2016年我国军队改革中，原七大军区整合重组为五大战区，战区专注于联合作战指挥，不再承担部队建设与日常管理职能，这一调整直接推动省军区系统的隶属关系与职能定位发生重大变化。
除北京卫戍区、新疆军区、西藏军区外，其余28个省军区全部转隶中央军委国防动员部，职能也大幅收缩，不再管理边海防部队、守备部队和预备役部队，转而聚焦征兵、国防动员、民兵管理、双拥共建等行政性工作。
随着职能调整，省军区系统的内设机构也进行了大幅精简优化，层级与职责更贴合新定位。
首先，介绍一下省军区的内设机构。
省军区从“四大部”到“一办四局”，规格与职能同步优化。
军改前，省军区作为正军级单位，因下辖作战部队，内设机构参照陆军集团军架构，设“司令部、政治部、后勤部、装备部”四大部。其中司令部、政治部为副军级规格，后勤部、装备部为正师级，机构层级高、分工细，需配备大量正师职、副师职军官支撑运转。
军改后，随着作战部队管理权剥离，“四大部”被彻底撤销，取而代之的是“一办四局”（办公室、战备建设局、政治工作局、国防动员局、保障局），机构规格与职能均有明显调整：
规格上：办公室、战备建设局、政治工作局、国防动员局为正师级，保障局降为副师级，相比改革前的“两副军、两正师”，正师职岗位数量减少近一半，副师职岗位更聚焦保障职能，整体编制更精简。
职能上：战备建设局整合了原司令部的战备训练、原装备部的装备管理职能（剔除作战指挥相关内容）；政治工作局承接原政治部的思想政治建设、干部管理职责；国防动员局成为核心业务部门，统筹征兵、民兵组织、国防潜力调查等工作；保障局则合并了原后勤部与装备部的物资供应、财务审计、基础设施维护等保障职能；办公室主要负责综合协调、公文流转，相当于“中枢纽带”。
其次，介绍一下军分区的内设机构。
军分区从“三大部”到“四处”，层级下沉更贴基层。
军分区作为正师级单位，军改前的内设机构比省军区少一个“装备部”，仅设“司令部（副师级）、政治部（副师级）、后勤部（正团级）”三大部，职能上侧重协助省军区管理辖区内的民兵、预备役部队，同时对接地方开展国防教育。
军改后，军分区的内设机构调整为“战备建设处、政治工作处、国防动员处、保障处” 四个处室 不仅数量减少，层级名称也从“部”降为“处”。
此轮军改前，军分区（正师级）内设“司令部（副师级）、政治部（副师级）、后勤部（正团级）”这三大部，相比省军区要少一个“装备部”。
规格上：战备建设处、政治工作处、国防动员处为正团级，处长（主任）授上校军衔；保障处为副团级，处长授中校军衔，相比改革前的“两副师、一正团”，副师职岗位全部取消，编制更向基层倾斜。
职能上：战备建设处负责辖区内民兵训练、战备设施维护，不再涉及作战相关内容；政治工作处聚焦基层思想政治工作、军民共建活动；国防动员处直接对接县（区）人武部，具体落实征兵任务、国防潜力统计；保障处则负责军分区本级的后勤供应、财务报销、营区管理，职能更聚焦“服务型”。
然后，介绍一下人武部的内设机构。
上轮军改中，人武部的内设机构变动是最小的。
在省军区系统中，县（区）级人武部的内设机构变动最小。军改前内设“军事科、政工科、后勤科” 三个科室，军改后仅将“后勤科 更名为“保障科”，科室数量保持不变，但职能与人员构成有明显调整：
职能上：军事科在原有民兵训练、征兵组织基础上，新增了国防动员政策落地、辖区内国防工程保护职责；政治工作科强化了退役军人服务衔接、基层国防教育宣传（比如进学校、进社区开展国防课）；保障科则在原后勤科的物资管理、财务保障基础上，增加了文职人员的后勤保障内容。
人员上：人武部的现役编制大幅压缩，目前仅军事科科长为现役军官（通常为中校或少校军衔），政治工作科、保障科的负责人及工作人员多为军队文职人员，部分岗位还会聘用地方劳务派遣人员协助开展工作。
最后，介绍一下北京、新疆、西藏的特殊情况。
北京卫戍区、新疆军区、西藏军区因承担特殊的防卫作战、边境管控任务，军改后并未转隶国防动员部，而是转隶陆军总部管理，且仍保留精锐作战部队（如北京卫戍区的警卫部队、新疆军区的边海防部队），因此其内设机构不执行“一办四局” 模式，而是参照陆军集团军架构，设“参谋部、政治工作部、保障部”三大部。
此外，南疆军区（正军级）、新疆生产建设兵团军事部（副军级，执行省军区权限）也改由陆军总部、新疆军区领导管理，同步参照陆军架构设置“三大部”。
不过到了人武部这一层级，同样为“军事科、政治工作科、保障科”3个科室，在机构设置上与其他地区一致，仅在作战相关职能上接受陆军总部统筹。
