1978年10月，由于越南方面的一再挑衅，中央军委密令昆明、广州两大军区做好战斗准备，边境的气氛变得格外紧张。
在整体规划里，广州军区这面是主战场，部队多、任务重，军区司令员许世友在进行了一系列准备后，于12月11日召开作战会议，正式传达中央的作战预令。
作为军区内分管作战事务的副司令员，吴忠主动请缨，想要到一线指挥，获得批准。随后吴忠带着一个指挥班长前往广西龙州，负责广州军区南集团的作战事宜。
他为了能制定符合实际的策略，多次亲自带着参谋及各级指挥员到前线勘察，并先后主持了6次会议，研究、精进作战部署。
在极短的时间内，吴忠把方案做了出来呈递给广州军区，许世友看后大为赞赏，让吴忠就按照这样去干。
正当各方面都在积极准备时，1979年1月20日，中央军委一道命令下达至广州军区，宣布免除吴忠的副司令员职务，并要求他回京接受审查。
此时距离计划好的开战时间已不足一个月，许世友深知临阵换将乃兵家大忌，突然把吴忠撤掉，军区的南集团部队士气必然会受到打击，届时会引发什么后果谁也没办法预料。
所以许世友思考过后，决定顶住压力，扣住这份文件，不告知吴忠，有什么事情也得打完仗再说。然而正式渠道下达的命令想完全封锁也不是那么容易。
2月4日，吴忠还是得知了此事，他的内心五味杂陈，不知该不该离职回去接受审查。作为军人，最终他决定站好这最后一班岗，等仗打完就回去接受调查。从后来的事情发展来看，这个决定非常正确。
2月17日，对越自卫反击战打响，广州军区南集团部队兵分数路向敌人发起进攻，一路斩获诸多胜利。
2月20日晚，吴忠接到电报，上级要求南集团与北集团汇合后，部队统一由北集团指挥员指挥。这其实还是跟开战前的命令有几分关系，吴忠为之难过不已。
不过，他还是听从命令，率部向高平进发，准备与北集团汇合。21日中午，南集团部队抵达高平一带的果冈。
吴忠从最新情报中得知，越南军队正在往高平增援，而我北集团相距还有点路程。战机稍纵即逝，吴忠急电军区，希望能获准立即发起进攻，不要等北集团部队。
军区很快同意了他的建议。于是，在吴忠的指挥下，南集团部队势如破竹，成功攻克了高平。
如果换成其他平庸的指挥，估计在高平城下时就会选择机械执行命令、等待北集团汇合。万一越军抢先支援高平，那我军势必要付出更大的伤亡才能达成目的，所以说，吴忠战前的决定对他个人、对整体战局都是非常正确的！
此后南集团一直表现不错，直到3月16日奉命回国。而吴忠在战争结束后，也服从命令回到北京，这时他才知道究竟发生了什么事。
说起来，主要在于他曾经担任过的另一个核心职务：北京卫戍区司令员。
1970年，开国中将温玉成被调到成都军区，吴忠继任为卫戍区司令员，他上任不久便严厉批评了卫戍区副司令员李钟奇。
这李钟奇曾在一场关于彭老总的揭批会上，狠狠掌掴了彭老总，引得全军哗然。吴忠是个很有正义感的人，听说此事后痛心疾首：我们的高级干部里出现这样的行为，令整个部队都感到羞耻。
奈何他这时还管不到卫戍区，有心无力。直到1970年吴忠升为卫戍区司令员，李钟奇刚好是下属，这就有机会伸张正义了。
吴忠很快将李钟奇叫到办公室批评：当初彭是挨批了，但他历史上对军队有重大贡献，组织有组织的纪律，你是什么人？这么做不觉得丢脸吗？人民军队不是你家开的！
李钟奇比吴忠大了近8岁，两人又同为少将，被这么训斥感觉脸上挂不住，但刚想反驳，又迎来了吴忠的批评，偏偏吴忠的话都出于大义，这让李钟奇到最后都没好意思开口。
这次谈话结束前，吴忠要求李钟奇写一份至少2000字的检讨，除当众宣读外，还得在卫戍区公示栏内连续公示一个月，很多人为之拍手称快。
此事是吴忠后来遭受举报的一个原因，但不仅限于此。
他担任卫戍区司令员后，北京发生了很多大事，比如1971年、比如1976年，当时卫戍区部队都有调动。而且在吴忠任职的七年时间里，一些老干部的处境，也有卫戍区的参与，这让不少人对他也有意见。
客观来讲，吴忠作为军人，听从中央的命令调动部队，这是再正常不过的事，那个环境下谁也没有办法。
但一些老干部却不这么认为，他们站在当事人的角度，只感觉吴忠也参与到相关集团当中，因此向组织举报。
之前被吴忠训斥过的李钟奇见到机会，也向中央举报吴忠“欺压群众、与相关团伙有勾结，历史上不清白”。随后组织就成立了专案组展开调查。
吴忠知道自己是清白的，经得起考验，所以各方面都非常配合。奈何由于情况复杂，一些事情从不同的角度去看就会得到不一样的结果，使得组织很长一段时间都没有做出结论。
这种事情真的很难讲，包括担任过代总长、“二办”负责人的杨成武也遇到过类似情况。虽然杨成武自己也曾受到打击，但那些在“二办”吃过苦的老干部还是对他印象不好。只能说，是否为当事人，就关乎到考虑的角度吧。
1987年，中央终于做出最后定论：吴忠没有参与夺权行动。并给出评价：吴忠不光在七十年代没有错误，还积极执行了组织决策，采取有效行动，总体上是有功的。
1988年，吴忠获得一级红星功勋荣誉章，这是组织认为他没有错误的一个体现。
对于那段往事，吴忠非常大度，他只说了一句：我是党的一员，是人民的军人，理应为国家尽责。将军风骨，令人钦佩！
