1967年夏，北京军队系统的工作秩序正经历剧烈变化。代总长杨成武随毛泽东外出视察期间，吴法宪被安排牵头处理军委日常事务。时间不算很长，事情却极为繁杂，涉及部队调动、干部安排以及各方面关系协调。一个长期担任政工干部的人，能在这样的关口被推到前台，绝不是一句“草包”可以解释的。
吴法宪真正受到质疑，主要源于他后来担任空军司令员以及身处高层时的表现。与刘亚楼、杨成武、黄永胜等人相比，他缺少那种能够独当一面的军事统帅气质，讲话办事也常给人圆滑、谨慎的印象。若只拿战场指挥和军事建树作为尺子衡量，他确实不属于最突出的一类。
但军队高级职位，从来不只考察战术能力。尤其在政工系统，判断形势、维系关系、执行意图，同样是重要本领。吴法宪的长处，不在于临阵指挥，而在于熟悉组织运转，善于观察风向，也懂得如何在复杂关系中保护自己并完成任务。
战争年代，他大多从事政治工作，担任过政治部主任、政委等职务。这样的经历决定了他的工作方式：重视上下联系，熟悉干部情况，处理问题时更看重政治后果。有人把这种谨慎视为缺乏主见，也有人认为这是政治判断力。两种看法并不完全矛盾，关键要看他处在什么位置。
新中国成立后，吴法宪调入空军工作，先后担任政治部主任、副政委和政委。空军建立时间较晚，干部来源复杂，既有陆军调入人员，也有航空专业人员，军政关系、上下级关系都需要磨合。吴法宪能够在这一体系内站稳脚跟，说明他至少具备组织协调和处理复杂事务的能力。
问题在于，他与刘亚楼长期共事，且在战争年代就处于刘亚楼领导之下。刘亚楼能力很强，办事果断，要求严格，但作风也比较强硬。面对这种强势的军事主官，政委本应承担沟通、制衡和疏导作用。遗憾的是，吴法宪更多时候选择维护刘亚楼的权威，而不是充分发挥政委的独立作用。
这使空军内部形成了较明显的“一长制”色彩。司令员决定大方向，政委配合执行，军政之间缺少充分的相互牵制。有人据此断定吴法宪没有能力，其实并不准确。更合理的判断是，他在这一岗位上没有展现出应有的独立性，也没有把政委制度的作用完全发挥出来。
1965年刘亚楼病逝后，空军司令员一职出现调整。吴法宪由政委转任司令员，背后既有刘亚楼生前的信任，也有林彪对他的认可。这个安排当然带有政治背景，但能被放到空军最高军事主官的位置上，至少说明上级认为他熟悉空军情况，能够维持系统运转。
当时空军内部并非没有不同意见。吴法宪缺乏空军专业技术背景，军事指挥资历也不如刘亚楼，这些短处都摆在那里。可是，司令员并不一定要亲自解决每一个技术问题，能否把干部、制度和任务组织起来，同样属于领导能力。吴法宪的能力边界比较清楚，却不能因此被抹成一无是处。
有意思的是，1967年那段临时主持工作的经历，恰好暴露了他的另一面。杨成武离开北京期间，军委日常工作不能停摆，吴法宪需要面对多方请示和彼此牵连的矛盾。若只是听命办事、缺乏判断，很难在两个多月里维持基本秩序。随后军委办事组成立，吴法宪担任副组长，进一步进入军队核心决策圈。
“他懂不懂军事？”有人曾用类似问题质疑他的资格。这个问题本身就把“军事能力”限定得过窄。吴法宪不是刘亚楼那种强势的军事组织者，却是熟悉政治规则、擅长揣摩关系的人。他的政治智慧，有时表现为灵活，有时也表现为迎合；这正是评价他时不能回避的两面性。
1969年召开的中共九大，吴法宪当选中央政治局委员。这个结果与当时军队高层格局、林彪集团的政治地位以及吴法宪长期积累的信任关系密切相关。进入政治局，并不等于军事才华已经达到一流；但能够进入这一层级，也足以说明他在组织判断、政治站队和关系经营方面并非庸常之辈。
把吴法宪称作军事天才，显然言过其实；把他说成什么都不会，同样失之武断。他的短板是军事统帅能力不足，长项则是政工经验、形势判断和政治执行。这样的干部，未必能在战场上建立赫赫战功，却可能在复杂权力结构中一路上升。吴法宪的经历，正是这种能力结构被时代放大的一个典型案例。