“一部协和史，就是半部中国医学史”，“北协和、南湘雅、东齐鲁、西华西”——这两句话相信不少人都听说过。
协和、湘雅、齐鲁、华西——说的就是代表了近代以来中国医学教育的四家百年老店，其中首屈一指的便是位于北京的协和。
坐落于北京王府井、紧邻东方新天地和东单北大街的协和医学院，是目前国内唯一一所位于京城最核心区域的重点大学，与附属的协和医院毗邻而立。
协和医学院的校区十分狭小，东西宽不过400米，南北进深平均仅100米，是京城所有知名大学里占地面积最小的了，小到连建一个五人制足球场都腾挪不开。但走出它200米就是长安街，步行25分钟就能到达天安门，这种绝佳的地理位置让京城其他所有重点大学都无法望其项背。
现如今，悬挂在协和医学院那座灰墙青瓦清式老建筑大门口的仍是三块牌子——“中国医学科学院”、“北京协和医学院”、“清华大学医学部”，不明所以的人可能还以为这是三家单位。有些人看到985、211高校的名单中并无协和医学院，便对协和医学院的真正实力产生了怀疑，这其实也是一种外行的表现。
那么，协和医学院究竟是一家怎样的单位呢？它又经历过怎样的历史变迁呢？近年来又发生过怎样的曲折呢？本文野望谷就一次讲明白。
【一】
协和的历史，还要追溯到100多年前的晚清光绪年间。
当时，外国教会已经在中国开办了多所西式医院，人们对西式医学的接受程度也越来越高，但这些西式医院的规模还普遍偏小、医疗技术也算不得精湛，更谈不上规范的西医教育。
1904年，在中国行医的英国人科龄提议在北京建立一所高等西医学堂，立即得到了清政府的响应和慈禧太后的支持。
两年后，由英国伦敦教会联合其他五个英美教会共同建立的一所高等西医学堂在北京东单牌楼北石牌坊附近落成，由于这所学堂是几个教会共同建立的，所以英国人便将其取名为“Union”（联合），翻译成汉语后就变成了更为雅致的“协和”。
从1906年起，协和拥有了它历史上的第一个名字——“协和医学堂”。
负责牵头组建协和医学堂的英国伦敦教会原名叫“伦敦传道会”，早在鸦片战争之前的1807年，伦敦传道会的传教士就抵达了广州，并在广州和香港设立了传教站。
历史上，被伦敦传道会发展的最知名的一个中国传教士，便是太平天国后期的主要领导者之一、《资政新篇》的作者、被洪秀全“赐福千岁同八千岁”的干王——洪仁玕。
协和医学堂是英美教会在中国合办的第一所医学院校。在19世纪到20世纪之交为中国人开了高等教育之先河的，正是像协和医学堂这样的私立教会大学。
除了协和医学堂以外，那会儿著名的私立教会大学还有燕京大学、辅仁大学、金陵大学、震旦大学、之江大学、岭南大学等等。后来，这些私立教会大学分别成为了北京大学、北京师范大学、南京大学、上海交通大学、浙江大学、中山大学的前身。
时间一转眼到了1915年，清朝覆亡，中国到了北洋军阀时期。
第一次世界大战严重拖累了英国的全球扩张步伐，后来居上的美国正式取代英国成为新一代世界霸主。其间，一个名叫洛克菲勒的美国石油大王开始走进了中国人的视野。
当时，创办了标准石油公司的洛克菲勒已经坐拥9亿美元身家，这相当于美国1914年GDP的2.4%，是公认的全球首富。到了20世纪10年代初时，洛克菲勒已经年逾70岁，进入暮年的他全身心投入了慈善事业。
洛克菲勒先是向美国约翰斯·霍普金斯大学提供捐助，出资成立了约翰霍普金斯公共卫生学院（又名布隆伯格公共卫生学院或彭博公共卫生学院），后又派遣时任约翰霍普金斯公共卫生学院院长韦尔奇率团来中国考察，打算资助中国的医学教育，并在北京新开办一所高水平的医学院。
恰在此时，已在京城小有名气的协和医学堂正在陷入困境、经费拮据，这让洛克菲勒看到了机会。
