1856年9月2日凌晨四点，天京东王府被三千人围住，杨秀清还在睡觉，刀就砍了进来，他没来得及穿上鞋子，头就被砍下，送到洪秀全面前验看，他家五十多口女人、二十七个亲属，连同仆人和婴儿全都被杀死，有个爱尔兰人亲眼看见街上血流成河，尸体堆了五层高，泥地踩上去发黏，陈承镕本来是杨秀清的人，那天却亲自开门放韦昌辉进城，没人阻拦，也没人问原因。
杨秀清三十三岁去世时，实际掌控着太平天国的权力，李秀成后来在回忆录中提到，当时所有重要权力都集中在东王杨秀清手中，他通过自称“天父下凡”的方式装神弄鬼，连洪秀全都必须跪地听从他的训示，他指挥军队攻打江南大营和江北大营，使得清军不敢正面迎战，清朝方面的情报也记载，杨秀清治军严厉，百姓虽然畏惧他，但也信服他的能力，问题在于他过于能干，将军权、神权和行政大权全部掌握在自己手里，洪秀全坐在金殿上，几乎成了一个空架子。
洪秀全忍了好几年，终于偷偷给韦昌辉和秦日纲发了密诏，叫他们回天京杀杨秀清，韦昌辉早就恨杨秀清，一接到命令马上带兵赶回来，杨秀清死后，韦昌辉的屠刀没有就此停下，洪秀全又配合演了一出戏，贴告示说韦昌辉乱杀人要受鞭刑，骗了五千东王旧部来看行刑，人一进屋，门就关死，火药炸开，火枪扫射，三个小时后屋里再没人动弹。
这场杀戮持续了两个月，只要跟东王府沾点边的，传过一句话、送过一顿饭，或者只是同乡，都可能被拉出去砍头，李秀成说原本只打算杀杨秀清兄弟三人，结果越杀越多，最后死了两万多人，这些人大多是广西老兄弟，是起义最早的一批人，会打仗、懂组织、信拜上帝教，他们一死，天京城里真正能打的班子没了，秦淮河的水红了好几个月，洗不干净。
杨秀清借着天父下凡的名义压制别人，洪秀全靠着天王身份坐镇中央，这两个位置本来就有冲突，一个说天父让我来指责你，另一个说我是天王你得听我的，两个人谁也不肯服谁，这不是因为杨秀清太过狂妄，而是这个制度本身容不下两个最高权威，当神权变成争夺权力的工具，信仰就只剩下一个空壳子了。
杨秀清原本是个烧炭工人,没上过学,靠着打仗和管理手下一步步爬上来,他走的是底层人想翻身的道路,但这个政权没有建立制衡机制,也不搞权力分散,全凭个人威信和所谓天父附体压服众人,核心人物一死,天平天国便走了下坡路，清朝再腐败,县衙门还能收税传递公文,太平天国一出事,连报信的人都不知道该找谁。
