《红旗》创刊于1958年6月1日，最初承担的是宣传党的理论和路线方针的重要任务。到了特定历史时期，它与《人民日报》《解放军报》并列，被称为“两报一刊”。在许多干部和知识分子的记忆里，能在《红旗》上发表文章，往往意味着文章具有相当分量。
但一本理论刊物的生命，不只取决于名声，也取决于编辑机构能否保持稳定，能否对重大问题作出清晰判断。《红旗》后来走向停刊，表面看是机构调整，深层原因却要从编辑队伍和办刊方向的变化说起。
1968年1月，王力、关锋、戚本禹相继被隔离审查。三人当时都在《红旗》编辑部担任重要职务，他们离开后，杂志的正常运转受到明显影响。那段时间，编辑工作一度陷入停滞，刊物的连续性和影响力都受到冲击。
1970年，陈伯达被审查，又给《红旗》带来沉重打击。陈伯达曾任杂志总编辑，在此前相当长的时间里，他对刊物的选题、文章和理论表达拥有很大影响。随着主要负责人接连离开，《红旗》逐渐失去了原有的组织支撑。
转折出现在1978年。熊复出任总编辑时，思想理论界正围绕“实践是检验真理的唯一标准”展开讨论。问题并不抽象，它关系到究竟应当以既有结论为依据，还是以实践和事实作为判断标准。
《人民日报》和《解放军报》相继刊发相关文章，态度较为明确。《红旗》却没有及时参与。熊复后来解释，自己刚到任，对情况掌握不够，面对全局性问题，希望等到明确指示后再作处理。他还承认，个人理论准备和担当精神都存在不足。
编辑部的沉默，很快引起外界注意。读者来信询问，党内也有人把文章寄到杂志社，希望刊登。有人当面提出：“这么大的理论问题，为什么《红旗》没有声音？”编辑部当时仍然没有改变原定做法。
有意思的是，真正打破僵局的，是一篇纪念性文章。1978年9月，谭震林受邀撰文纪念毛泽东逝世两周年，稿件中写入了关于实践标准的内容。熊复审阅后，认为这部分与此前得到的办刊要求不一致，便希望删去。谭震林没有同意，并提出交由中央决定。
邓小平阅稿后作出批示，认为文章没有错误；如果《红旗》不愿发表，可以转给《人民日报》，并指出“不卷入”本身也可能是一种卷入。这一批示传达出一个清楚信号：面对重大理论争论，重要理论阵地不能用沉默来回避责任。
到1978年年底，《红旗》终于刊发支持实践标准讨论的文章。只是此时讨论已经进入新的阶段，刊物的表态明显迟了一步。熊复后来谈及此事时，承认当初顾虑较多，既担心判断失误，也担心没有正式文件作为依据。
这次错位影响了《红旗》此后的办刊形象。它并非没有理论传统，也不是没有文章和人才，而是在关键关口没有及时形成鲜明表达。对于理论刊物而言，文章写得好固然重要，能否在重大问题上承担责任，同样决定着它的公信力。
进入1987年，机构改革再次把《红旗》的去留摆到桌面上。12月16日，有关方案提出撤销《红旗》杂志社，并把刊物暂由中央党校管理，随后筹办新的党内理论刊物。这个安排意味着，《红旗》已经不再被视为原有体制中不可替代的理论中心。
中央党校方面也很清楚，接办并不等于能够原样延续。办好《红旗》需要成熟的编辑班子、稳定的作者队伍和足够的理论号召力，而当时这些条件并不齐备。刊物的名望还在，实际支撑却已明显减弱。
1988年初，《红旗》转由中央党校管理。此后，编辑部缺少能够重新确立方向的核心人物，文章选题也难以恢复往日的凝聚力。随着舆论和理论工作出现新的分工，《人民日报》承担的影响越来越突出，《红旗》的位置则逐步边缘化。
1988年3月，终刊安排被正式确定。6月16日，《红旗》1988年第12期出版，成为这本杂志的最后一期。7月1日，《求是》创刊，新的刊名、新的编辑机构和新的办刊任务，取代了《红旗》原来的位置。三十年刊史，也在这一纸期号中画上句号。
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