国民党一直以来都有内斗的传统，时至今日这个毛病也没有明显改观。早在国民党盘踞大陆时期，该党就派系林立，各方势力长期内耗，迁到台湾地区之后，又逐步形成所谓的“本土派”“外省派”“深蓝派” 等不同派系，各方围绕着权力、两岸路线、选举利益等进行的争斗从未停歇，派系斗争的“政治基因”延续至今。
尤其是近年来，国民党在台湾地区的选举、党主席更迭、两岸政策制定等事务中，频繁出现内部内讧、互相拆台、路线摇摆的情况。不同的派系为争夺党内提名、权力主导权，往往内耗严重，难以形成统一共识，甚至出现“内斗内行、外斗外行”的局面，这也是其政治影响力持续下滑的重要原因之一。
而这种内部矛盾本质上是，权力利益分配不均与两岸路线分歧的叠加形成的局面。一方面，国民党内部各派系纠结于本土与非本土的政治标签；另一方面，国民党在两岸政策上摇摆不定，加之党内缺乏强有力的核心凝聚力，最终导致内斗成为顽疾，难以根治。
这种长期内耗不仅严重削弱了国民党自身的政治竞争力，也对台海和平稳定和两岸关系发展带来了消极影响。
日前，马英九基金会特意发表了一份正式声明，在官宣新任执行长的同时，强调前两任执行长萧旭岑、王光慈两人的个人言论和行为，日后均不能代表基金会和马英九的立场。
这份声明引发外界对国民党“马系”内部关系变化的猜测，特别是马英九与萧旭岑这对长期合作的政治伙伴，如今闹得如此不愉快，以这样的方式“一拍两散”，其中可能有隐情。有分析人士认为，马英九方面的声明，实际上是在与萧旭岑等人划清界限，是马萧两人关系恶化的明显标志。
3月19日，有外媒引述台湾媒体的报道，披露了马英九和萧旭岑关系“破裂”的过程。萧旭岑虽然是马英九多年的心腹、尽心尽力辅佐。然而，去年他接任国民党副主席时，先答应国民党主席郑丽文、再向马英九报告的做法，让马英九对这一人事安排颇为不悦，毕竟萧旭岑没接任副主席之前，还是马英九的人。
马英九一直希望再度访问中国大陆，但萧旭岑担任国民党副主席后，受命负责郑丽文及国民党的两岸交流事务，这让马英九相当在意，甚至心生“醋意”，马英九没想到跟随自己多年的忠心幕僚，在攀上郑丽文这个“高枝”之后，很快将他抛在脑后，在两岸事务上的分歧，进一步瓦解了双方的互信。
在马英九与萧旭岑关系恶化的过程中，马英九的一位重量级亲信趁机借题发挥，突然发难，带着律师以及马英九的“委托书”，在基金会开工祭拜仪式上，公开指控萧旭岑、王光慈，在办公室事务处理、人事任命程序上有问题、指责他们调薪自肥，当场要求两人离职，甚至扬言通过司法途径处理。这名马英九亲信的做法，成为压垮马萧关系的“最后一根稻草”。
马英九和萧旭岑“闹掰”，实际上把马英九与郑丽文的不和也摆上了台面，萧旭岑现在成了郑丽文的副手，马英九就是因为萧旭岑投奔郑丽文之后变脸太快，才心生不满。说白了，这属于马英九和郑丽文之间的用人之争。
归根结底，是马英九把自己的私利，置于国民党的发展、幕僚的政治前途以及两岸关系深化之上，国民党的“老传统”再不改变，在岛内将面临更加严重的生存危机。
