1755年夏，清军进入伊犁时，准噶尔汗国并不是一个完整的国家。天花和战乱已经夺走大量人口，贵族争斗也把原本还能维持的秩序撕得七零八落。清军几乎没有遭遇持久抵抗，达瓦齐仓促逃亡，准噶尔汗国由此覆亡。
可两年之后，乾隆帝又调集重兵，目标不再只是击败达瓦齐，而是彻底改造乃至清除准噶尔旧有势力。这个转折，不能只用“皇帝一时震怒”解释。它背后有边疆安全、贵族内斗、外部势力介入，也有战争不断升级后形成的报复心理。
准噶尔与清朝的冲突，始于康熙年间。康熙二十七年，也就是1688年，噶尔丹进攻喀尔喀蒙古，清廷被迫应战。此后数十年，双方在蒙古高原、新疆和西藏周边反复交锋。雍正十年，准噶尔军在和通泊遭到重创，双方才暂时议和，以杭爱山一带划分牧地，并恢复肃州互市。
这段和平并非没有基础。噶尔丹策零在位时，准噶尔还保持着相当的军事实力，也曾把主要精力放在应对沙俄压力上。遗憾的是，1745年噶尔丹策零因天花去世，准噶尔内部很快陷入继承之争。
继承人阿占汗昏庸暴虐，贵族转而拥立喇嘛达尔札。达瓦齐和阿睦尔撒纳又不服喇嘛达尔札，双方不断结盟、反目、厮杀。1752年年底，达瓦齐与阿睦尔撒纳从外部返回伊犁，杀死喇嘛达尔札，达瓦齐登上汗位。
表面上看，准噶尔换了一个大汗；实际上，权力已经碎裂。阿睦尔撒纳不甘居于达瓦齐之下，提出分辖准噶尔，遭拒后兵败，便率部投向清廷。他带来的，不只是两万部众，还有一份极具诱惑力的情报：准噶尔疫病严重，贵族离心，牧民疲惫，达瓦齐失去人心。
乾隆帝抓住了这个机会。1755年，清军分两路进军伊犁，并以讨伐达瓦齐、安定卫拉特各部为名，许诺投降者保留牧地、减轻赋役。许多部众选择观望或归附，清军进展异常迅速。达瓦齐兵败后被乌什伯克霍集斯擒获，送往清廷，后来获封亲王。
有意思的是，清廷起初并没有立即吞并准噶尔故地，而是采取“众建以分其势”的办法，分别安置卫拉特各部首领。乾隆帝册封四部首领，意在让不同部落彼此牵制，避免再出现一个能够号令天山南北的强权。
这恰恰触怒了阿睦尔撒纳。他原本以为，清军消灭达瓦齐后，自己可以成为准噶尔的最高统治者。清廷的安排，却把他的野心堵死了。于是，他不再穿清廷赐予的服饰，不再使用清廷印信，暗中招兵买马，还要求乾隆帝正式册封自己为大汗。
乾隆帝命他入京述职，阿睦尔撒纳却在途中发动叛乱。1756年，他杀死伊犁守军将领班第、鄂容安等人，重新打出准噶尔旧旗号。喀尔喀蒙古的青衮咱卜也趁机发动“撤驿之变”，清军驿站遭到袭击，叛乱出现扩大的迹象。
事情到了这里，性质已经发生变化。对乾隆帝来说，这不再是一次普通的部落争位，而是清军扶立的地方首领反过来杀害清廷官员，并牵动喀尔喀蒙古、哈萨克以及沙俄之间的复杂关系。乾隆帝担心，若留下准噶尔旧贵族体系，战争还会反复。
1757年，清廷重新调集满洲、蒙古、索伦、察哈尔等部兵力，分路进攻。阿睦尔撒纳的部众迅速瓦解，伊犁地区又爆发天花，他本人染病后逃入哈萨克，随后转往沙俄境内。同年9月，阿睦尔撒纳病死于沙俄。
阿睦尔撒纳死后，清廷仍未停止行动。原因很现实：准噶尔故地位于沙俄、哈萨克与清朝势力交会之处，一旦旧贵族重新集结，伊犁和天山北路就可能再次成为战场。乾隆帝遂下令清剿残余部众，并把这片土地纳入直接控制。
至于所谓“灭族”，不能简单理解成一个民族在短时间内被全部杀光。清代档案所说的准噶尔人口损失，来源包括疫病死亡、战争杀戮，以及逃往哈萨克和沙俄的人口流失。清军确实实施了严厉甚至惨烈的清剿，许多部众被杀，妇孺被编入各处，但也有部分人投降后被安置，达瓦齐本人便是例子。
因此，准噶尔的覆亡既有自身反复内斗、贵族争权和阿睦尔撒纳误判形势的因素，也有清廷扩展疆域、消除边患的战略选择。把全部责任归结为“准噶尔作死”，未免过于简单；但若说阿睦尔撒纳的反叛成为乾隆帝改变政策、由分治转向彻底清剿的关键，也并不为过。
1758年以后，清廷逐步加强伊犁驻军与行政管辖。后来平定大小和卓，设置伊犁将军，新疆的统治格局才真正稳定下来。准噶尔汗国留下的，不只是一个消失的政权，也是一场持续七十年的边疆战争所造成的人口断裂与历史创伤。
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