《塞尔达：时之笛 重制版》改变了原版的存档设计。N64原版提供三个手动存档位，新版本则让每个用户档案只能保留一个手动存档位，这项变化已引起部分玩家不满。

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有玩家在开始新周目后才发现旧文件已经被覆盖，其中一人称，自己因此失去了完成度达到100%的流程。游戏会在开启新流程时警告此前的自动存档数据将被覆盖，但提示没有明确说明，新版本并不具备原版那样的多个手动存档位。

目前的变通办法是在主机上建立多个账号，使用不同用户档案分别保存各个流程。玩家也可让第二周目只使用自动存档，暂时保留同一档案中的原手动存档；不过，一旦重新载入手动档并继续游玩，自动存档仍可能被改写。

《塞尔达传说：旷野之息》和《塞尔达传说：王国之泪》同样采用类似的单手动存档设计，但《塞尔达传说：时之笛》原版拥有三个存档位，因此新旧版本之间的差异更容易造成误解。任天堂目前尚未解释这一限制的原因，也未确认是否会通过后续内容进行调整。