1966年“运动”爆发后，时任国防科委副主任的钟赤兵受到了冲击，他被扣上了“军内一小撮”“‘臭老九’的黑保护伞”等帽子，遭到林彪、“四人帮”的打击和迫害。
面对林彪、“四人帮”的淫威，钟赤兵却毫无惧色，坚持斗争。有一次，造反派头头逼钟赤兵交代所谓的“黑材料”，他怒不可遏地说：“你们欺人太甚，老实说，想从我这里得到一根毫毛也办不到！”
钟赤兵的“顽固不化”惹怒了林彪、“四人帮”，他们指使亲信狠整钟赤兵，使他得了心肌梗塞，不得不送进医院抢救治疗，可造反派却不让抢救，非要置他于死地而后快。
1967年3月，造反派硬将钟赤兵从医院拖出来游街批斗。当时钟赤兵重病在身，又只有一条腿，站立非常困难，但造反派们偏不让他坐，还给他戴上了一顶一米多高的高帽子。造反派厉声厉色地反复问道：“你为什么要保护‘臭老九’？为什么要推行修正主义科技路线？”
毛泽东的女儿李敏当时也在国防科委工作，她后来回忆说：
钟赤兵是长征途中英勇战斗失去了一条腿的红军干部。当时他因有严重的心脏病，正在三○一医院住院治疗。为了批判他，就强行把他从医院的病床上拉起来。他是带着氧气瓶到北京航空学院礼堂接受批判的。
看到这种情况，说实话，我心里非常难过，心情非常沉重，可我又无能力来阻止，因为我也在受批判。我为此心急如焚。等到会议一结束，我就不顾一切地向中南海跑去。我一心想见爸爸。我要向爸爸反映这一真实的情况。
李敏跑到中南海毛泽东的住处后，先碰到了江青，江青挖苦她说：“小保皇回来了呀！怎么偏偏在这时候回来呀！是不是想摸底？”
正好毛泽东听到了江青的话，他生气地对李敏说：“你去告诉她，就说你是回来摸底的，看她怎么办。”
李敏说：“爸爸，您别生气。我是回来向您反映情况的。”随后她把钟赤兵被批判的情况说给了毛泽东听。
毛泽东听后说：“钟赤兵同志是好人，是打仗打出来的。”
李敏回到国防科委后，向有关领导转达了毛泽东的指示，钟赤兵终于暂时得到了保护。
1967年8月，钟赤兵又被造反派拉到师范学校隔离起来，他的夫人于陆琳后来回忆说：“我当时是北师大教育系主任，和钟赤兵分别被隔离在两间教室里，夫妻近在咫尺，我为他的身体担忧，却不能照应。”
次日上午，造反派在批斗钟赤兵夫妇时，一个头头质问他们：“钟赤兵，你为什么支持于陆琳推行资产阶级教育路线？”
钟赤兵义正词严地反问：“资产阶级教育路线是什么，学校的教育方针又是什么，你知道吗？”
那个头头愣住了，过了一会儿才说：“这谁不知道，学校当然是抓教育，是培养人才，是……”
“这一方针是谁提出来的？”
“毛主席。”
“既然是毛主席提出的，难道于陆琳执行毛主席的教育路线就是执行资产阶级教育路线吗？”造反派听后无言以对。
林彪、“四人帮”之流见从政治上整不倒钟赤兵，就决定从生活上对他进行迫害。他们撤掉了钟赤兵的警卫员和保健医生，这对于一个肢体残缺、又患有重病、生活不能自理的人来说，身边没有人照顾，其艰难是可想而知的。再加上没完没了的批斗，钟赤兵很快就病情加重、生命垂危了。
好在这个时候毛泽东又作出指示：“钟赤兵是个好同志，从小是在红军里面打仗出来的，工作有能力，有魄力。”林彪、“四人帮”挨了当头一棒，只好放了钟赤兵。
1971年10月，钟赤兵调任广州军区副司令员，分管作战和训练。1975年，邓小平进行全面整顿时，钟赤兵又回到国防科委任副主任。1975年12月20日，钟赤兵因病在北京逝世，享年61岁。