1966年“运动”爆发后，时任解放军总政治部主任的萧华受到了冲击，林彪、江青多次指使造反派对他进行抄家和批斗。
周恩来为了保护萧华，在1967年3月3日召开了总政系统及军队院校造反派参加的6000人大会，专门批评了造反派揪斗萧华、冲击军队的恶劣行径，他说：
你们在座的，没有一个比我了解萧华，他是我看着长大的，他连衣服都穿不好时，我就认识他。他是毛主席调来的，毛主席信任他，培养他，他的第一个启蒙老师就是毛主席。他从红小鬼到总政治部主任，跟着毛主席南征北战几十年，总是处于斗争的第一线，哪里困难哪里去。这样一个好同志，怎么会反对毛主席，反对党呢？
你们会唱《长征组歌》吗？你们能写出来吗？对毛主席没有深厚的感情，是写不出来的。“毛主席用兵真如神”这一句是传神之笔，《长征组歌》每一段我都会唱，你们为什么不准唱？你们凭什么说《长征组歌》是大毒草？
虽然周恩来发了话，但在林彪、叶群的唆使下，黄永胜、吴法宪、李作鹏、邱会作还是继续组织造反派批斗萧华。
1967年5月13日，在林彪、江青的挑动下，分属两派的军队和地方造反派为文艺演出由谁参加的问题大打出手，死伤多人，萧华果断地平息了这场武斗。林彪、江青却挑动造反派，把这次事件嫁祸到萧华头上，叶群还指使造反派把批判萧华的大字报贴到了天安门广场。
萧华被批斗一个多月后，身患肝炎，他不得不给毛泽东写信告假。毛泽东指示：造反派不要再搞了，肖华身体本来不好，让他休息几天，若真有问题，“书面检查，以此了案”。
然而林彪、江青并未就此罢手。7月25日，林彪在天安门城楼对造反派说：“要彻底砸烂‘总政阎王殿’。”这年12月，造反派炮制了一份《关于反革命修正主义分子萧华的罪行和处理意见的报告》，分别上报毛泽东、林彪、中共中央、中央文革小组。报告不仅罗列了萧华的“六大罪状”，还说：“总政治部长期被彭德怀、黄克诚、谭政、罗瑞卿、萧华把持，经过他们苦心经营，变成了水泼不进、针插不进的资产阶级独立王国，一个刘、邓设在我军的黑店。”
1968年1月，林彪、江青指示造反派把萧华极其秘密地关押在离总政不远的一个叫做松树胡同的小院里。从此以后，萧华度过了6年的囚禁生活。
囚禁萧华的屋子只有5平米，窗户用铁板钉死，屋里吊着日夜通明的100瓦灯泡，一个枪口从门上的小孔伸进来，萧华睡觉时，脸必须迎着灯光和枪口。因“态度顽横，拒不交待问题”，萧华经常被打得遍体鳞伤。在被囚禁的日子里，萧华每天的食谱是：早饭，半个窝头、一碗玉米面糊；中饭，一个窝头、一碗菜汤；晚饭与午饭一样。
萧华被关押以后，他的妻子王新兰四处打听他的下落。当时社会上关于萧华的传言很多，有的说他已不在人世了，有的说他已经被秘密处决了，还有的说他自杀或病死了。面对这些传言，王新兰每日心如刀割。后来王新兰偶然从一张小报上看到张春桥说：“林副统帅说过，萧华是三反分子这个案子，什么人也翻不了。”她由此判断萧华还活着，并立即给毛泽东写了一封申诉信。
毛泽东看过信后批示：“王新兰说萧华不是三反分子，请中央文革小组讨论。”但当时由于林彪、江青的干扰，毛泽东的这个指示并没有得到落实。
1971年9月，林彪身亡后，有人暗示萧华说：“你只要去给江青道个歉，就可以免于坐牢。”
萧华听后斩钉截铁地说：“我没有错，我宁愿把牢底坐穿！”
1973年，王新兰给周恩来写了一封要求见萧华的信，经周恩来同意后，她和孩子终于在分别5年后见到了萧华。当时萧华全身浮肿、毛孔出血、神情呆滞，已经被折磨得完全不成人形……
1974年9月，在庆祝建国25周年前夕，中央派人将出席天安门国庆观礼的领导人名单送毛泽东审定。毛泽东仔细看了一遍名单，什么话也没说就退了回去。几天后，经修改的名单再次被送到毛泽东面前，毛泽东仍然什么也没说，再次退了回去。9月29日，名单第3次送呈毛泽东，毛泽东看了半天，亲手添上了萧华、刘志坚两个人的名字。
以江青为首的“四人帮”万万没有想到，毛泽东竟然想起了已被关押6年的萧华，他们慌了，要求专案组立即释放萧华。萧华却偏偏不走，他说：“当初你们为什么抓我？现在为什么放我？我要一个文字结论。”
造反派没办法，只好找来王新兰，让她劝劝萧华。王新兰劝萧华说：“主席让我们回去就回去，是是非非一时怎么说得清，孩子们都在家等着你呢！”
面对相濡以沫的妻子，萧华这位久经沙场的战将，终于流着眼泪叹了口气说：“好吧！”
9月30日，萧华出席了国庆招待会，这标志着他正式获得了“解放”。
