1898年9月21日，慈禧太后与直隶总督荣禄发动政变，囚禁了光绪帝，同时逮捕了谭嗣同六人等，刑部尚书赵舒翘奏曰：“此等乱臣贼子，杀无赦，何必问供”。
八月初九日（9月24日），上谕令逮捕杨锐、林旭、谭嗣同、刘光第等人。同日缪（miào）润绂（fú）上折攻击杨锐等军机四卿阻碍言路，蒙蔽光绪帝。
戊戌六君子（依处斩的顺序）
八月初十日（9月25日），杨锐、刘光第、林旭、谭嗣同等七人被由步军统领衙门解交刑部，分别监禁。是日，盛宣怀致电张之洞，报告杨锐等人被捕的消息。张之洞立即致电当时在北京的湖北臬台瞿廷韶，请其恳求王文韶、裕禄等设法解救杨锐，同时，又致电盛宣怀，让其转电王文韶等人。同时四川京官亦打算救杨、刘，均未奏效。
八月十三日（9月28日），六君子在未经刑部审讯的情况下，被慈禧太后下令押到北京菜市口法场问斩。被处斩的顺序是：康广仁、杨深秀、杨锐、林旭、谭嗣同、刘光第，史称“戊戌六君子”。
监斩官刚毅
本日刑部拟对六人进行审讯，主持此事的庆亲王奕劻与铁良、陈夔龙商议，主张对六人分别审讯，认为杨锐、刘光第品行、学问均好，罗织一廷，殊非公道。在刑部各官员准备审讯杨锐等人时，忽然奉命将六人直接从监狱提出，押赴刑场，时任军机大臣的廖寿恒想通过王文韶，与刚毅、裕禄商议挽回，但未成功，他认为杨锐、林旭、刘光第均系被冤杀。
临刑前，杨锐劝刘光第跪下听旨，并多次质问自己的罪名，被监斩官刚毅拒绝。就刑时，血喷涌丈余。杨锐就刑后，缝合尸体费银七百五十两，由四川同乡李征庸出资。灵柩寄居清字庵（又称清慈寺），前来祭奠者多人。
“戊戌六君子”画作
宣统元年（1909年）八月十二日（9月25日），杨锐之子杨庆昶（chǎng）诣都察院，将密诏上缴，请昭雪杨锐。八月十七日，都察院上奏，请宣布德宗手诏编入实录，奉旨：留中。
时赵熙为江西道监察御史，告知挚友京畿（jī）道监察御史赵炳麟，速台长代奏，其则别折专奏，请宣付史馆，皆不报。监国摄政王醇亲王载沣告诉尚书戴鸿慈：‘先帝诏不敢秘，但明发上谕，则为悖慈禧，乖国体’。
宣统二年（1910年），资政院又提案请昭雪杨锐，全院赞成，但被政府搁置。
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