１７世纪到１８世纪中叶，葡国派往澳门的总督（又叫兵头）一直只拥有军事权。直到１７８３年，葡国女王唐娜 . 玛利亚一世颁布了《皇室制诰》，要求澳门的葡人议事会将帐目提交给总督和王室委派的大法官，并授权总督管辖在澳葡人，且对议事会有否决权，总督才逐步获得全面的管辖权，从此澳门的政治体制有了明显的殖民色彩。

而就在葡人自治机构的争斗中，明清两朝政府一直对澳门实行着有效管理，在澳门设有衙门、海关、税馆等，并一直有官吏驻节澳门。鸦片战争后的１８４９年，澳葡总督亚马留强行扩界侵地，赶走清政府驻澳机构和官员，１８８７年葡又诱骗清政府签定协议，允准葡人“永驻管理澳门及属澳之地”。经历此过程后，澳门的殖民政治体制才得以最终确立。

１９世纪末，葡萄牙主张海外行省实行真正政治、立法和行政自治的殖民思想逐渐形成，但中央集权制仍然是主要统治手段，直到１９１４年制定《海外省民政组织法》，才为包括澳门在内的海外省制定自身的组织法提供了指导原则和法律依据。

１９１７年澳门有了第一个宪制性文件——《澳门省组织章程》，１９２０年开始执行葡萄牙《第７０３０号法令》，１９２６年修订为《澳门殖民地组织章程》，１９３３年颁布《葡萄牙殖民帝国组织章程》，１９５５年有了《澳门省章程》，１９６３年改为《澳门省政治行政章程》，１９７２年修订为《澳门省行政章程》。澳门的政治法律地位和体制，一直由这些章程所规范。１９７４年４月２５日，葡萄牙发生政变，宣布实行“非殖民化”政策，放弃海外殖民地。《葡萄牙共和国宪法》规定“葡萄牙管理下的澳门领地是由适合它的特殊情况的一个章程所管理”，同时规定澳门领地不属于葡萄牙共和国的国家领地，而是葡管中国领土。１９７６年３月颁布的《澳门组织章程》规定，澳门为公权法人，在不抵触《葡萄牙宪法》与《澳门组织章程》所规定的原则及各项基本权利、自由和保障的情况下，享有行政、经济、财政和立法自治权。

澳门现行的政治制度基本上是一个三权分立的政治体制，即行政权、立法权和司法权三权分立。行政权的代表是澳门总督，立法权的代表是立法会，司法权的代表是澳门法院及检察官公署。澳门地区的管理机构为总督和立法会，咨询会附属于澳督，立法会对总督的权力有所制约，总督也可向葡萄牙总统建议解散立法会。

澳门总督不仅是澳门地区最高行政长官，更是葡萄牙主权在澳门的代表，相当于葡萄牙政府的部长。总督直属葡萄牙总统，由葡萄牙总统任免，任命前须经澳门立法会向当地居民咨询。任期一般为４年。总督具有领导本地区一般性政治，统筹整个公共行政、财政及治安的权力；有权为在当地实施有必要的法例及其他法律文件而制订规章；总督行使立法权系通过立法会，当立法会已授予立法许可或立法会已解散时，立法权也属于总督。总督属下现在设有７名政务司，各有所辖，掌管澳门各项行政事务。澳督与７名政务司及其属下各司、厅级政府部门组成的行政架构，操控了澳门的日常行政运行。

为使施政不致过于偏离社会实际，由澳督甄选澳门具有代表性的人物组成咨询会，作为制定政策时的咨询机构。咨询会由１０名委员组成，委员任期４年，其中５名选任、５名委任，总督为当然主席。咨询会议由总督召集，会议保密，就总督提出的准备提交立法会的立法提案、待公布的法令草案、在当地生效的法规的执行规章、对澳门经济、社会、财政及行政政策方针的制定的法律给予的其他事项提出意见，咨询会提出的意见，对总督没有约束力。

立法会是澳门首要的立法机关，但不是唯一的立法机关，澳督仍拥有部分立法权，实行双轨立法。立法会则完全独立于行政权，在现行体制下起着互相合作、互相制衡的作用。澳门立法会是个混合性的代表机关，由２３名议员组成，其中７名由总督委任，８名由直选产生，８名由间选产生，因而立法会只是部分代表民意。立法会设主席一人，在议员中以秘密投票方式产生。议员任期为４年。澳门立法会与澳督之间的制衡，与一般意义上的议会对行政权的监督制约不同，更多的是一种表面上的权力平衡。澳督不必从政治上向立法会负责，有权拒绝签署立法会通过的法令，必要时，还可以公共利益为理由，向葡萄牙总统建议下令解散立法会。

澳门的司法机构包括澳门法院和检察院公署，分别直属于葡萄牙里斯本法院及共和国总检察长管辖，司法官员由葡萄牙司法部门委任。澳门法院为两审终审，法院分为一般审判权法院和专属法院，前者包括高等法院和普通管辖法院，后者为行政法院和审计法院。检察院是提起刑事诉讼、维护合法权益的自治机关，独立履行法律赋予的职务，不受任何干涉。澳门司法机构可以独立地根据立法会制定的法律行使司法权。总督委任各级法院院长、法官和各级检察官，需征求澳门司法高等委员会及澳门司法委员会的建议，如未经上述两委员会建议，总督无权单方面任命司法官。