1915年，洛克菲勒基金会全资收购了协和医学堂，交由基金会下属的中华医学基金会负责接管。洛克菲勒沿用了“协和”这个名字，将其更名为“北京协和医学院”。
在洛克菲勒基金会和约翰霍普金斯公共卫生学院的指导下，协和医学院首创了八年医学本科学制，协和医学院的毕业生可同时获得纽约州立大学的医学博士学位，协和护士学校的毕业生也可同时获得美国注册护士资格。
为了寻求一个更好的办学处所，新组建的协和医学院开始了在老北京城里的探索之旅，很快他们就在北京东单附近相中了一座院墙高大、古朴恢宏、铺满绿琉璃瓦的清代建筑——豫亲王府。
始建于清朝顺治年间的豫亲王府迄今已有300多年历史，是清朝历代豫亲王的府邸。皇太极在位时，努尔哈赤的第十五子、多尔衮的同胞幼弟多铎被册封为第一代和硕豫亲王，自此和硕豫亲王就成了清朝世袭罔替的八大“铁帽子王”之一，乾隆皇帝曾称多铎是“开国诸王战功之最”。
可在清朝覆亡后的1916年，这些曾经叱咤风云的晚清遗老遗少们早已日薄西山，过往的高爵厚禄已经无从指望，没有谋生技能的他们不得不依靠变卖祖业来维持府上庞大的日常开销。
末代豫亲王懋林也不例外。为了维持生计，懋林以12.5万美元的价格将这座祖传的豫亲王府卖给了美国人。1917年，协和医学院在豫亲王府举行了奠基仪式。
四年后的1921年，协和医学院在经翻修改造后的豫亲王府里竣工落成。从此，这座位于北京东单王府井的昔日王府便成了协和医学院的所在地，风风雨雨一百多年来从未改变。
而为了建设这座“亚洲最好的医学中心”，雄心勃勃的洛克菲勒也是慷慨解囊、不遗余力。洛克菲勒不仅请来了当时美国最优秀的建筑设计师，将豫亲王府改造为了一座中西合璧、极富文化艺术气息的建筑，而且将工程预算从最初的100万美元一路提高到了最后的750万美元。直到今天，很多讲述民国历史的电影都还以协和医学院作为拍摄取景地。
由于协和医学院的地址是北京市东城区东单三条9号，所以协和医学院还有一个别名，就叫“九号院”。现如今，书写着“九号院”的匾额还被作为象征协和历史文化传承的标志，被悬挂在了协和医学院正门之上。
需要说明的是，北京其实有两个“九号院”。比协和医学院更有名的另一座“九号院”，是位于北京市西城区西黄城根南街9号的“九号院”，它的前身是清代礼亲王府。
礼亲王也是清代八大世袭罔替的“铁帽子王”之一。第一代和硕礼亲王是清初“四大贝勒”之一、努尔哈赤的次子代善，代善的排名在八大“铁帽子王”中居于首位，被称为“清代第一王”。
若更往前追溯，礼亲王府的前身是明朝末期大臣、外戚周奎的府邸。
周奎早年穷困潦倒，但却擅长算命和星相学，曾自言“吾五十后当富贵”。周奎将自己的女儿嫁给了明光宗朱常洛的儿子、信王朱由检，没想到后来朱由检竟然真的当上了皇帝，自己的女儿也成了皇后，周奎也因此成为了国丈、获授了侯爵。经常在清宫影视剧中出现的“朱三太子”朱慈炯，就是周奎的外孙。
不过在李自成攻入北京城时，周奎并没有选择与自己的女儿女婿一道为国捐躯，而是主动向李自成献银示好，甚至还因此得了李自成的一万赏钱。清军入关后，周奎继续如法炮制，不仅获得了清廷的善待，还一直活到了顺治年间。
不过，代善和周奎毕竟都是历史尘埃了。相比起位于东单的豫亲王府，这座位于西黄城根的西“九号院”之所以名气更大，乃是因为它曾在70年代末到80年代被作为了国家农委、中央书记处农村政策研究室、国务院农村发展研究中心的办公地。
对于80年代的中国农业经济来说，“九号院”是一个神圣的地方。改开初期中国农村改革的基本路线图曾在这里确立，5份中央一号文件曾在这里诞生，家庭联产承包责任制就是在这里第一次被写入中央文件，被誉为“中国农村改革之父”的杜润生就是在这里运筹帷幄，曾经名震一时的“改革四君子”也是在这里指点江山。
