在赖清德放话声称“两国互不隶属”，并表示我们应该正视所谓的“中华民国”之后，马英九对赖清德进行回击。6月14日，马英九表示，“中华民国”两岸“互不隶属”与“中华民国”跟中国“互不隶属”不是一回事。马英九表示，两岸“互不隶属”与“两国互不隶属”意义完全不同，不能划上等号，混为一谈。

马英九还指出，很惊讶赖清德会用他的话“背书”，但他的论述很清楚，就是根据“中华民国”宪法与两岸人民关系条例，“中华民国”包括台湾地区与大陆地区，两岸（台湾与大陆）互不承认主权，互不否认治权，但是都坚持“一个中国”原则，请问赖清德认同“一个中国”原则吗？认同“中华民国”宪法吗？

马英九表示，赖清德就职演说的“新两国论”，彻底违反“中华民国”宪法规定，因为根据“中华民国”宪法，所谓“两个中国”、“一中一台”与“台湾独立”，都是违宪的，也都不利两岸关系，损害两岸人民权益，赖清德自认没有挑衅意味，就是典型的“得了便宜还卖乖”，所有人都看得出来赖清德事实上就是在讲如假包换的“两国论”，赖清德既不认错还要狡赖，让人难以抱有希望。

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很显然，马英九站出来反击赖清德的所谓“两国互不隶属”，表达的立场非常清晰。那就是，赖清德的所作所为就是要以“两国论”替代两岸关系。马英九的论述无可置疑的证明两岸毫无疑问都是属于一个国家，而这个国家是中国也好，还是已经成为历史的“中华民国”也罢，都昭示着台湾就是中国不可分割的一部分。

赖清德此人不承认九二共识，妄图以“中华民国”的招牌包装其“台独”主张，这已经是人尽皆知。这样的行为严重破坏两岸关系，我们绝不会姑息纵容。赖清德鼓吹“两国论”还声称这不是挑衅，毫无疑问，这是极为严重的挑衅，对于这样的行为，我们当然要坚决的打击。事实上，不仅我们会坚定的打击，岛内的有识之士，也要站出来坚决的反对台独。台独分子，就是两岸和平最大的敌人，赖清德本人极为危险。