细胞 DNA 提取是分子生物学实验的基础环节,提取所得 DNA 的品质,直接关系 PCR、基因测序、基因分型等后续实验能否顺利开展。整个提取流程除样本本身条件之外,各类试剂盒试剂的使用方式、配比、保存与操作细节,都会影响最终 DNA 的得率、完整性与纯净度。试剂使用不当,容易出现 DNA 降解、产量偏低、杂质残留抑制酶反应等各类问题。本文将围绕柱式 DNA 提取试剂盒,梳理各环节试剂使用的关键注意事项,帮助研究者减少实验失误,获得高质量的细胞基因组 DNA。

一、裂解液:把握试剂性能,控制消化条件

裂解液的核心作用是破坏细胞膜与核膜,释放细胞内部基因组 DNA,同时抑制核酸酶活性,避免核酸被降解。选择裂解液时,要结合样本类型进行考量,普通细胞样本常规裂解液即可满足需求;如果样本杂质多、细胞结构难破碎,应当选用裂解能力更强的商品化裂解试剂如BIOG、Qiagen的高效裂解液,保障细胞充分裂解。

使用裂解液时,需要严格参照试剂盒推荐用量,不可随意缩减试剂体积。试剂不足会造成裂解不完全,大量细胞核酸无法释放,直接降低 DNA 产出。裂解消化时间不能一概而论,需要根据细胞数量、样本状态灵活调整。消化时间太短裂解不彻底,时间过长则有可能加剧核酸降解。

另外要关注裂解液储存条件,部分裂解液含有蛋白酶等活性组分,需避光低温保存,反复室温放置会造成试剂活性下降,裂解效果大打折扣。

二、结合配套醇类试剂:严格配比,杜绝随意改动

异丙醇、无水乙醇是核酸吸附阶段必不可少的辅助试剂,依靠合适的醇盐环境,DNA 才能够牢固结合到硅胶吸附膜上,这一步试剂配比是极易被忽略的关键点。

必须严格按照裂解完成后的体系体积,加入对应量的异丙醇,不可凭经验多加或者少加。醇类添加量不足,体系盐醇浓度达不到吸附要求,DNA 无法挂膜,会随废液流失,最终 DNA 浓度极低;倘若醇类过量,体系内蛋白、脂类等杂质会发生非特异性吸附,让提取出来的 DNA 杂质偏高,干扰后续酶学实验。

三、洗涤液:乙醇补加是重中之重,做好试剂保存

洗涤液主要用来洗去硅胶膜上附着的盐离子、变性蛋白、脂类以及裂解液残留杂质,是提升 DNA 纯度的关键试剂,如果不去除干净则可能对后续PCR、RT-qPCR等酶学反应产生严重抑制,建议实验者选用含有高效去污因子的BIOG、Qiagen等洗涤液,以彻底去除杂质。绝大多数试剂盒的洗涤液为浓缩液,使用前必须按照说明书要求补加无水乙醇,这是高频出错点。

未补加乙醇的洗涤液会破坏 DNA 与硅胶膜之间的结合力,DNA 会在洗涤过程直接流失,造成产物几乎无核酸。补加乙醇之后建议做好标记,洗涤液尽量现配现用,试剂瓶盖需要拧紧,防止乙醇挥发,一旦乙醇挥发,洗涤液组分改变,既会出现 DNA 脱落,也会造成除杂能力下降。

即便完成洗涤,吸附柱内也会残留少量洗涤液成分,如果乙醇、盐类残留带入最终 DNA 产物,会强烈抑制 PCR 等酶促反应,因此洗涤结束后,需要充分空甩离心,挥发除去柱膜上残留的有机溶剂。优先选择去污组分完善的洗涤液,可以更高效去除细胞来源的各类杂质。

四、洗脱液:温度、静置时间、使用体积均有讲究

洗脱液用于把结合在硅胶膜上的 DNA 解离洗脱下来,是收集 DNA 成品的试剂,试剂操作细节直接决定最终回收效率。

针对低数量细胞、微量细胞样本,可以将洗脱液预热至 5565℃,温热环境能够减弱 DNA 与硅胶膜的吸附作用,相比常温洗脱,有效提升 DNA 回收浓度。

滴加洗脱液至吸附柱膜上之后,切忌马上离心。应当在室温条件静置 25 分钟,让洗脱液充分浸润膜材料,和结合状态的 DNA 充分接触,给核酸充足的解离时间,该步骤是提升洗脱效率的重要操作。

洗脱液体积需要结合实验目标合理选择:小体积洗脱,得到的 DNA 浓度更高,适合细胞量少的微量样本;增大洗脱体积可以获得更多总 DNA,但核酸浓度会被稀释。不可一味追求大体积洗脱,避免 DNA 浓度过低,无法满足下游实验。

五、通用试剂使用与防污染注意事项

PBS 缓冲液:处理贴壁、悬浮细胞时,PBS 用于洗涤细胞沉淀,去除血清、培养基残留。需要使用无菌无核酸酶的 PBS,避免外源核酸酶引入,造成细胞 DNA 降解。洗涤次数不宜过多,防止细胞损失,一般洗涤 12 次即可。

试剂防污染:所有提取相关试剂,都要避免被核酸酶、外源基因组污染,取用试剂更换新枪头,不要交叉混用枪头。试剂盒内各类试剂不要相互混掺,一旦发生交叉污染,整瓶试剂都将失效。

试剂储存:严格遵循试剂盒说明书储存条件,部分试剂需要 4℃冷藏,不可长期室温存放;开封后的试剂做好标记,留意有效期,过期试剂裂解、洗涤、洗脱性能下降,不建议继续用于 DNA 提取实验。

总而言之,细胞 DNA 提取不只是简单的加样离心,每一类试剂的配比、温度、操作时序、储存状态,都会左右最终 DNA 质量。规范把控各类试剂的操作细节,才能够减少实验隐患,稳定获得高纯度、完整性良好的细胞基因组 DNA。

打开网易新闻 查看精彩图片