与之前相比，新修订印发的《高新技术企业认定管理工作指引》发生了以下十大变化：

一、企业因偷税在5年内不能申请高新技术认定的处罚执行至2015年12月31日止。

二、突出企业所得税年度纳税申报表，明确了财务专家应参照中介机构提交的专项报告、企业的财务会计报告和纳税申报表等进行评价打分。

三、突出了对申报资料的要求，包括：

※ 知识产权相关材料(知识产权证书及反映技术水平的证明材料、参与制定标准情况等);

※ 科研项目立项证明(已验收或结题项目需附验收或结题报告);

※ 科技成果转化(总体情况与转化形式、应用成效的逐项说明);

※ 研究开发组织管理(总体情况与四项指标符合情况的具体说明);

※ 企业高新技术产品(服务)的关键技术和技术指标的具体说明，相关的生产批文、认证认可和资质证书、产品质量检验报告等材料;

※ 企业职工和科技人员情况说明材料，包括在职、兼职和临时聘用人员人数、人员学历结构、科技人员名单及其工作岗位等;

※ 近三个会计年度企业所得税年度纳税申报表(包括主表及附表)。

四、更强调创新能力的要求，对科技成果的平均数都有所提高，对研究开发的组织管理水平增加了两个评价项目，且每个项目的分值有所改变。

五、不再提复审，都是新认定。

六、 明确了以前有争议的认定口径:

※ 总收入的口径，总收入是指收入总额(企业所得税法概念)减去不征税收入;

※ 销售收入的口径：为主营业务收入与其他业务收入之和。主营业务收入与其他业务收入按照企业所得税年度纳税申报表的口径计算。

七、研发费用仍然是会计口径，人员人工费用与企业所得税中的相关规定一致，其他费用可以为不超过总费用的20%(原来是10%)。

八、打分的四个项目比例仍然保持不变，但细节有变化如企业成长性中，由原来的总资产增长率变为净资产增长率。

九、进一步明确了专家的责任专家打分的项目更明细更合理、更易操作。

十、中介机构条件有变化，原来仅限于注册会计师，现放宽到注册会计师或税务师。