【二】
1921年，作为北京协和医学院最主要附属医院的协和医院建成并开始收治病人。背靠着协和医学院的雄厚实力，协和医院成为了中国最早承担外宾医疗任务的单位，设立了专门的外宾和高干门诊部以及高干、外宾、特需病区。
历史上，孙中山、梁启超、溥仪、霍英东、向华胜、杨绛、周有光、厉以宁等名人都是在协和医院走完了人生的最后一程。
民国时期，协和医学院曾因战火摧残而多次在停办与复校、迁址与返迁、侵占与收回、改名与复名之间动荡摇摆。直到北平解放后的1949年9月，协和医学院才基本稳定下来。
建国初期，政府手中还没有一座像样的公办医院，就连级别很高的干部看病问药也只能乔装化名前往私立医院就诊。在此背景下，组建一批高水平的医学院、医院便被提上了议事日程。
1951年，原为私立性质的协和医学院、协和医院被教育部和卫生部接管，分别更名为了中国协和医学院、北京协和医院。
1952年，协和医学院划归中革军委领导。1956年，协和医学院划归卫生部领导，这种领导隶属关系一直持续到了今天。
在这期间，一家名为“中国医学科学院”的机构，开始与协和医学院渐行渐近。
中国医学科学院的前身，是南京国民政府行政院卫生部于1929年在上海设立的中央卫生试验所，它原本只是国民政府卫生部下面一个有关食品、药物、病理方面的检验鉴定技术机构。后来，中央卫生试验所在绵延多年的战乱中流转多地，先后经历了中央卫生设施实验处、国立中央卫生实验院等几个时期。
解放后的1950年，中央卫生实验院被从南京迁到了北京，重新组建并更名为中央卫生研究院。1956年，中央卫生研究院改组为中国医学科学院。
转折点发生在1957年。
当时，中国协和医学院与中国医学科学院还是两家单位：中国协和医学院是中国事实上的医学教育中心，旗下的协和医院是中国水平最高的医疗机构；而国家明文确定的卫生系统国家级专业科研机构和综合研究中心，却是中国医学科学院。
有鉴于此，在1957年，国家便把中国协和医学院与中国医学科学院合二为一，也就是俗称的“一套人马、两块牌子”，中国协和医学院旗下的协和医院等单位也一并划转。
自此，中国医学科学院便与中国协和医学院实现了“院校一体”，同时担负医学教育、医学研究、医疗救治三项职责，成为了名副其实的“中国最高医学研究机构和最高医学教育机构”。
一般来说，但凡讲中国医学科学院时，便是侧重强调它的医学研究职能；但凡讲协和医学院时，便是侧重强调它的医学教育职能。
随后的几十年里，中国协和医学院又先后使用过中国医科大学、中国首都医科大学、中国协和医科大学等名称，直到2006年才重新用回了“北京协和医学院”这个源于百年前的历史名称，并继续与中国医学科学院实行“院校一体”的管理体制。
需要注意的是，目前仍然有中国医科大学、首都医科大学这两所高校，但它们跟协和医学院都不是一回事：
现今的中国医科大学位于辽宁沈阳，其前身是1931年创建于江西瑞金的中国工农红军军医学校，早在1940年延安时期就使用过“中国医科大学”的名称。
解放前后，该校接收了位于沈阳的几所医学院，在1955年、也就是北京协和医学院改称“中国医科大学”的前夕，该校被改名为了“沈阳医学院”。直到1979年北京协和医学院改名为“中国首都医科大学”之前，该校才重新用回了“中国医科大学”的名号。
中国医科大学在历史上曾归卫生部管理，自2000年起被划转由辽宁省地方管理。
至于现今的首都医科大学，其前身是1960年成立的北京第二医学院，一直以来都是北京市属高校。历史上，该校还使用过“首都医学院”的名字，一直到协和医学院改名为中国协和医科大学多年以后的1994年才更名为了首都医科大学。
