本笃十六世在避孕、堕胎、同性恋、任命女性司铎，以及神父禁欲等议题上承袭了约翰·保禄二世的思想。

自他在1981年开始担任梵蒂冈教义部部长的20多年来，做出许多引起争议的决定，比如他曾经在美国大选期间呼吁将支持堕胎的政界人士从教会开除，或是认为欧盟不应该接受土耳其成为成员国等。

批评者认为他代表了教会中压制对话和讨论的势力。但是他的支持者指出，这位新教宗在纳粹德国的经历使他坚信教会一定要代表真理和自由。