《塞尔达传说：时之笛》重制版整体上是一部相当忠于原作的作品，加入了提升体验的新功能，也做了小幅调整。剧情方面同样如此，大体维持原貌，只在部分段落略有扩展或说明得更清楚。

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不过，这款重制版似乎还向一部经典的塞尔达漫画致了敬。这部漫画并非正传作品。