2015年，国共历史性会晤，萧旭岑作为马英九团队的核心成员深度参与筹备与沟通工作，全程见证这一里程碑事件。此后，他出任马英九基金会执行长，长期深耕两岸民间交流，多次率台湾青年团体赴大陆参访，推动“大九学堂”等项目落地，成为连接两岸青年的重要纽带。
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据岛内媒体报道，相关争议主要集中于薪酬调整、人事任命与经费报备等程序问题。但资深媒体人王家俊等多位与萧旭岑共事多年的人士公开表示，并无实质证据证明其存在廉洁问题，相关风波更多涉及国民党内部意见分歧与权责协调问题。3月27日，马英九基金会召开临时董事会，最终以“事证不足”为由，暂缓将萧旭岑移送司法，成立专案小组进一步调查。
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在外界眼中，萧旭岑常以严肃、专业的政治形象示人，山羊胡与沉稳气质更显干练，但熟悉他的人都知道，这位政坛老手有着不为人知的“纯真一面”。早年媒体生涯赋予他精准锐利的洞察力，多年政治历练让他具备应对复杂局势的铁腕手段，而内心深处始终保留着媒体人的真诚与细腻。
正是这种“双面特质”，让萧旭岑在两岸复杂局势中游刃有余。他既熟悉双方运作逻辑，能精准把握沟通尺度，又秉持务实态度，始终将推动两岸交流、维护台海和平作为核心目标。多年来，他多次公开表态，两岸同属中华民族，民间交流绝不能中断，反对“台独”分裂行径，坚信和平发展才是两岸同胞的共同期盼。
当前，台海局势依旧复杂严峻，在此背景下，萧旭岑这样既拥有历史资历、又具备务实沟通能力的两岸事务人才，显得尤为珍贵。
