仍需办理。个体户支付员工工资后，扣缴申报义务不因本期预扣税额为零而消失。5000元关系到税款计算，不是是否报送员工收入的界限；按规定无需扣税与未办理申报，不能混为一谈。
对同一笔工资，先要判断所得性质、报送实际收入及扣除，再计算本期预扣税款。计算结果可能为零，但报送事项仍然存在。个人所得税法第九条以支付所得的单位或个人为扣缴义务人，第十条规定全员全额扣缴申报；61号公告第二条、第四条把工资薪金及相应报送信息进一步明确。个体户的组织形式，没有让员工工资自动退出这些规定。
这也是“零税额”与“零收入”最值得分开的地方。已经支付工资，把工资收入栏填零，并不能准确表达“本期无需预扣”。反过来，工资报表如实申报成功且税款依法算为零，也不能因为没有一笔税款支付记录，就认定雇主没申报。判断应回到收入数据和申报反馈，而不只是看银行有没有扣税。
对居民个人，综合所得按年计算，法定基本减除费用为6万元。工资薪金预扣则采用累计预扣法，一般按5000元乘以本单位当年截至本月任职受雇月份数计算累计减除费用，再结合其他法定扣除、累计已预扣税额计算。本文讨论的是雇主预扣申报，不据某一家店一个月的工资推定员工全年最终税额。
年中换店入职并不当然属于2020年第13号规定的年度首次取得工资薪金。该办法有“首次”的定义、资料或承诺书留存要求。2020年第19号允许符合上年完整年度同单位各月申报、收入不超过6万元及本年继续任职等条件的人员，按规定从1月起直接以6万元计算累计减除费用，也仍然要求全员全额申报。
两项优化减少的是部分人员预扣环节的资金占用，并没有把低收入员工从报表中删除。新员工一律勾选、按底薪估计全年收入、看到税额为零就停止报送，都没有解决条件核验问题。
个体户业主取得经营所得，雇员因任职受雇取得工资薪金，两者不是同一申报。店外个人独立提供服务还可能涉及劳务报酬，不能仅因报酬低于5000元就套工资累计扣除。本文的累计预扣说明限居民个人；非居民个人应按61号公告第九条另行判断。
自然人电子税务局提供扣缴申报渠道。实际操作应先核对员工身份、工资发放、扣除信息和所属期，再计算、提交并检查反馈。工资薪金按月申报，通常次月15日内完成，遇法定休假等核对当期顺延。界面显示零税款，不替代提交结果。
若发现历史遗漏，应对照每期报表确认是未报、已报少填还是计算有误，按主管税务机关要求办理补报或更正。征管法第六十二条对未按期报送规定责令改正并可以处罚；第六十九条处理应扣未扣税款。没有应扣税额，不能硬套应扣未扣；没有税额，也不能反推未报资料必然不受处理。具体结果不宜仅凭“月薪不到5000元”预先承诺。
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