作为水平与规格均处于国内最顶级位置的医学科研和教育机构，中国医学科学院（北京协和医学院）由教育部和卫生部双重领导，以卫生部领导为主。
中国医学科学院（北京协和医学院）下属了20多个科研院所、10个医学院系、6家医院，尤其是这6家医院，它们几乎个个都是国内相关医疗领域举世无双的细分龙头：
中国医学科学院阜外医院是国内水平最高的心血管病治疗医院，中国医学科学院肿瘤医院是国内最大的肿瘤专科医院，中国医学科学院整形外科医院是国内最大的整形专科医院，中国医学科学院天津血液病医院是国内唯一一家三级甲等血液病专科医院，中国医学科学院南京皮肤病医院是国内最大的皮肤病专科医院；
而在6所医院中首屈一指的旗舰医院，自然就是拥有百年历史的中国医学科学院北京协和医院，它是国内最负盛名的大型综合性医院、没有之一，在中国综合性医院的各种排名中都常年位居榜首，是国家卫健委指定的全国疑难重症诊治指导中心，1971年为时任美国总统尼克松访华打前站的《纽约时报》副社长突发疾病就是被送到了这里治疗，2008年北京奥运会的医疗定点医院也是放在了这里。
所以说，中国医学科学院（北京协和医学院）被官方称之为“我国医疗卫生领域的国家队、排头兵”、“我国医学科技创新体系的核心基地”，绝非浪得虚名。
历史上，吴阶平、赵玉沛、曾益新、曹雪涛、汤飞帆、林巧稚、黄家驷这些中国卫生领域的代表人物，无一例外都是从协和走出来的。而其中名气最大、成就最高的莫过于吴阶平了，在校期间，吴阶平还当过协和医学院的学生会主席。
吴阶平（又名吴泰然）出生于1917年，也就是协和医学院在豫亲王府奠基动工的那一年。吴阶平的父亲吴敬仪是清末湖南候补知县，曾跟李鸿章的亲信下属、晚清著名官商实业家盛宣怀有深交，辛亥革命后当过天津宝成第三纺纱厂总经理、厂长。
吴敬仪育有四个儿子——吴瑞萍、吴阶平、吴蔚然、吴安然，吴敬仪让四个儿子不做官、不从商、学技术、尤其要学医。后来，吴阶平兄弟四人全都成长为了中国顶级医学专家，堪称古今罕见，而四人中造诣最高的就属吴阶平和他的弟弟吴蔚然了，其中吴阶平更是素有“国医”之称。
曾益新和曹雪涛曾一道在中国医学科学院（北京协和医学院）里搭班子担任“双主官”，当时曾益新是北京协和医学院校长、中国医学科学院副院长，曹雪涛是中国医学科学院院长、北京协和医学院副校长，两人互为正副职。时隔几年后，曾益新和曹雪涛再度成为了一个班子里的同事。
2000年时，曹雪涛曾当选第十一届“中国十大杰出青年”。当年和曹雪涛一并当选“中国十大杰出青年”的人中，还有江西蓝天职业技术学院校长于果、央视新闻主持人白岩松、浙江正泰集团董事长南存辉、跳水世界冠军伏明霞，以及其他一些后来成就显赫的人物。
后来，曹雪涛、王辰都曾将中国医学科学院院长、北京协和医学院校长这两个职务一肩挑，所以对他们的职务称谓也就变成了“院校长”。
【三】
进入新世纪以来，协和医学院最为百转千回的一段剧情，便是与清华大学“分分合合”的曲折往事了。
在历史上的1952到1953年间，为了顺应当时的计划经济模式和一切向苏联看齐的行业标准，国内高等院校曾进行过一轮旨在裁撤教会大学、改造私立大学、分拆综合性大学、组建专业性大学、优先发展工科院校、统一全国教学计划的院系大调整。
在这轮大调整中，很多医学专业都被从原先所属的综合性大学中分立了出去。
比如，北京大学此前拥有文、理、工、农、法、医六大学院。但在1952年的院系大调整中，工学院调入了清华大学，农学院并入了北京农业大学（今中国农业大学），法学院并入了北京政法学院（今中国政府大学），医学院独立为北京医学院（后改为北京医科大学），只有文、理两个学院得到了保留。
