动叛乱，雍正帝命年羹尧、岳钟琪出兵，1723年至1724年平定青海事变。
准噶尔与清朝的较量，并非清军一路占优。1731年，准噶尔军在和通泊击败清军，造成重大损失。雍正帝没有因此退缩，而是调整策略，减少冒进，着重切断补给，争取蒙古诸部支持。1732年光显寺之战，清军击败噶尔丹策零率领的主力，双方随后议和，边境一度恢复通商。
有意思的是，准噶尔最强盛的时期，也埋下了日后崩溃的种子。汗国依赖强有力的领袖维系，各部贵族之间缺乏牢固的制度约束。领袖一旦去世，权力便迅速碎裂。1745年，噶尔丹策零因天花去世，继承争夺随即爆发，几个主要继承人相继死于内斗。
达瓦齐取得汗位后，无法真正控制各部。辉特部首领阿睦尔撒纳与他决裂，带部众投向清朝。乾隆帝抓住机会，于1755年派兵分两路进入伊犁。准噶尔内部大量贵族选择倒戈，清军很快俘获达瓦齐。此时的准噶尔，已经不是当年能够在草原上连续发动远征的强国。
然而，清廷的处置出现了严重误判。乾隆帝原本想分封卫拉特各部，让当地贵族彼此牵制，只在伊犁留下少量兵力。阿睦尔撒纳没有得到所谓“四卫拉特总汗”的地位，心中不满，1755年秋发动叛乱，伊犁清军统帅班第、鄂容安等人兵败身亡。
“若不彻底解决，日后还会反复。”这是乾隆帝改变政策的关键。1756年至1757年，清军连续进剿，阿睦尔撒纳败走哈萨克，后来逃入俄境。1757年，他在托博尔斯克染天花病死，准噶尔政权至此不复存在。
但“灭族”二字，不能简单理解为一场战役杀尽所有人。准噶尔人口本就有限，长期战争、牲畜损失、饥荒和天花造成了巨大灾难；贵族内斗又使社会失去组织。清军进剿期间，确有大规模杀戮和强制迁徙，许多妇女儿童被编入蒙古各旗，另有不少人逃往哈萨克和俄国。
清廷档案中曾以“十之四死于痘、十之二逃散、十之三死于兵”概括损失，但这类数字带有统计条件和政治语境，不能机械视为精确人口普查。可以确定的是，准噶尔作为一个独立部族和政治共同体消失了，幸存者则逐渐融入蒙古、哈萨克及其他群体。
1759年，清军完成对天山南北的控制。1760年前后，“新疆”一名被用于指称这片新纳入治理范围的土地；1884年，清廷正式设新疆省。准噶尔汗国没有留下延续至今的国家名称，只在准噶尔盆地、伊犁河谷以及大量档案中，保留着这个草原政权曾经存在过的痕迹。
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