军法系统始终无法摆脱“球员兼裁判”之嫌，上街民众提出更高诉求：“这就是我们一定要修法的原因，不然你说什么就是什么啊！”

23岁的台湾义务役下士洪仲丘死后一个月内，他的家属先后收到了军方出具的三份死亡报告。在死因一栏里，第一份显示“意外”，第二份显示“未确定”，第三份则显示“他杀”。

2013年7月4日，洪仲丘去世当天，台湾北部地方军事法院检察署在初步检查遗体后向家属出具了死因为“意外”的死亡报告，并将“意外”具体解释为热中暑。

洪仲丘因携带违反规定的电子设备入营而被送到禁闭室接受为期一周的体罚，这是台军最高强度的体罚形式。案件曝光后，分析人士迅速找出疑点：洪仲丘的违规行为并没有严重到送禁闭室体罚，送禁闭室前的身心检查和公文流程耗时过短。

民众情绪井喷出现在7月10日。当天，洪仲丘家属随军检赴禁闭室调阅监控体罚录像时，发现有80分钟的录像不见了。而残存的录像显示，洪仲丘接受的体罚强度远超法定标准。

送禁闭室前，洪仲丘曾电话母亲，哽咽地表示有人要整他。洪仲丘的同袍随后也向媒体爆料猜测，洪被关禁闭是因为大胆建言引发上级不满。

一条包括报复、施虐、串供、湮灭证据在内的假设链条就此形成。7月10日，台湾“最高军事法院检察署”（简称“最高军检署”）接手洪案，由检察长曹金生少将牵头的22人专案组开启调查。

“最高军检署”介入4天后，曹金生就在记者会上表示，洪仲丘被关禁闭确实是高阶军官施压的结果。次日，洪家决定同意“最高军检署”委托法医对洪仲丘的遗体进行解剖。随后，家属也接到了军方的第二份死亡报告，死因一栏显示“未确认”。此时离洪仲丘死亡已时隔近半个月。

7月17日，洪仲丘的家属赴“立法院”陈情时表示，由于军法单位、“国防部”的调查存在“球员兼裁判”之嫌，希望地方法院检察署（以下简称“地检署”）介入洪案调查。

洪家的愿望很快得到部分兑现。由于军法中没有涉及“湮灭证据”的法条，7月20日，“最高军委检署”将相关证据移交桃园地方法院检察署（以下简称“桃检”）。很快，桃检以“涉嫌重大贪渎湮灭证据”为方向开展调查。

同一天，台湾非政府组织“公民1985行动联盟”组织上万民众在“国防部”门前集会，抗议军方办案不力。

7月21日，洪家发表公开声明，要求全案移交地检署侦办，并亲赴桃检递交诉状。但由于缺乏法律依据，全案无法从军检移转至桃检。

7月26日，负责解剖洪仲丘尸体的法医公布了死因为“他杀”的尸检结果，但军检方面以按惯例只出具两份死亡报告为由，拒绝向洪家提供与解剖结果一致的死亡报告。更令洪家失望的是，同一天，桃检宣布录影消失无人为因素，不予起诉。

7月31日，“最高军检署”等单位共同发布结案报告。报告排除了“有长官指示凌虐洪仲丘”的可能性。18人起诉名单中，军阶较高者被以共同职权妨害自由等罪嫌起诉；军阶最低、直接负责体罚洪仲丘的戒护士陈毅勋被诉以“凌虐部属致死”的重罪，可能面临无期徒刑。

起诉次日，台湾“高等军事法院”（“军高院”）就裁定包括陈毅勋在内的所有相关羁押人员无串证、逃亡之虞，取保候审。这遭到了检方的抗告。军高院8月8日重开羁押合议庭。经过13小时的马拉松庭审，收回了陈毅勋的交保裁定，对其他人则提高了交保金额。

民众的怒火延烧至整个军法系统。8月3日，“公民1985行动联盟”再次发起集会，目标对准“总统府”，人数超过十万人，主要诉求：非宣战时期的军法审判全部回归司法。

8月4日洪仲丘下葬当天，在马英九的亲自敦促下，军检将死因为“他杀”的报告送至洪家。“公民1985行动联盟”当天在其Facebook主页转发了这一消息，并评论：“这就是我们一定要修法的原因，不然你说什么就是什么啊！”两天后，台湾立法院通过了“军事审判法”修正案。