在院系大调整之后，国内各大高校在性质上都变成了公办院校，在类型上则以专业性大学居多，在领导体制上均以行业条线管理为主、教育部门管理为辅。
比如，重点财经专业高校的上级主管部门就是财政部或中国人民银行，重点电力专业高校的上级主管部门就是电力部，重点石油专业高校的上级主管部门就是石油部，重点地质专业高校的上级主管部门就是地质矿产部，而重点医药专业高校的上级主管部门自然就是卫生部。
一直到了90年代，为了顺应新的改革开放形势、市场经济体制、向国外尤其是西方看齐的大潮，新一轮旨在整合专业性大学、培植综合性大学、重点高校的隶属关系以划归教育部领导为主、普通高校的隶属关系以划归地方省市领导为主的高等院校大调整又重新成为主流。
紧接着在90年代后期，随着211工程和985工程的提出，集中优势资源建设一批重点高校、世界一流大学、高水平大学成为了当务之急。是否进入211或985名单从根本上决定了一所高校的经费保障、政策资源、行业地位、生源质量、发展前景，而能否成为211或985高校的一个重要衡量标准就是办学规模、学科门类综合性。
在此背景下，一轮发生于世纪之交的大学合并潮就在全国范围内轰轰烈烈地掀起了。而这其中最为典型的合并，莫过于综合性大学对医学专业院校的兼并了，两者的牵手可谓是干柴烈火、各取所需：
对于医学专业学校来说，如果不能被顶尖综合性大学合并的话，那就意味着可能将同时丧失“211重点大学”和“部属高校”两重身份资格，因为规模普遍偏小的单一医学专业院校入选全国重点大学的概率很低，更何况教育部也无力一下子接手数量如此众多的医学专业院校；
对于综合性大学来说，医学专业是构建全门类学科版图中必须补齐的一环，可医学专业跟其他专业不同，它既需要长期的沉淀积累、又需要拥有附属临床医疗实践作为支撑，其他专业还有从零自建的希望、而医学专业几无从零自建的可能，因此对现有医学专业院校进行合并重组就成了唯一选项。
在此背景下，一大批医学专业院校都在第一时间寻觅到了与自己门当户对的伴侣，比如：
北京医科大学摇身一变成了北京大学医学部，河南医科大学摇身一变成了郑州大学医学院，上海第二医科大学摇身一变成了上海交通大学医学院，同济医科大学摇身一变成了华中科技大学同济医学院，华西医科大学摇身一变成了四川大学华西医学中心，湖南医科大学摇身一变成了中南大学湘雅医学院，山东医科大学摇身一变成了山东大学齐鲁医学院，西安医科大学摇身一变成了西安交通大学医学部，如此等等不胜枚举。
同时，不论是叫医学院、还是叫医学部、抑或是叫医学中心，这些被并入综合性大学的医学院校在整合后都有一个共同的特点，那就是在事实上都保留了极大的自主管理权；
许多医学院、医学部、医学中心只是对外借了个综合性大学的“壳”，对内仍然是自成一系、自主决策，地位规格也要比校内的其他院系高人一等，双方的艰难磨合将旷日持久，有的医学院校甚至到很多年以后都没有真正融入所在的大学。
而在这轮综合性大学兼并医学专业院校的浪潮中，顶尖高校里唯一掉队的就是清华大学了。
在90年代末，人们曾普遍认为清华将与协和联姻，原因很简单：
一方面，以清华大学在国内高校中的领头羊地位，除了协和医学院之外，其他医学专业院校也配不上清华的身份；
虽说北京大学的地位与清华大学旗鼓相当，但当时北大已经锁定了要兼并北京医科大学，毕竟北京医科大学先前就是从北大分立出去的，这样一来，清华在兼并协和的道路上就少了一个最强劲的竞争对手；
另一方面，协和医学院当时已经是卫生部下属高校的一根独苗了，没有入选211和985名单的协和如果找不到一个顶尖大学作靠山的话，那么其经费来源、政策保障、发展前景都会被蒙上一层阴影；
