了解国家体育总局机构设置的朋友应该都知道，目前国家体育总局一共设立有21个正厅局级的运动管理中心（均为事业单位性质），具体涉及到了“冬季运动、射击射箭运动、自行车击剑运动、水上运动、举重摔跤柔道运动、拳击跆拳道运动、田径运动、游泳运动、体操运动、手曲棒垒球运动、篮球运动、排球运动、乒乓球羽毛球运动、网球运动、小球运动、航空无线电模型运动、棋牌运动、武术运动、健身气功、登山运动和汽车摩托车运动”。但细心的人看到这里也许就发现了，在这21个正厅局级的运动管理中心中，竟然没有“足球运动管理中心”。
但实际上呢，在2016年2月之前，国家体育总局其实是设有足球运动管理中心的，而且规格级别也是正厅局级。根据公开资料显示，国家体育总局足球运动管理中心的前身是原中华人民共和国体育运动委员会足球处（简称“国家体委足球处”）。
1995年1月3日，足球运动管理中心正式宣布成立，其机构性质为国家体委直属事业单位，也是中国足球协会的常设办事机构，被赋予对足球运动项目全面管理的职能，后于1998年4月6日伴随着国家体育总局的成立而更名为国家体育总局足球运动管理中心。国家体育总局足球运动管理中心与中国足球协会实行"两块牌子、一套人马"的组织架构，内设综合部、外事部、联赛部、技术部、青少年发展部、女子足球管理部等六个处级部门，主要职责包括制定足球发展规划、管理国家队及竞赛事务，并负责中国足球学校的管理工作。
不过，早在2015年3月的时候，当时国务院下发了《中国足球改革总体方案》，根据《方案》要求：足协去行政化并与体育总局脱钩，不设行政级别。对此，当时有多家官方媒体解释称：“管办分离”改革为的就是改变中国足协与体育总局足管中心“两块牌子、一套人马”的组织构架，让中国足协与体育总局脱钩，从而在内部机构设置、行业管理建设等方面拥有更大的自主权和灵活性。
于是，伴随着足球领域的“管办分离”改革，国家体育总局原足球运动管理中心先是在2016年2月16日由中央编办撤销了足球中心事业单位建制，后又于2017年1月5日在国家事业单位登记管理局正式完成注销流程，这也就意味着中国足协与国家体育总局脱钩并成为独立的社团法人，以社团法人身份独立管理足球事务。
现阶段，中国足球协会（简称“中国足协”）作为由国内致力于足球事业发展的组织和个人自愿结成的，具有公益性和代表性、专业性的全国性、行业性社会团体，接受业务主管单位即国家体育总局和登记管理机关即民政部的业务指导和监督管理，同时也是中华全国体育总会的单位会员、是中国奥委会承认的全国性单项体育协会，也是代表中国加入国际足联和亚足联唯一合法机构，根据法律授权和政府委托管理全中国的足球事务。
在领导班子构成方面，中国足协的领导班子由党委书记、主席、纪委书记、副主席等构成，其中现任中国足协党委书记由国家体育总局分管副局长兼任。在组织机构方面，中国足协设立有秘书处（秘书长一职现由中国足协副主席、党委副书记袁永清兼任），中国足协秘书处下设“党群工作部（人力资源部）、综合和财务管理部、国家队管理部、女子足球部、青少年足球部(全国足球发展重点城市办公室)、社会足球部、技术部（技术总监办公室）、竞赛部、裁判部、对外交流部、媒体文化部、数字信息部和纪检监督部”。
此外，中国足协还下辖中国福特宝足球产业发展公司、国家足球训练基地这两个直属机构，其中“福特宝”公司在1993年成立于北京，是经国务院经贸委批准成立的中国足球协会直属国有企业（享有以中国足协中国之队、中国足协杯赛、中国足协超级杯赛为代表的中国足协多项赛事及活动的商务开发权，现为我国规模最大、体系最为完善的足球产业公司）。而国家足球训练基地(中国足协训练基地)位于河北省香河县境内，距离北京60公里，总占地面积约200亩，建筑面积2万平方米，投资总额8500万人民币。
而根据工作开展需要，中国足球协会还设有相应的专项委员会，各专项委员会是中国足协分支机构，在授权范围内依据工作规范协助执委会处理本会专项事务。中国足协专项委员会有纪律与道德委员会、纠纷解决委员会、新闻委员会、技术委员会、裁判委员会、青少年委员会、运动员委员会等等。
目前，中国足协所辖会员协会共计有53家，其中省级协会32家(含4个直辖市和新疆生产建设兵团足协)、重点城市协会13家以及行业单位协会8家(具体分别是煤矿体协、火车头体协、中国学体联、企业体协、公安体协、军体训练中心、中足联和电力体协)。
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