69个设计方案，只有13个能干活。成功率不到两成。但就是这批"失败率极高"的实验里，跑出了一个把肽键水解反应加速约3000万倍的蛋白酶。

另一条线上，135个设计里约36%有活性，经过一轮优化，最高催化加速超过100亿倍。这是2024年诺贝尔化学奖得主David Baker领导的华盛顿大学蛋白质设计研究所团队，在Nature连发两篇论文展示的成果。

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数字很炸，但真正值得拆的是：AI到底怎么从零"捏"出一个能切蛋白质的酶，以及它离能用还有多远。

为什么从头造酶这么难

蛋白酶是一类能切断蛋白质中肽键的酶，广泛参与蛋白质加工、细胞信号传递等生命活动。AI已经被用来预测蛋白质结构、设计全新蛋白质，但从头设计一个能完成特定化学反应的酶，仍是硬骨头。

难点在于，设计蛋白酶不只是确定三维结构，还要在其中安排能完成化学反应的活性位点，让目标蛋白质准确进入并发生切割。而肽键本身非常稳定——没有酶参与时，它的自然水解十分缓慢。研究人员必须同时解决底物识别、催化位点设计和反应效率三件事。

两条研究路线，用了两套不同的催化机制。

半胱氨酸蛋白酶：19%的成功率

第一项研究锁定半胱氨酸蛋白酶。这类酶依靠活性位点中的半胱氨酸残基参与催化：目标蛋白质进入正确位置后，半胱氨酸上的活性基团攻击肽键，促使其断裂。

团队结合RFdiffusion系列模型、ProteinMPNN和AlphaFold 3等工具，生成候选蛋白质结构、设计氨基酸序列，并评估其能否形成预期的催化结构，随后用实验检测切割活性。

最初测试的69个设计中，13个能切割目标底物，成功率约19%。表现最好的那个，相对无酶参与的反应，把肽键水解速度提高约3000万倍。

晶体结构分析验证了设计结果：6个设计蛋白酶的实验结构与计算模型高度接近，Cα原子均方根偏差均小于1.2埃。这些蛋白酶的整体折叠结构与天然蛋白酶不同，说明可以不依赖天然酶已有的骨架，设计出有相应催化功能的新结构。

但差距也存在。与活性最高的天然半胱氨酸蛋白酶相比，设计酶的催化效率仍有不足。研究人员认为，主要原因是活性位点空间排列不够理想，底物定位不够精确。

金属蛋白酶：换4个氨基酸，从1亿倍到100亿倍

第二项研究换了机制，尝试从头设计金属蛋白酶。这类酶通常利用锌离子帮助水分子参与肽键水解——锌离子位于活性中心，促进水分子活化，使其更容易参与切割。

团队用RFdiffusion系列工具生成蛋白质结构，设计能结合锌离子的催化位点，以及与目标肽段结合的区域。

测试的135个设计方案中，约36%能在预设位置切割对应肽段。表现最好的初始设计，把肽键水解速度提高超过1亿倍。在此基础上，研究人员继续优化活性中心，仅替换4个氨基酸，就把最高催化加速倍数提高到100亿倍以上。

分析显示，这些调整改善了催化活性位点中关键原子的空间排列，使它们在反应发生前就更接近有利于催化的位置。

进细胞、切疾病相关蛋白

拿到有活性的蛋白酶后，团队进一步测试它们在更复杂环境中的功能。

半胱氨酸蛋白酶研究中，设计出的蛋白酶被引入哺乳动物细胞，结果显示它们能在细胞内发挥作用，完成预期的蛋白切割任务。蛋白质切割是细胞内常见的调控方式，通过识别特定序列并切断肽键，蛋白酶可参与蛋白质加工、激活或降解。

金属蛋白酶研究则测试了对疾病相关蛋白的切割能力，选了三类目标：

  • TDP-43：参与RNA加工，其异常聚集与肌萎缩侧索硬化症（ALS）、部分额颞叶痴呆等神经退行性疾病有关
  • β-淀粉样蛋白（Aβ）：阿尔茨海默病研究中广受关注的蛋白质片段，异常聚集是该病重要病理特征之一
  • 血清淀粉样蛋白A（SAA）：炎症相关蛋白，异常沉积与某些类型的淀粉样变性有关

针对这些目标，研究人员分别设计了能识别特定切割位点的金属蛋白酶。实验表明，部分设计酶能选择性切割相应蛋白质或肽段，在相关实验中实现最高约10亿倍的催化加速。

需要说清楚的是，这些结果主要验证了人工设计蛋白酶对疾病相关蛋白的识别和切割能力，并不代表已具备治疗疾病的效果，相关研究尚未进入临床应用阶段。

"分子开关"：让切割决定分子何时被激活

除了切疾病相关蛋白，团队还尝试用人工设计的蛋白酶控制其他生物活性分子的功能，涉及两类分子：细胞因子和受体拮抗剂。细胞因子参与细胞间信号传递，能调节免疫反应等过程；受体拮抗剂通过与特定受体结合，阻止其他分子激活受体，从而抑制相应信号传递。

研究人员采用了一种类似"分子开关"的设计方法。先在生物活性分子上增加一段起遮挡作用的结构，使其暂时无法正常结合目标受体，活性因此受到抑制。随后在遮挡结构与功能蛋白之间设置特定的蛋白酶切割位点。当人工设计的蛋白酶识别并切断这一位置时，原本受限的分子便恢复活性。

实验中，团队成功设计出能被特定蛋白酶选择性激活的细胞因子和受体拮抗剂。这意味着，不仅可以设计有特定切割能力的蛋白酶，还能把这种切割能力与其他蛋白质的功能联系起来，通过控制切割过程，决定相关分子何时被激活。

这种方法也被称为"生物正交控制"——在细胞原有的信号调控机制之外，建立一套人工设计的分子控制系统。由于蛋白酶的识别序列可以专门设计，研究人员希望使其主要作用于预设目标，尽量减少对细胞内其他蛋白质的影响。

研究团队认为，这类可编程蛋白酶未来可用于开发需要在特定条件下激活的治疗性蛋白质，也可能应用于生物技术和生物修复等领域。但目前研究主要验证了切割能力及其对特定生物活性分子的调控功能，距离实际治疗应用，还需进一步评估其在复杂生物环境中的活性、选择性和安全性。

回到开头那组数字：19%和36%的成功率，说明从头设计酶仍是一件"多数方案会失败"的事。但100亿倍的加速倍数说明，只要有一个方案跑通，AI给出的就不是微调，而是从零造出一个天然界不存在的催化剂。