虽说过去协和跟北大建立了深度合作关系，但此时北大已经把资源都优先倾斜给了北京医科大学，再也无暇顾及协和了，因此选择跟清华合作似乎也成了协和的唯一退路。
但谁也没想到的是，清华与协和的牵手之路竟然走得极为坎坷。
清华第一次向协和抛出橄榄枝是在2000年。
可由于协和在中国医学领域的特殊地位，清华的好意很快就碰了壁，第一次接触无疾而终。
谋求协和不成的清华决定白手起家。2001年，清华大学自建了医学院，并聘请到协和出身的“国医”吴阶平出任清华大学医学院首任院长。
同时，清华大学医学院还与301医院、军医科学院等国内其他顶尖医疗机构展开了合作，试图以此来弥补没能牵手协和的缺憾。
但是，缺乏历史沉淀积累的清华医学院很快就感受到了困难。2002年，清华第二次向协和抛出了橄榄枝。
与第一次不同的是，这一次清华与协和的合并计划得到了上层领导的首肯，因此双方都不得不重视起来。
2002年时，曾有媒体报道了一则“清华大学北京协和医学院成立”的消息。这则报道说：
“教育部和卫生部日前签署协议，加强清华大学和中国协和医科大学的紧密合作，两部共建‘清华大学北京协和医学院’”，“中国协和医科大学将更名为‘清华大学北京协和医学院’，清华大学不再单独办医学院”，同时清华承诺将向协和提供211和985的资源，助力“把‘清华大学北京协和医学院’建设成为世界一流的医学院”。
但是，2003年非典的爆发让协和意外发现了一个新的机会，清华在协和眼中不再是那唯一一棵大树了。于是双方的携手再度搁置，清华被迫又与301医院展开了合作，将301医院挂牌为清华医学院教学医院。
那几年间，清华医学院还是清华医学院，中国协和医科大学还是中国协和医科大学，至于所谓的“清华大学北京协和医学院”的说法则从来都没有真正出现过。
2006年，协和的谋划终究未能成型。于是清华抓住时机，第三次向协和抛出了橄榄枝。这一次，双方的合作终于迈开了实质性步伐。
在2006年签署的《清华大学和中国协和医科大学关于落实两部协议的实施意见》（“两部”指教育部和卫生部）中约定：
“中国协和医科大学更名为‘北京协和医学院-清华大学医学部’”，“接受教育部、卫生部双重领导”；
“‘北京协和医学院-清华大学医学部’仍为独立法人，对人事、财务和资产行使独立法人权利及承担独立法人责任”，“将原中国协和医科大学和原清华大学医学院逐步整合成为一个一流的医学院，清华大学不再另办医学院”；
“北京协和医学院-清华大学医学部的学科建设由清华大学纳入‘211工程’和‘985工程’等国家重点建设工程的整体规划及其他相关计划之中，在政策和投入等方面给予重点支持”；
“临床医学专业的学生和研究生具有‘北京协和医学院-清华大学医学部’和‘清华大学’两校学籍”，“临床医学专业的学生和研究生毕业证书和学位证书盖‘清华大学’和‘北京协和医学院-清华大学医学部’两个公章”。
显而易见，若依照这份《意见》的约定来看，清华与协和的这次整合重组依然不充分：
第一，“中国协和医科大学”的名号虽然不再保留了，但是“北京协和医学院”的名号却被恢复沿用了起来。按照约定，“北京协和医学院”与“清华大学医学部”两个名称需要同时列示、缺一不可，“北京协和医学院-清华大学医学部”与“清华大学”之间更像是同等、并重的“两个学校”。
至于先前传言的“清华大学北京协和医学院”的叫法则并未出现，这与其他医学专业院校被并入综合性大学后、从名称上就要体现出自己只是所在大学下属的一个学院的做法截然不同。
第二，“北京协和医学院-清华大学医学部”不仅保留了独立法人地位，而且其人事、财务、资产管理权限都是独立行使和承担的，这与其他医学专业院校被并入综合性大学后、从法律上就要取消自己的独立法人地位的做法截然不同。
