羊驼（ Vicugna pacos ）可能并不是简单由小羊驼（vicuña， V. vicugna ）直接驯化而来。研究团队通过系统发育、群体基因组和种群历史分析提出： 羊驼很可能起源于小羊驼与原驼—大羊驼共同祖先之间的一次杂交，并形成了一个同倍体杂交物种。 这一事件大约发生在 6300年前的全新世中期 。
论文题为 Hybrid Origin of Alpaca (Vicugna pacos) During Domestication of Camelids in the Mid-Holocene ，发表于 Molecular Ecology 。
01 羊驼的祖先一直存在争议
南美现生的四种主要骆驼科动物包括羊驼、大羊驼、原驼和小羊驼。过去关于羊驼起源主要有几种解释：由小羊驼驯化、由原驼驯化，或源自已经灭绝的野生祖先，随后又与其他骆驼科动物发生基因交流。
此前的基因组研究更支持“ 小羊驼驯化＋大羊驼基因渗入 ”这一解释。新研究提出了另一种可能：羊驼的混合基因组并非主要来自后期基因渗入，而可能从物种形成之初就是“混合”的。
02 研究者怎样追溯羊驼的身世
研究分析了32个南美骆驼科个体的全基因组数据，包括7只原驼、8只大羊驼、6只小羊驼和11只羊驼，同时使用3只野生双峰驼作为外群。
PCA显示四个物种总体能够区分，但祖源分析发现，所有羊驼个体都同时具有来自两个主要谱系的遗传成分。进一步分析7929组直系同源基因后，研究者发现不同基因给出的系统发育关系存在明显冲突。
如果羊驼只是从某一个祖先分化出来，再偶尔接受另一个物种的基因，整个基因组的系统发育关系应该以一种模式为主。
但研究发现，羊驼基因组不同区域呈明显的镶嵌结构：一些区域把羊驼与小羊驼归在一起，另一些则把羊驼与 Lama 谱系归在一起。在常染色体上，这两种主要拓扑大约以 3∶1 出现。
研究团队还通过模拟和QuIBL等分析检验了“不完全谱系分选”这一替代解释，结果认为仅靠这种机制不足以解释观察到的基因组冲突。
多种分析都支持羊驼具有双重祖源。
HyDe分析估计，羊驼基因组约 59%来自小羊驼，41%来自原驼和大羊驼的共同祖先 。而种群历史模型得到的比例更加接近各半，约为 50.3%和49.7% 。不同方法得到的具体比例略有差异，但共同指向两个祖先都提供了相当大比例的基因组。
更重要的是，这种混合祖源在不同羊驼个体中较为稳定。作者认为，这比“少数个体后来发生基因渗入”更符合物种层面的杂交起源。
05 关键时间点：大约6300年前
种群历史模拟给出的时间线很清楚：
羊驼大约在 6300年前 由小羊驼和 Lama 谱系祖先杂交形成；约 5900年前 ，大羊驼和原驼才从共同祖先进一步分化。之后，羊驼又分别与大羊驼和小羊驼发生过基因交流。
这意味着研究所推测的羊驼形成时间，恰好落在南美骆驼科动物驯化的重要时期。
仅仅发现杂交还不足以证明“杂交成种”。关键问题是，杂交本身是否参与建立了羊驼与亲本之间的 生殖隔离 。
研究找到了一批分别继承自两个亲本谱系的高度分化基因。其中，20个来自 Lama 祖先，360个来自小羊驼。相关基因涉及体型、骨骼、交配行为、嗅觉和精子发育等功能。
作者提出，这些不同来源的等位基因重新组合后，可能塑造了羊驼介于两个亲本之间的体型，同时影响交配和精子发育，从而帮助建立生殖隔离。不过，这部分主要依据基因功能注释和遗传关联推断，仍需要进一步实验验证。
作者进一步提出一种历史情景：早期人类在驯化南美骆驼科动物时，可能无意中增加了小羊驼与正在驯化的原驼之间发生杂交的机会。
如果某些杂交后代同时具有两个亲本的有利性状，人类可能会选择保留这些个体。经过持续繁殖和选择，一个能够稳定进行有性繁殖的新谱系最终形成，成为今天的羊驼。
需要注意的是， 这是作者根据基因组结果提出的演化与驯化情景，并不是直接观察到的人类育种过程。
08 这项研究改变了什么认识
过去常见的解释是“羊驼由小羊驼驯化而来，后来接受了大羊驼的基因”。
这项研究则把时间顺序向前推了一步： 杂交可能不是羊驼形成之后发生的附加事件，而是羊驼这个物种形成过程本身的重要组成部分。 作者因此将其解释为可能的“同倍体杂交成种”，即不依赖染色体倍增，通过两个亲本谱系杂交形成新的独立谱系。
不过，论文也明确指出，生殖隔离相关基因的具体功能以及体型变化是否真正导致交配隔离，仍需后续研究验证。
09 结语
这篇论文给羊驼的“身世”提出了一个新的基因组解释：
大约6300年前，小羊驼与原驼—大羊驼共同祖先发生杂交；两个亲本的大量遗传成分被稳定保留下来，并可能在人类驯化选择的参与下，逐渐形成今天的羊驼。
如果这一同倍体杂交成种模型得到更多证据支持，那么羊驼不仅是动物驯化研究中的典型物种，也将成为理解“杂交如何参与家养动物形成”的重要案例。
10 参考文献
免责声明 ： 本文依据原论文内容整理，用于科学传播和学术交流。论文提出的羊驼同倍体杂交起源模型建立在群体基因组、系统发育和种群历史推断基础上，其中有关早期人类选择、生殖隔离形成机制等内容仍有待更多遗传学、功能实验和考古学证据检验。
11 论文速览小卡片
项目
内容
论文题名
Hybrid Origin of Alpaca (Vicugna pacos) During Domestication of Camelids in the Mid-Holocene
中文题名
全新世中期骆驼科动物驯化过程中羊驼的杂交起源
期刊
Molecular Ecology
发表时间
2025年
研究对象
羊驼、小羊驼、原驼和大羊驼
样本
32个南美骆驼科个体，另以3只野生双峰驼作为外群
核心发现
羊驼可能由小羊驼与原驼—大羊驼共同祖先杂交形成
起源时间
约6300年前
祖源贡献
HyDe估计约59%来自小羊驼、41%来自 Lama 祖先；种群历史模型估计接近一半
成种方式
研究支持可能的同倍体杂交成种
潜在机制
两个亲本来源的高度分化基因可能参与体型、交配和精子发育等性状，并促进生殖隔离
驯化意义
人类对具有有利性状的杂交后代进行保留和选择，可能参与羊驼谱系的建立
DOI
10.1111/mec.70167
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