也就是说，不论从形式上还是从实质上，清华大学都不存在对协和的“兼并”之说，清华与协和之间只是“合作”、“共建”的关系，而不是“合并”的关系。
第三，虽然与协和实现了牵手，但是原先由清华大学自建的医学院却不能再保留了。不仅原先的清华医学院要被并入新组建的“北京协和医学院-清华大学医学部”，而且清华大学未来也“不再另办医学院”。
考虑到这个新整合的“北京协和医学院-清华大学医学部”拥有独立法人地位和独立管理权限，清华在这轮整合中就面临了一个很可能将无法拥有真正意义上的“清华医学院”的风险。
第四，尽管这个新整合的“北京协和医学院-清华大学医学部”拥有独立法人地位和独立管理权限，但清华还是需要将其纳入自己的211和985工程学科建设计划，并“在政策和投入等方面给予重点支持”。
所以，从这份《意见》的文字上来看，清华在这轮合作中对协和做出的让步是相当大的。或许在清华看来，二者的联姻绝非一朝一夕之功，以清华的招牌和实力，只要能迈出合作的第一步，那么双方今后逐步融为一体应该也就只是时间问题罢。
殊不知，协和尽管在整体实力上不如清华，但单就医学专业来说，终极王牌却一直握在协和手中。
在随后几年里，清华与协和之间仅在部分人才培养方面有一些弱连接，具体来说就是：
只有临床医学专业的学生由清华与协和联合培养，由清华代为招生，在总共为期8年的学制中，前2.5年（预科）在清华大学生命科学学院培养，后5.5年在协和医学院培养，毕业证书和学位证书上加盖“清华大学”和“北京协和医学院-清华大学医学部”两个公章；
对于除此之外的其他医学专业，有的是由清华独自培养（如药学），毕业证书和学位证书上只加盖“清华大学”公章，有的则是由协和医学院独自培养（如护理），毕业证书和学位证书上只加盖“北京协和医学院”公章。
在这种貌合神离的“合作”之下，清华大学后来又第三度拾起了与301医院的合作。而协和也没有被这份“合作”约定束缚住手脚，没过多久就跟中国科技大学展开了联手。
尽管在上述那份《意见》中，清华大学明确承诺“不再另办医学院”，但随着时移世易，这条约定很快就失去了约束力。
2016年，清华大学宣布在清华大学医学院下面新设立临床医学院（注意，直到此时清华大学医学院也依然没有完成同协和医学院的整合），而临床医学正是清华与协和唯一进行联合培养的医学专业；
2022年，清华大学曾计划设立清华大学医学部（本部），打算用“本部”二字来体现出一个不同于“北京协和医学院-清华大学医学部”的“清华大学医学部（本部）”，不过这项计划最终未能成行；
2023年，清华大学决定重组清华医学架构，撒销原医学院，新组建了一个由基础医学院、生物医学工程学院、药学院、临床医学院以及北京清华长庚医院、清华大学第一附属医院、清华大学玉泉医院等共同构成的清华大学医学院；
——这就等于是清华最终放弃了原本打算与协和融为一体的设想，并在事实上组建了一个新的“学部”。
几年前，清华大学水木社区曾有一篇帖子叫《清华协和分手了》，文中提到了这样一段谈话：
“我们和协和经过几年痛苦的摸索后，决定我们办我们的清华大学医学院，他们办他们的北京协和医学院。我们现在的关系就是，他们学生的两年预科阶段在我们这里上。”
不过，缺少沉淀积累的清华医学院在学科建设道路上依然任重道远。比如，在“医学界”2025中国医学院校综合实力排行榜中，北京协和医学院依然是雄踞榜首、遥遥领先，而清华大学医学院却仅仅位列第36位。
参考资料：清华大学官网、协和医学院官网、丁香园、医学界
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